PDB-9h0b: Crystal structure of the Porcine Hemagglutinating Encephalomyelit...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9h0b

タイトル

Crystal structure of the Porcine Hemagglutinating Encephalomyelitis Virus (PHEV) receptor binding domain in complex with porcine DPEP1.

要素

Dipeptidase 1
Spike glycoprotein

キーワード

VIRAL PROTEIN / RBD Receptor Spike Entry

機能・相同性

機能・相同性情報

Aflatoxin activation and detoxification / Synthesis of Leukotrienes (LT) and Eoxins (EX) / leukotriene D4 catabolic process / membrane dipeptidase / antibiotic metabolic process / GPI anchor binding / glutathione catabolic process / modified amino acid binding / homocysteine metabolic process / leukotriene metabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Sus scrofa (ブタ)

Porcine hemagglutinating encephalomyelitis virus (ブタ赤血球凝集性脳脊髄炎ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Fernandez, I. / Rey, F.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: DPEP1 is the cell receptor of thePorcine Hemagglutinanting Encephalomyelitis Virus
著者: Dufloo, J. / Fernandez, I. / Rey, F.A. / Sanjuan, R.

履歴

登録	2024年10月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年8月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9h0b.cif.gz	624.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9h0b.ent.gz	426.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9h0b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9h0b_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9h0b_full_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示
XML形式データ	9h0b_validation.xml.gz	57.6 KB	表示
CIF形式データ	9h0b_validation.cif.gz	78.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h0/9h0b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h0/9h0b	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #158 - 2013年2月プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel) 類似性 (1)

登録構造単位

B: Dipeptidase 1

A: Spike glycoprotein

C: Dipeptidase 1

D: Spike glycoprotein

ヘテロ分子

149 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	96.720, 73.010, 136.620
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 91.940, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	chain "A"
d_2	ens_1	chain "D"
d_1	ens_2	chain "B"
d_2	ens_2	chain "C"

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
d_1	1	ens_1	ASP	ASP	THR	THR	A	B	327 - 603	1 - 277
d_1	2	ens_1	NAG	NAG	NAG	NAG	A	R	701
d_1	3	ens_1	NAG	NAG	NAG	NAG	A	S	702
d_2	1	ens_1	ASP	ASP	THR	THR	D	D	327 - 603	1 - 277
d_2	2	ens_1	NAG	NAG	NAG	NAG	D	Y	701
d_2	3	ens_1	NAG	NAG	NAG	NAG	D	Z	702
d_1	1	ens_2	ASP	ASP	SER	SER	B	A	17 - 384	1 - 368
d_1	2	ens_2	NAG	NAG	NAG	NAG	E	E	1
d_1	3	ens_2	NAG	NAG	NAG	NAG	E	E	2
d_1	4	ens_2	NAG	NAG	NAG	NAG	F	F	1
d_1	5	ens_2	NAG	NAG	NAG	NAG	F	F	2
d_1	6	ens_2	FUC	FUC	FUC	FUC	F	F	3
d_1	7	ens_2	FUC	FUC	FUC	FUC	E	E	3
d_2	1	ens_2	ASP	ASP	SER	SER	C	C	17 - 384	1 - 368
d_2	2	ens_2	NAG	NAG	NAG	NAG	G	G	1
d_2	3	ens_2	NAG	NAG	NAG	NAG	G	G	2
d_2	4	ens_2	NAG	NAG	NAG	NAG	H	H	1
d_2	5	ens_2	NAG	NAG	NAG	NAG	H	H	2
d_2	6	ens_2	FUC	FUC	FUC	FUC	H	H	3
d_2	7	ens_2	FUC	FUC	FUC	FUC	G	G	3

NCSアンサンブル:

ID
ens_1
ens_2

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.998946639943, -0.0357651485265, -0.0287482990415), (-0.035650348554, -0.999354210245, 0.00449612197657), (-0.0288905381548, -0.00346649906011, -0.999576570448)	2.29541059993, -12.3766298978, 70.6491974077
2	given	(0.996014019931, -0.0533196874241, 0.0715058251797), (-0.0534228931332, -0.998571867134, -0.000469741871219), (0.0714287518504, -0.00335217856749, -0.997440071537)	-2.7790889908, -11.8297968602, 68.5052033787

-
タンパク質 , 2種, 4分子 BCAD

#1: タンパク質	Dipeptidase 1 / Beta-lactamase / Microsomal dipeptidase / Renal dipeptidase 分子量: 41029.996 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 遺伝子: DPEP1, RDP / 細胞株 (発現宿主): S2 発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 参照: UniProt: P22412, membrane dipeptidase, beta-lactamase
#2: タンパク質	Spike glycoprotein / S glycoprotein / E2 / Peplomer protein 分子量: 31128.750 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Porcine hemagglutinating encephalomyelitis virus (ブタ赤血球凝集性脳脊髄炎ウイルス) 細胞株 (発現宿主): S2 発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 参照: UniProt: Q2QKN3

#1: タンパク質

Dipeptidase 1 / Beta-lactamase / Microsomal dipeptidase / Renal dipeptidase

分子量: 41029.996 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Sus scrofa (ブタ) / 遺伝子: DPEP1, RDP / 細胞株 (発現宿主): S2
発現宿主:

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P22412, membrane dipeptidase, beta-lactamase

#2: タンパク質

Spike glycoprotein / S glycoprotein / E2 / Peplomer protein

分子量: 31128.750 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Porcine hemagglutinating encephalomyelitis virus (ブタ赤血球凝集性脳脊髄炎ウイルス)
細胞株 (発現宿主): S2
発現宿主:

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q2QKN3

-
糖 , 2種, 8分子

#3: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#5: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 522分子

#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 506 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.18 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.1 M MES (pH 6.0), 0.2 M zinc acetate, 10% w/v PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9801 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年5月31日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.25→48.33 Å / Num. obs: 90076 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.9 % / CC_1/2: 0.984 / R_merge(I) obs: 0.238 / Net I/σ(I): 8.4
反射シェル	解像度: 2.25→2.28 Å / 冗長度: 6.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 6350 / CC_1/2: 0.454 / % possible all: 95.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21.2_5419	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.25→48.33 Å / SU ML: 0.3518 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.4621
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2348	4502	5 %
R_work	0.198	85564	-
obs	0.1999	90066	99.62 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.82 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→48.33 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9896	0	224	506	10626

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0051	10328
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.75	14044
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0483	1594
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0063	1828
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.954	3946

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Asym-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
ens_1	d_2	B	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.407565767191
ens_2	d_2	A	B	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.258582352429

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.25-2.28	0.4743	135	0.3914	2580	X-RAY DIFFRACTION	90.2
2.28-2.3	0.3986	149	0.3523	2827	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.3-2.33	0.3477	148	0.3316	2819	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.33-2.36	0.3289	151	0.3101	2866	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.36-2.39	0.3263	149	0.2952	2814	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.39-2.43	0.2881	149	0.2693	2862	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.43-2.46	0.3027	150	0.2605	2850	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.46-2.5	0.3115	151	0.2609	2853	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.5-2.54	0.2863	151	0.2398	2874	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.54-2.58	0.287	149	0.2366	2836	X-RAY DIFFRACTION	100
2.58-2.62	0.2512	149	0.2282	2818	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.62-2.67	0.2826	148	0.227	2821	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.67-2.72	0.2681	151	0.23	2858	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.72-2.78	0.2703	150	0.2335	2863	X-RAY DIFFRACTION	100
2.78-2.84	0.2762	149	0.2366	2825	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.84-2.9	0.2819	152	0.2482	2877	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.9-2.98	0.2714	149	0.2149	2841	X-RAY DIFFRACTION	100
2.98-3.06	0.2837	150	0.214	2852	X-RAY DIFFRACTION	100
3.06-3.15	0.2513	152	0.204	2876	X-RAY DIFFRACTION	100
3.15-3.25	0.2392	150	0.2012	2847	X-RAY DIFFRACTION	100
3.25-3.36	0.2204	150	0.1941	2868	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.36-3.5	0.2598	152	0.1934	2876	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5-3.66	0.2202	151	0.1858	2864	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.66-3.85	0.2157	151	0.168	2870	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.85-4.09	0.1889	151	0.1537	2871	X-RAY DIFFRACTION	100
4.09-4.41	0.1592	151	0.1418	2880	X-RAY DIFFRACTION	99.93
4.41-4.85	0.1722	153	0.1416	2903	X-RAY DIFFRACTION	99.93
4.85-5.55	0.1884	151	0.1598	2872	X-RAY DIFFRACTION	99.97
5.55-6.99	0.1988	154	0.1768	2914	X-RAY DIFFRACTION	100
6.99-48.33	0.1991	156	0.1805	2987	X-RAY DIFFRACTION	99.53

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.895704344	2.22217369505	-3.26620443918	3.32104392089	-2.18359000998	4.40812627405	-0.0485415787448	0.480642908499	-0.147810159947	-0.345525661517	0.00443787594371	-0.141284330469	0.410267247248	-0.210703050458	0.116709017958	0.419162566377	0.0429583239531	-0.0619522199279	0.264561721201	-0.0334759268483	0.245868236655	7.17593945766	-15.4616604477	11.0022556066
2	0.75665249108	-0.573836493321	-0.806630923204	1.58769320592	0.271686055548	2.28908350286	0.0834486074722	0.131316775056	0.0791583949742	-0.161546175984	-0.0122282488008	-0.0837961057831	0.165505171442	-0.0747440515895	-0.066645031736	0.335404630665	0.0102017700406	-0.0419092533131	0.289210129839	0.0241385696992	0.281255159505	4.74388664556	-9.72416241082	21.5481295162
3	1.76536161251	-0.180583412128	1.27155801215	0.406717774059	0.338196900363	4.1992183121	0.117254268692	0.0727237382035	0.133986736113	-0.26917176759	0.000869731984271	0.0856744198294	-0.353521596762	-0.250337426362	-0.0967324201967	0.445118050093	0.048260879238	-0.0132483698158	0.23724664349	0.0862526284624	0.305515944011	-4.14690201843	7.78772753471	15.8147340513
4	1.45363389398	0.216261168883	0.249758526415	0.994193324574	0.384223624788	2.80504210375	0.113970712415	0.214863568961	0.117475663413	-0.442323984853	0.00536354329671	-0.0535396901553	0.0242652699082	0.019753947614	-0.110308361425	0.533054080973	0.0415975055447	0.0115827438985	0.294878730354	0.0574361592523	0.297693043131	6.6072973329	-1.43697818236	3.10996252053
5	6.72886043576	3.33976607639	-1.56636205791	4.0963529664	-1.2048936862	1.90840018137	-0.173047639337	0.0639073800741	0.351346967421	-0.114998126933	0.251470951273	0.521264642021	-0.349143176735	-0.269662404666	-0.0859424237087	0.315736902013	0.0719680117398	-0.0383345779061	0.282214082718	0.000252778141044	0.250364942091	-6.62096188497	7.9208437837	35.9408310913
6	3.81582883107	0.821712841563	-1.34858756068	2.15669066659	1.35368937982	4.0529807833	0.0558135641742	-0.0519480758751	-0.18520344549	-0.295422322435	-0.00955366818575	-0.543405647844	0.519689992878	0.621810226358	-0.0621605289215	0.512077295779	0.156431461678	-0.0111284704425	0.572171825447	0.0571175218906	0.426691368281	67.7173141659	-37.0358783693	24.8369696247
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9	2.61044742702	-1.50537442716	2.52059046639	3.76281286605	-2.04855200252	5.03408506295	0.060700824792	-0.114036894026	0.131916957032	0.126587493825	-0.0283127916236	-0.0754983054389	-0.249615801469	-0.100836763714	-0.016662333399	0.190399959432	-0.0222916782784	0.0324370425537	0.225186402721	-0.0292610156993	0.294155564341	6.03141533126	3.25248068388	58.0783769533
10	-0.0389452035074	0.122051564691	0.201854058648	1.5808228594	0.147312810318	1.83315268892	0.05560706919	0.00648522403442	0.041468100364	-0.0385986144935	-0.0152079798032	-0.0316663992303	-0.0199800555515	-0.0042577504503	-0.0397500042324	0.248091153421	-0.00212442617036	-0.0154532140914	0.264588078447	0.0163661074903	0.310250134368	4.04703739022	-2.33562547246	47.3688547967
11	1.57500096626	-0.253600635638	-1.58284559501	0.932082876345	0.371864950189	4.64533970571	0.0610425621668	0.112813861021	-0.112704269277	0.0204389616599	-0.016995583353	0.139307553908	0.296762798124	-0.311236720103	-0.0367701195163	0.305557637646	-0.0442323240811	-0.0750902327379	0.229415672448	0.0381656429064	0.321452622902	-6.18655748897	-19.3452574719	52.4533235875
12	0.769218044034	-0.518368713012	-0.0545595719343	2.08693160958	0.330564162885	1.57263332973	0.0165134764544	-0.096550927668	-0.034563878933	0.308997400919	0.0423188860961	-0.0973376854165	0.0368872376727	0.0236992654298	-0.0628626425339	0.283294618167	-0.0217540103781	-0.0628865482965	0.238849248621	0.0209298396177	0.290089044901	4.11545010142	-10.6604242218	65.8981676144
13	6.33023092092	-1.40184848937	1.76593586577	2.29808623445	-0.848312887497	2.5995941387	0.0388321784663	0.213193403494	-0.382136649375	-0.217869132749	0.14210741897	0.310527122965	0.287234808985	-0.277277695713	-0.203657636288	0.346147991198	-0.0393939585692	-0.0636068344215	0.330364348628	-0.0246527718289	0.303301568392	-7.25078955531	-19.3875262038	32.176270293
14	3.42907382599	-0.303553047254	1.7483725425	2.79283433755	-0.193493566165	4.1016939166	0.111871207122	0.325513360522	0.104914871287	0.125989537236	-0.121476088759	-0.312006364951	-0.28688052895	0.685479497331	-0.0119681856068	0.298152017638	-0.0557270748102	-0.0350170436832	0.510975805583	-0.018022563699	0.416630309265	65.0157234207	21.3151738547	42.888744267
15	3.3429488173	2.65600611975	-0.766817817292	1.77221027608	-0.879533293717	0.532154949797	0.00588701594649	-0.0574150900301	-0.321176557798	-0.0195552577201	-0.0954642858908	-0.241566857947	0.0255955622124	0.0635082517877	0.0971158622117	0.315013456635	0.0281558613623	-0.101317045649	0.349927483465	-0.0452836958479	0.538387098182	46.3030857975	3.67358826717	47.1263816002
16	1.99999092187	1.99997049999	6.12854966398	1.99998249417	2.00001293347	2.00000629438	-5.43455687979	-1.36461590491	6.34843684308	5.29974849141	4.48863101655	-7.34947009298	-0.0304048145198	-1.93869389511	0.985993588856	0.851603053128	-0.0734582513864	-0.197294247356	1.53745530108	-0.234680953325	1.00722158216	75.967241873	31.8358745378	44.8758532602

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'C' and (resid 17 through 57 )	C	C	17 - 57	1 - 41
2	2	chain 'C' and (resid 58 through 165 )	C	C	58 - 165	42 - 149
3	3	chain 'C' and (resid 166 through 249 )	C	C	166 - 249	150 - 233
4	4	chain 'C' and (resid 250 through 356 )	C	C	250 - 356	234 - 340
5	5	chain 'C' and (resid 357 through 384 )	C	C	357 - 384	341 - 368
6	6	chain 'D' and (resid 327 through 388 )	D	D	327 - 388	1 - 62
7	7	chain 'D' and (resid 389 through 602 )	D	D	389 - 602	63 - 276
8	8	chain 'D' and (resid 603 through 603 )	D	D	603	277
9	9	chain 'B' and (resid 17 through 57 )	B	A	17 - 57	1 - 41
10	10	chain 'B' and (resid 58 through 165 )	B	A	58 - 165	42 - 149
11	11	chain 'B' and (resid 166 through 249 )	B	A	166 - 249	150 - 233
12	12	chain 'B' and (resid 250 through 356 )	B	A	250 - 356	234 - 340
13	13	chain 'B' and (resid 357 through 384 )	B	A	357 - 384	341 - 368
14	14	chain 'A' and (resid 327 through 405 )	A	H	327 - 405	1 - 79
15	15	chain 'A' and (resid 406 through 602 )	A	H	406 - 602	80 - 276
16	16	chain 'A' and (resid 603 through 603 )	A	H	603	277

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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