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- PDB-9h0o: Fucosylated Lacto-N-biose binding protein from Bifidobacterium lo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9h0o
タイトルFucosylated Lacto-N-biose binding protein from Bifidobacterium longum subsp. infantis in complex with Lacto-N-biose
要素Extracellular solute-binding protein, family 1
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Solute binding protein / ABC importer / HMO capture / Bifidobacterium longum subsp. infantis
機能・相同性Carbohydrate ABC transporter substrate-binding, CPR0540 / : / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / plasma membrane / : / Extracellular solute-binding protein, family 1
機能・相同性情報
生物種Bifidobacterium longum subsp. infantis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.14 Å
データ登録者Jensen, M. / Hansen, M.E. / Sakanaka, H. / Slotboom, D.J. / Abou Hachem, M. / Morth, J.P.
資金援助 デンマーク, 2件
組織認可番号国
Other private4002-00297B デンマーク
Other private1026-00386B デンマーク
引用
ジャーナル: Mbio / 年: 2025
タイトル: Uptake of fucosylated type I human milk oligosaccharide blocks by Bifidobacterium longum subsp. infantis.
著者: Ejby Hansen, M. / Sakanaka, M. / Jensen, M. / Sakanaka, H. / Pichler, M.J. / Maeda, S. / Franck Hovring, J. / Nakajima, A. / Kunstmann, S. / Nielsen, T.S. / Peters, G.H.J. / Slotboom, D.J. / ...著者: Ejby Hansen, M. / Sakanaka, M. / Jensen, M. / Sakanaka, H. / Pichler, M.J. / Maeda, S. / Franck Hovring, J. / Nakajima, A. / Kunstmann, S. / Nielsen, T.S. / Peters, G.H.J. / Slotboom, D.J. / Morth, J.P. / Katayama, T. / Abou Hachem, M.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: Macromolecular structure determination using X-rays, neutrons and electrons: recent developments in Phenix.
著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / ...著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / Robert D Oeffner / Billy K Poon / Michael G Prisant / Randy J Read / Jane S Richardson / David C Richardson / Massimo D Sammito / Oleg V Sobolev / Duncan H Stockwell / Thomas C Terwilliger / Alexandre G Urzhumtsev / Lizbeth L Videau / Christopher J Williams / Paul D Adams /
要旨: Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological ...Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological processes and to develop new therapeutics against diseases. The overall structure-solution workflow is similar for these techniques, but nuances exist because the properties of the reduced experimental data are different. Software tools for structure determination should therefore be tailored for each method. Phenix is a comprehensive software package for macromolecular structure determination that handles data from any of these techniques. Tasks performed with Phenix include data-quality assessment, map improvement, model building, the validation/rebuilding/refinement cycle and deposition. Each tool caters to the type of experimental data. The design of Phenix emphasizes the automation of procedures, where possible, to minimize repetitive and time-consuming manual tasks, while default parameters are chosen to encourage best practice. A graphical user interface provides access to many command-line features of Phenix and streamlines the transition between programs, project tracking and re-running of previous tasks.
履歴
登録2024年10月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年7月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年7月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Extracellular solute-binding protein, family 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,1646
ポリマ－48,5991
非ポリマー5655
水6,539363
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1550 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area16420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.070, 52.560, 149.319
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 Extracellular solute-binding protein, family 1


分子量: 48598.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bifidobacterium longum subsp. infantis (バクテリア)
遺伝子: Blon_0883 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B7GQA3
#2: 多糖 beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 383.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: An amino disaccharide consisting of beta-D-galactose (GAL) linked via a (1-3)-glycosidic bond to N-acetyl-D-glucosamine (NDG).
参照: BIRD: PRD_002584
記述子タイププログラム
DGalpb1-3DGlcpNAca1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1a_1-5_2*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5]/1-2/a3-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-GlcpNAc]{[(3+1)][b-D-Galp]{}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 4種, 367分子

#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 363 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細Lacto-N-biose I (LNB; Gal-beta-1-3GlcNAc; GalB1-3GlcNAc) disaccharide is present as a core unit of ...Lacto-N-biose I (LNB; Gal-beta-1-3GlcNAc; GalB1-3GlcNAc) disaccharide is present as a core unit of type-1 blood group antigens of animal glycoconjugates and milk oligosaccharides.
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.15 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2M NaCl, 0.1 M Tris pH 7.0, 30% PEG3000 + TCEP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 2.075 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 2.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.14→49.58 Å / Num. obs: 21409 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 2.2 % / Biso Wilson estimate: 38.23 Å2 / Net I/σ(I): 10.35
反射 シェル解像度: 2.14→2.2 Å / Num. unique obs: 1112

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.1_5286精密化
xia2データ削減
XDSデータスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.14→49.58 Å / SU ML: 0.3173 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.8442
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2359 2000 5.03 %
Rwork0.2015 37740 -
obs0.2033 21409 95.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 47.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.14→49.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3162 0 34 363 3559
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00143261
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.37834425
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0357493
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0026563
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.17161224
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.14-2.20.40841020.38871906X-RAY DIFFRACTION66.82
2.2-2.260.33971250.34692423X-RAY DIFFRACTION85.39
2.26-2.320.31871340.32222617X-RAY DIFFRACTION93.51
2.32-2.40.33281500.29182794X-RAY DIFFRACTION97.45
2.4-2.480.30221500.26192779X-RAY DIFFRACTION98.69
2.48-2.580.27361480.24482806X-RAY DIFFRACTION99.13
2.58-2.70.30431490.23582781X-RAY DIFFRACTION98.89
2.7-2.840.27191430.21972800X-RAY DIFFRACTION98.99
2.84-3.020.24031480.22062821X-RAY DIFFRACTION98.8
3.02-3.260.24741460.20812796X-RAY DIFFRACTION99.19
3.26-3.580.23961500.17952816X-RAY DIFFRACTION99.23
3.58-4.10.21381470.16392770X-RAY DIFFRACTION98.41
4.1-5.170.16961560.15332830X-RAY DIFFRACTION99.53
5.17-49.580.19181520.1662801X-RAY DIFFRACTION99.13
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5054231203860.0828691570620.3258195118370.0931472100152-0.002874966603220.249473333023-0.0373494045247-0.2598569551450.1560727764810.2290958410340.0115602238496-0.064817687643-0.3179670757620.347562539482-0.000106171698880.4394874308150.02995933583970.000125139119760.439645074379-0.00468979524410.38282120670231.513598832236.887031851750.1738947916
20.1079163050740.007715170169070.02075193785330.007905616056630.0002177928634650.0533877043028-0.100672649459-0.1361985710450.2412177602620.1125300901370.229414271489-0.0187417033546-0.0169058549930.129412041099-9.62192601274E-50.635343609886-0.06743423740250.05035147523120.554657188241-0.09130586075030.56937210016924.944377075546.809988081158.7416736617
30.4536410947070.105945828003-0.1012834539490.6612206905210.466865438290.5545780980020.04388217476750.02354480147940.04037240820540.0608157211991-0.02887589330870.0909449973944-0.0585573101539-0.0217694719857-1.84961818706E-50.3628513138950.0588363264172-0.01022908776370.3710425456240.02026847286370.35424924018910.171192075927.530967838855.3347753423
40.1385762555980.02433893745250.02549789856670.07948838477710.08339441203580.08733673591220.1840473402410.1128247277160.06243668336450.1527164849340.008131726391580.549506835020.0440939618059-0.08739206022770.0005004905164810.3925805289040.05564356758140.07361052870010.450089632850.08868560195420.585904602404-5.8370526971629.738767744161.6791993849
50.4119435176180.00853356944644-0.02110724377590.180499819632-0.2134128364990.2552433094840.03968680087510.015821029492-0.04420347118240.1261838452460.0189306391779-0.0548247024337-0.100611123858-0.03194600243013.62927205227E-50.4909390392310.02545361204510.02072529568130.3710588961760.004223397556750.35287461901917.089080621725.01663872758.5151703957
60.553859722030.06170509717450.1933248514590.611506564109-0.429156297510.401849134101-0.0746951296126-0.0554528599212-0.03726441114790.07910922276580.1750626095540.17716541363-0.0240353010878-0.02370537202943.75831237621E-50.4356922620310.02834823608010.05755163048720.3785230173150.02970530441410.4403873649665.0082998062230.03384326158.6636863427
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 37 through 77 )37 - 771 - 41
22chain 'A' and (resid 78 through 96 )78 - 9642 - 60
33chain 'A' and (resid 97 through 221 )97 - 22161 - 185
44chain 'A' and (resid 222 through 256 )222 - 256186 - 220
55chain 'A' and (resid 257 through 361 )257 - 361221 - 325
66chain 'A' and (resid 362 through 442 )362 - 442326 - 407

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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