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- PDB-9gzv: Crystal structure of human NUDT14 in complex with a potent inhibi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9gzv
タイトルCrystal structure of human NUDT14 in complex with a potent inhibitor (MA-955-9)
要素Uridine diphosphate glucose pyrophosphatase NUDT14
キーワードHYDROLASE / ADP-sugar pyrophosphatase / Dimer
機能・相同性
機能・相同性情報


Synthesis of dolichyl-phosphate-glucose / UDP-sugar diphosphatase / UDP-sugar diphosphatase activity / ADP-ribose diphosphatase activity / nucleoside phosphate metabolic process / ribose phosphate metabolic process / protein N-linked glycosylation via asparagine / metal ion binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nucleoside diphosphate pyrophosphatase / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / ACETIC ACID / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Uridine diphosphate glucose pyrophosphatase NUDT14
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Balikci, E. / Feyerherm, C. / Bradshaw, W. / Apostolidou, M. / Adcock, C. / McGown, A. / Spencer, J. / Huber, K.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Union (EU)875510European Union
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of human NUDT14 in complex with an inhibitor (MA-955-9)
著者: Balikci, E. / Feyerherm, C. / Bradshaw, W. / Apostolidou, M. / Adcock, C. / McGown, A. / Spencer, J. / Huber, K.
履歴
登録2024年10月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uridine diphosphate glucose pyrophosphatase NUDT14
B: Uridine diphosphate glucose pyrophosphatase NUDT14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,44715
ポリマ－48,4572
非ポリマー1,99113
水3,063170
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10500 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area19140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.989, 98.578, 168.783
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Space group name HallI22
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-405-

HOH

21B-451-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Uridine diphosphate glucose pyrophosphatase NUDT14 / UDPG pyrophosphatase / UGPPase / Nucleoside diphosphate-linked moiety X motif 14 / Nudix motif 14


分子量: 24228.287 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NUDT14, UGPP / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O95848, UDP-sugar diphosphatase

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非ポリマー , 7種, 183分子

#2: 化合物 ChemComp-A1IRF / 1-(1-methylpiperidin-4-yl)-3-(3-phenoxyphenyl)pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-amine


分子量: 400.476 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H24N6O
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID


分子量: 60.052 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE


分子量: 78.133 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 16% PEG8000, 20% Glycerol, 0.16M Calcium Acetate, 0.1M Cacodylate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→59.01 Å / Num. obs: 38254 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 12.7 % / Biso Wilson estimate: 40.78 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 0.479
反射 シェル解像度: 1.95→1.98 Å / Num. unique obs: 1624 / CC1/2: 0.406

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.2_5419精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.95→59.01 Å / SU ML: 0.2896 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.9738
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2352 1851 4.88 %
Rwork0.2006 36091 -
obs0.2023 37942 97.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 48.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→59.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3337 0 138 170 3645
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00723566
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.93354840
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0529516
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0098627
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.69691291
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.95-20.4396950.37662237X-RAY DIFFRACTION79.86
2-2.060.33951340.31622630X-RAY DIFFRACTION93.69
2.06-2.130.32991310.29512809X-RAY DIFFRACTION99.73
2.13-2.20.33721440.26932774X-RAY DIFFRACTION99.86
2.2-2.290.28821440.23552821X-RAY DIFFRACTION99.93
2.29-2.40.22371400.21422802X-RAY DIFFRACTION99.9
2.4-2.520.23091540.21792806X-RAY DIFFRACTION99.93
2.52-2.680.27991560.23142801X-RAY DIFFRACTION100
2.68-2.890.25931430.23762833X-RAY DIFFRACTION100
2.89-3.180.26691460.22022844X-RAY DIFFRACTION100
3.18-3.640.21321750.19082821X-RAY DIFFRACTION100
3.64-4.580.20671410.16022890X-RAY DIFFRACTION100
4.58-59.010.19561480.16663023X-RAY DIFFRACTION99.97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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