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- PDB-9h0s: Scaffold-ligand complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9h0s
タイトルScaffold-ligand complex
要素Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase F, mitochondrial
キーワードISOMERASE / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase F / mitochondrial
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / mitochondrial outer membrane permeabilization involved in programmed cell death / regulation of mitochondrial membrane permeability involved in programmed necrotic cell death / skeletal muscle fiber differentiation / mitochondrial permeability transition pore complex / cellular response to arsenic-containing substance / negative regulation of ATP-dependent activity / mitochondrial depolarization / negative regulation of oxidative phosphorylation ...: / : / mitochondrial outer membrane permeabilization involved in programmed cell death / regulation of mitochondrial membrane permeability involved in programmed necrotic cell death / skeletal muscle fiber differentiation / mitochondrial permeability transition pore complex / cellular response to arsenic-containing substance / negative regulation of ATP-dependent activity / mitochondrial depolarization / negative regulation of oxidative phosphorylation / regulation of mitochondrial membrane permeability / cyclosporin A binding / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / necroptotic process / apoptotic mitochondrial changes / cellular response to calcium ion / response to ischemia / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / cellular response to hydrogen peroxide / protein folding / mitochondrial matrix / negative regulation of apoptotic process / mitochondrion / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, conserved site / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase signature. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / Cyclophilin type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase/CLD / Cyclophilin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9CK / TRIETHYLENE GLYCOL / PHOSPHATE ION / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase F, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Zacharchenko, T. / Lian, L.Y.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Not funded 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Scaffold-ligand complex
著者: Zacharchenko, T. / Lian, L.Y.
履歴
登録2024年10月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2025年11月5日ID: 6Y3E
改定 1.02025年11月5日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase F, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,07813
ポリマ－17,7831
非ポリマー1,29512
水3,423190
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1760 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area7680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.450, 57.450, 114.910
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-379-

HOH

21A-436-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase F, mitochondrial / PPIase F / Cyclophilin D / CypD / Cyclophilin F / Mitochondrial cyclophilin / CyP-M / Rotamase F


分子量: 17783.322 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 44-207 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPIF, CYP3 / プラスミド: pET28B / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): star / 参照: UniProt: P30405, peptidylprolyl isomerase

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非ポリマー , 7種, 202分子

#2: 化合物 ChemComp-9CK / 1-[(4-aminophenyl)methyl]-3-[2-[2-(2-bromophenyl)pyrazolidin-1-yl]-2-oxidanylidene-ethyl]urea


分子量: 432.314 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H22BrN5O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#6: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#7: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 190 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.86 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.17 M Sodium acetate trihydrate,0.085 M Sodium cacodylate trihydrate pH 6.5,25.5% w/v Polyethylene glycol 8,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→51.39 Å / Num. obs: 34902 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.1 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 15.9
反射 シェル解像度: 1.45→1.4892 Å / 冗長度: 13.1 % / Rmerge(I) obs: 0.409 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / Num. unique obs: 2468 / CC1/2: 0.903 / Rpim(I) all: 0.117 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4O8H

4o8h


解像度: 1.45→51.386 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 19.75 / 詳細: One TLS group for whole chain A
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1954 1838 5.27 %Random selection
Rwork0.1682 ---
obs0.1697 34902 99.9 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 24.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→51.386 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1240 0 81 190 1511
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051365
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8511826
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.869514
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.082191
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006234
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.45-1.48920.27311450.24712468X-RAY DIFFRACTION100
1.4892-1.5330.24771170.21642511X-RAY DIFFRACTION100
1.533-1.58250.26451390.19862475X-RAY DIFFRACTION100
1.5825-1.63910.23011350.18792517X-RAY DIFFRACTION100
1.6391-1.70470.20761280.17742503X-RAY DIFFRACTION100
1.7047-1.78230.19461570.17132520X-RAY DIFFRACTION100
1.7823-1.87630.17151440.1632494X-RAY DIFFRACTION100
1.8763-1.99380.21061340.16712523X-RAY DIFFRACTION100
1.9938-2.14780.18741590.16132528X-RAY DIFFRACTION100
2.1478-2.36390.19781480.15962545X-RAY DIFFRACTION100
2.3639-2.7060.20061310.16652597X-RAY DIFFRACTION100
2.706-3.40920.20121450.16832616X-RAY DIFFRACTION100
3.4092-51.3860.16851560.1552767X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -10.5477 Å / Origin y: -8.3654 Å / Origin z: -22.996 Å
111213212223313233
T0.2554 Å2-0.002 Å20.1415 Å2-0.1041 Å2-0.003 Å2--0.207 Å2
L1.0591 °20.1062 °2-0.3719 °2-1.4719 °2-0.3737 °2--1.3913 °2
S-0.1761 Å °0.0964 Å °-0.2107 Å °0.2028 Å °-0.0797 Å °0.1656 Å °0.2839 Å °-0.052 Å °0.1641 Å °
精密化 TLSグループSelection details: (chain 'A' and resid 2 through 165)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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