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- PDB-9h0z: Crystal structure of TTL[Nle], thermophilic lipase TTL from Therm... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9h0z
タイトルCrystal structure of TTL[Nle], thermophilic lipase TTL from Thermoanaerobacter thermohydrosulfuricus containing non-canonical amino acid Nle at the position of Met
要素Serine aminopeptidase S33 domain-containing protein
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / lipase / thermophilic / non-canonical amino acid / Nle / ncAAs / norleucine
機能・相同性: / Serine aminopeptidase, S33 / Serine aminopeptidase, S33 / carboxylic ester hydrolase activity / Alpha/Beta hydrolase fold / Serine aminopeptidase S33 domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Thermoanaerobacter thermohydrosulfuricus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.79 Å
データ登録者Hromic-Jahjefendic, A. / Pavkov-Keller, T. / Wiltschi, B. / Gruber, K.
資金援助 オーストリア, 1件
組織認可番号国
Austrian Research Promotion Agency オーストリア
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: ncAA incorporation, lipase and OYE
著者: Hromic-Jahjefendic, A. / Pavkov-Keller, T. / Gruber, K. / Wiltschi, B.
履歴
登録2024年10月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年10月29日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine aminopeptidase S33 domain-containing protein
B: Serine aminopeptidase S33 domain-containing protein
C: Serine aminopeptidase S33 domain-containing protein
D: Serine aminopeptidase S33 domain-containing protein
E: Serine aminopeptidase S33 domain-containing protein
F: Serine aminopeptidase S33 domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)180,44512
ポリマ－179,8696
非ポリマー5766
水2,198122
1
A: Serine aminopeptidase S33 domain-containing protein
B: Serine aminopeptidase S33 domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,1484
ポリマ－59,9562
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2940 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area20350 Å2
手法PISA
2
C: Serine aminopeptidase S33 domain-containing protein
D: Serine aminopeptidase S33 domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,1484
ポリマ－59,9562
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2860 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area19610 Å2
手法PISA
3
E: Serine aminopeptidase S33 domain-containing protein
F: Serine aminopeptidase S33 domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,1484
ポリマ－59,9562
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2870 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area19850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.900, 76.297, 187.790
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.522, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質
Serine aminopeptidase S33 domain-containing protein


分子量: 29978.137 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermoanaerobacter thermohydrosulfuricus (バクテリア)
遺伝子: SAMN04244560_02687 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1G7VV58
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.33 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 8mg/ml protein concentration Index screen condition D4 containing 0.1 M Citric acid pH 3.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3,350 drops: 0.5ul + 0.5ul

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.79→54.9 Å / Num. obs: 45722 / % possible obs: 99.37 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 49.3 Å2 / CC1/2: 0.988 / CC star: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.157 / Rpim(I) all: 0.1 / Rrim(I) all: 0.187 / Net I/σ(I): 8.13
反射 シェル解像度: 2.79→2.89 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.779 / Mean I/σ(I) obs: 1.56 / Num. unique obs: 4378 / CC1/2: 0.643 / CC star: 0.885 / Rpim(I) all: 0.516 / Rrim(I) all: 0.937 / % possible all: 96.06

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
PHENIX1.16_3549精密化
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.79→54.89 Å / SU ML: 0.4233 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.3348
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2633 2264 4.95 %
Rwork0.2136 43429 -
obs0.2161 45693 99.25 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 50.45 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.79→54.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11964 0 30 122 12116
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003112225
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.590416404
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04281791
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00312092
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.08458281
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.79-2.850.39461230.30122492X-RAY DIFFRACTION91.63
2.85-2.920.33661460.28882709X-RAY DIFFRACTION99.9
2.92-2.990.34221240.28332705X-RAY DIFFRACTION99.86
2.99-3.070.28561470.27222722X-RAY DIFFRACTION99.72
3.07-3.160.33561200.27312701X-RAY DIFFRACTION99.82
3.16-3.260.34291620.26832728X-RAY DIFFRACTION99.83
3.26-3.380.32861290.25162716X-RAY DIFFRACTION99.89
3.38-3.510.30571420.23542692X-RAY DIFFRACTION99.82
3.51-3.670.2971730.22132718X-RAY DIFFRACTION99.69
3.67-3.870.27181490.22052724X-RAY DIFFRACTION99.86
3.87-4.110.28041540.19922697X-RAY DIFFRACTION99.76
4.11-4.430.20221320.17032737X-RAY DIFFRACTION99.69
4.43-4.870.18421490.15792733X-RAY DIFFRACTION99.86
4.87-5.580.21341340.17542772X-RAY DIFFRACTION99.83
5.58-7.020.22441310.2112764X-RAY DIFFRACTION99.83
7.02-54.890.23781490.18752819X-RAY DIFFRACTION99.03

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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