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- PDB-9h0i: X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF THE CsPYL1-iCB-HAB1 TERNARY COMPLEX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9h0i
タイトルX-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF THE CsPYL1-iCB-HAB1 TERNARY COMPLEX
要素
  • Abscisic acid receptor PYL1
  • Protein phosphatase 2C 16
キーワードPLANT PROTEIN / CsPYL1 / ABA receptor protein / iCB
機能・相同性
機能・相同性情報


abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / protein-serine/threonine phosphatase / protein serine/threonine phosphatase activity / signaling receptor activity / metal ion binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PPM-type phosphatase, divalent cation binding / PPM-type phosphatase domain signature. / Protein phosphatase 2C / Polyketide cyclase/dehydrase / Polyketide cyclase / dehydrase and lipid transport / Protein phosphatase 2C family / Serine/threonine phosphatases, family 2C, catalytic domain / PPM-type phosphatase domain profile. / PPM-type phosphatase-like domain / PPM-type phosphatase-like domain superfamily ...PPM-type phosphatase, divalent cation binding / PPM-type phosphatase domain signature. / Protein phosphatase 2C / Polyketide cyclase/dehydrase / Polyketide cyclase / dehydrase and lipid transport / Protein phosphatase 2C family / Serine/threonine phosphatases, family 2C, catalytic domain / PPM-type phosphatase domain profile. / PPM-type phosphatase-like domain / PPM-type phosphatase-like domain superfamily / : / START-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / Abscisic acid receptor PYL1 / Protein phosphatase 2C 16
類似検索 - 構成要素
生物種Citrus sinensis (オレンジ)
Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.551 Å
データ登録者Rivera-Moreno, M. / Infantes, L. / Albert, A.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and Universities スペイン
引用ジャーナル: Mol Plant / 年: 2025
タイトル: Structural insight into ABA receptor agonists reveals critical features to optimize and design a broad-spectrum activator of ABA signaling.
著者: Bono, M. / Mayordomo, C. / Coego, A. / Illescas-Miranda, J. / Rivera-Moreno, M. / Infantes, L. / Lopez-Carracedo, P. / Sanchez-Olvera, M. / Martin-Vasquez, C. / Pizzio, G.A. / Merino, J. / ...著者: Bono, M. / Mayordomo, C. / Coego, A. / Illescas-Miranda, J. / Rivera-Moreno, M. / Infantes, L. / Lopez-Carracedo, P. / Sanchez-Olvera, M. / Martin-Vasquez, C. / Pizzio, G.A. / Merino, J. / Forment, J. / Merilo, E. / Estevez, J.C. / Albert, A. / Rodriguez, P.L.
履歴
登録2024年10月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年8月20日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Abscisic acid receptor PYL1
B: Protein phosphatase 2C 16
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,80010
ポリマ－60,1672
非ポリマー6338
水5,747319
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2650 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area20940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.201, 62.736, 187.143
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Abscisic acid receptor PYL1


分子量: 23294.807 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Citrus sinensis (オレンジ) / 遺伝子: CISIN_1g046151mg / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A067E666
#2: タンパク質 Protein phosphatase 2C 16 / AtPP2C16 / AtP2C-HA / Protein HYPERSENSITIVE TO ABA 1 / Protein phosphatase 2C HAB1 / PP2C HAB1


分子量: 36872.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: HAB1, P2C-HA, At1g72770, F28P22.4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q9CAJ0, protein-serine/threonine phosphatase

-
非ポリマー , 4種, 327分子

#3: 化合物 ChemComp-A1IRN / ~{N}-[(4-cyano-3-cyclopropyl-phenyl)methyl]-4-methyl-benzenesulfonamide


分子量: 326.413 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H18N2O2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 319 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.64 %
結晶化温度: 295 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7 / 詳細: 0.5 M CaCl2, 0.1 M B-T pH 7.0, 25% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年7月10日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.551→52.11 Å / Num. obs: 650297 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 12.8 % / Biso Wilson estimate: 19.68 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 14.7
反射 シェル解像度: 1.551→1.607 Å / Num. unique obs: 181 / CC1/2: 0.531

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.18.2-3874精密化
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.551→52.11 Å / SU ML: 0.1299 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.5322
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2129 2469 4.86 %
Rwork0.1743 48297 -
obs0.1762 50766 67.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 26.77 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.551→52.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3756 0 30 319 4105
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0113850
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.05025211
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0727586
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0066690
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.89421424
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.551-1.580.321820.440847X-RAY DIFFRACTION1.2
1.58-1.610.325970.3818161X-RAY DIFFRACTION4.22
1.61-1.650.3989190.3667375X-RAY DIFFRACTION9.61
1.65-1.680.3657280.3169674X-RAY DIFFRACTION17.11
1.68-1.730.3836470.2669968X-RAY DIFFRACTION24.47
1.73-1.770.3261800.24721324X-RAY DIFFRACTION34.39
1.77-1.820.30841060.22572047X-RAY DIFFRACTION52.33
1.82-1.880.23371350.22342757X-RAY DIFFRACTION69.55
1.88-1.950.24361830.20273783X-RAY DIFFRACTION95.57
1.95-2.030.2242040.18273924X-RAY DIFFRACTION99.98
2.03-2.120.23691930.17183964X-RAY DIFFRACTION100
2.12-2.230.20671970.1663972X-RAY DIFFRACTION100
2.23-2.370.20512110.16723964X-RAY DIFFRACTION100
2.37-2.560.22262150.16963975X-RAY DIFFRACTION100
2.56-2.810.22792170.17553971X-RAY DIFFRACTION100
2.81-3.220.21262250.16824013X-RAY DIFFRACTION100
3.22-4.060.16511870.15164089X-RAY DIFFRACTION100
4.06-52.110.21052130.17714289X-RAY DIFFRACTION99.93
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.035820937360.1110375850460.3875645696911.51065252192-0.2300659993121.022115681060.0101410245065-0.19159343752-0.09169360166350.408956923221-0.00820133986868-0.158829794450.1607078026620.22266379749-0.00770005582530.3757912522930.0328667591657-0.03566509335890.2387934361510.03266647329190.2131364085428.574199364026.6992493278451.4435719439
20.736459486027-0.10515081995-0.1480283147150.534876493976-0.165076220791.271910789070.0343026754992-0.0439945139646-0.06614183068010.1987358433780.04347079921050.204765243550.311419071001-0.176995718828-0.08703681864480.31676656144-0.05431079162610.01991085909510.1544629668110.03761781996490.171009070817-7.64488094092.6384034549738.3948203831
31.447294392120.3282367315970.08065034956881.57286182574-0.3754053069131.430879955170.02919894151160.003412991280030.06431122059490.1592725647740.00485952484797-0.05977827066280.1243104155830.0613547086205-0.02103848879990.2358255694730.0150666029059-0.007519123793170.1356700374190.01264536187660.1220102384482.707346423288.4895607869441.4311363868
41.356340713990.3218057013420.1002634190851.250058444480.01649429104081.832145275420.050614744358-0.004820405526550.199967563370.0318054664053-0.01089239772080.152099384934-0.255048052367-0.0814993397207-0.03343714409450.06595849203370.01186121935230.03482616720770.1033617747860.0049837573760.128986707731-6.4196823922929.03947749216.8377642353
51.8253133795-0.3287514279690.5360413578232.49514570019-0.08334143494561.448598569390.0336270598253-0.1752618218250.3286553982930.2482346648640.1064507642550.295868038463-0.450379768252-0.358339914154-0.03493128416660.2157063108990.04418763041550.06007934105540.169654496311-0.04353523944740.213157309179-9.8793568491436.124060639616.0123958081
61.542976286281.02728468722-0.1093117340712.9146828816-1.351630429012.64243986929-0.0309433366126-0.1891134666710.3854302430090.1070645301480.1736064149150.101679888481-0.506461407253-0.216447297224-0.08555903113590.2929350491470.006777091895160.02467934383910.152446379379-0.06087208272340.206371666198-5.154926283736.936382594221.4317230929
70.615065608183-0.05667907268350.344223837811.039711780530.2066202659260.352711110760.128684416366-0.2563850409690.1696782045410.2372101212880.04204967816010.268933707984-0.19778678148-0.0653837307131-0.09760874097120.162876675948-0.0218718734620.04650637240270.1559846780360.001022773468240.185784489657-5.0704312816328.496800459217.5417703905
80.6536258789390.0833025917743-0.1824172290220.640356055170.006177179217040.8658732929570.0739161694202-0.1715419691180.029106643550.0981606772623-0.0113207091046-0.0736034040704-0.1076979731630.204200979982-0.04103207794060.108911851163-0.03403342990930.018494921660.1466959510230.01409430383930.1435539869698.4720087526328.55314240877.66491207652
90.906059591603-0.9500959711550.02433995438082.55800666406-0.3579208407941.08475576533-0.08873863743980.02781291920090.06991066692890.130129190730.0500690969102-0.255252747649-0.07008203956940.3404191055640.03512090879010.145091134851-0.0375710511475-0.0007204786254450.227214552822-0.02667506961930.16830850888710.791963819821.359867570725.942940222
100.333406397425-0.4829464003350.4400005028291.07807333169-0.07314192460111.531734236960.0258852891864-0.04576088590720.08311067764830.0606732656784-0.0531047559921-0.0854918783076-0.2140500266210.1120476061860.03521336056920.0623166383458-0.05229601458270.01550100618080.1381871806340.01892161338320.1507820854515.0213949903528.084666665110.2416413702
112.66445278065-0.2166749413161.565118776290.85688242676-0.2633432769392.438574562240.1092017318360.202936824378-0.291778751327-0.1091315712480.0237036002189-0.08168778351460.06879975490160.0416744967928-0.1041177193550.0660638631718-0.00749299702380.01923962550250.13089975018-0.001224568452120.1206622266673.1795722179721.1329699628-10.2100270022
122.18755495885-0.271862656055-0.0019208347322.708724650510.1364729976271.482388723220.1125801677240.2742017001690.0531921442773-0.377193650184-0.1231178102270.28727532663-0.0279999263197-0.151083120410.1294726242740.0105926933313-0.01151276075920.008198319587780.1679267239330.002522891712650.137674599231-5.9655948684721.5671754469-6.93675267263
131.26368358292-0.0333477896293-0.243381131381.523774584030.1553884917561.00199581873-0.01757878439410.1264357279010.00208514866277-0.250284025802-0.0197524110953-0.01499660612540.0260741706265-0.006099435986130.1018765802330.03884649335120.0005043370896380.001222137675640.104075619790.01720850720790.1007682489160.069384283097621.61006773-0.684387769427
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 21 through 67 )AA21 - 671 - 47
22chain 'A' and (resid 68 through 133 )AA68 - 13348 - 113
33chain 'A' and (resid 134 through 207 )AA134 - 207114 - 187
44chain 'B' and (resid 186 through 248 )BC186 - 2481 - 52
55chain 'B' and (resid 249 through 272 )BC249 - 27253 - 76
66chain 'B' and (resid 273 through 316 )BC273 - 31677 - 106
77chain 'B' and (resid 317 through 337 )BC317 - 337107 - 127
88chain 'B' and (resid 338 through 368 )BC338 - 368128 - 158
99chain 'B' and (resid 369 through 402 )BC369 - 402159 - 192
1010chain 'B' and (resid 403 through 439 )BC403 - 439193 - 229
1111chain 'B' and (resid 440 through 458 )BC440 - 458230 - 248
1212chain 'B' and (resid 459 through 487 )BC459 - 487249 - 277
1313chain 'B' and (resid 488 through 505 )BC488 - 505278 - 295

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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