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- PDB-9gzh: PDGFRA-T674I in complex with covalent ponatinib derivative 19 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9gzh
タイトルPDGFRA-T674I in complex with covalent ponatinib derivative 19
要素Platelet-derived growth factor receptor alpha
キーワードTRANSFERASE / platelet-derived growth factor receptor alpha / PDGFRA / GIST / gastrointestinal stromal tumor / ponatinib / gatekeeper mutation / covalent drugs / drug resistance / resistance mutation / secondary mutation
機能・相同性
機能・相同性情報


Imatinib-resistant PDGFR mutants / Sunitinib-resistant PDGFR mutants / Regorafenib-resistant PDGFR mutants / Sorafenib-resistant PDGFR mutants / PDGFR mutants bind TKIs / platelet-derived growth factor receptor-alpha signaling pathway / platelet-derived growth factor receptor-ligand complex / metanephric glomerular capillary formation / regulation of mesenchymal stem cell differentiation / luteinization ...Imatinib-resistant PDGFR mutants / Sunitinib-resistant PDGFR mutants / Regorafenib-resistant PDGFR mutants / Sorafenib-resistant PDGFR mutants / PDGFR mutants bind TKIs / platelet-derived growth factor receptor-alpha signaling pathway / platelet-derived growth factor receptor-ligand complex / metanephric glomerular capillary formation / regulation of mesenchymal stem cell differentiation / luteinization / positive regulation of cell proliferation by VEGF-activated platelet derived growth factor receptor signaling pathway / platelet-derived growth factor binding / vascular endothelial growth factor binding / embryonic skeletal system morphogenesis / retina vasculature development in camera-type eye / embryonic digestive tract morphogenesis / Leydig cell differentiation / cardiac myofibril assembly / Signaling by PDGF / cell activation / male genitalia development / positive regulation of chemotaxis / phospholipase C activator activity / embryonic cranial skeleton morphogenesis / platelet-derived growth factor receptor binding / signal transduction involved in regulation of gene expression / face morphogenesis / estrogen metabolic process / adrenal gland development / odontogenesis of dentin-containing tooth / roof of mouth development / microvillus / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / white fat cell differentiation / negative regulation of platelet activation / hematopoietic progenitor cell differentiation / Signaling by PDGFRA transmembrane, juxtamembrane and kinase domain mutants / Signaling by PDGFRA extracellular domain mutants / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / extracellular matrix organization / Downstream signal transduction / positive regulation of calcium-mediated signaling / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / cell chemotaxis / cellular response to reactive oxygen species / regulation of actin cytoskeleton organization / cellular response to amino acid stimulus / lung development / wound healing / placental growth factor receptor activity / insulin receptor activity / vascular endothelial growth factor receptor activity / hepatocyte growth factor receptor activity / macrophage colony-stimulating factor receptor activity / platelet-derived growth factor alpha-receptor activity / platelet-derived growth factor beta-receptor activity / stem cell factor receptor activity / boss receptor activity / protein tyrosine kinase collagen receptor activity / brain-derived neurotrophic factor receptor activity / transmembrane-ephrin receptor activity / GPI-linked ephrin receptor activity / epidermal growth factor receptor activity / fibroblast growth factor receptor activity / insulin-like growth factor receptor activity / receptor protein-tyrosine kinase / peptidyl-tyrosine phosphorylation / platelet aggregation / positive regulation of fibroblast proliferation / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / cell junction / cell migration / PIP3 activates AKT signaling / RAF/MAP kinase cascade / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / protein autophosphorylation / in utero embryonic development / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor complex / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / protein kinase activity / nuclear body / cilium / positive regulation of cell migration / external side of plasma membrane / positive regulation of cell population proliferation / endoplasmic reticulum membrane / protein-containing complex binding / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / protein-containing complex / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Platelet-derived growth factor receptor alpha / Tyrosine-protein kinase, receptor class III, conserved site / Receptor tyrosine kinase class III signature. / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain ...Platelet-derived growth factor receptor alpha / Tyrosine-protein kinase, receptor class III, conserved site / Receptor tyrosine kinase class III signature. / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Platelet-derived growth factor receptor alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Teuber, A. / Rauh, D. / Mueller, M.P.
資金援助 ドイツ, European Union, 5件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)RA 1055/3-2 ドイツ
European Regional Development FundEFRE-800400European Union
German Federal Ministry for Education and Research01ZX2201B ドイツ
Other governmentNW21-062C ドイツ
Other privateEx-2021-0033
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2025
タイトル: Design, Synthesis, and SAR of Covalent KIT and PDGFRA Inhibitors─Exploring Their Potential in Targeting GIST.
著者: Schulz, T. / Gontla, R. / Teuber, A. / Beerbaum, M. / Fletcher, B.S. / Muhlenberg, T. / Kaitsiotou, H. / Hardick, J. / Jeyakumar, K. / Keul, M. / Muller, M.P. / Sievers, S. / Bauer, S. / Rauh, D.
履歴
登録2024年10月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年2月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Platelet-derived growth factor receptor alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,9292
ポリマ－40,4381
非ポリマー4911
水1,08160
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area13190 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)135.920, 135.920, 34.690
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number168
Space group name H-MP6
Space group name HallP6
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z
#3: y,-x+y,z
#4: -y,x-y,z
#5: -x+y,-x,z
#6: -x,-y,z

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要素

#1: タンパク質 Platelet-derived growth factor receptor alpha / PDGF-R-alpha / PDGFR-alpha / Alpha platelet-derived growth factor receptor / Alpha-type platelet- ...PDGF-R-alpha / PDGFR-alpha / Alpha platelet-derived growth factor receptor / Alpha-type platelet-derived growth factor receptor / CD140 antigen-like family member A / CD140a antigen / Platelet-derived growth factor alpha receptor / Platelet-derived growth factor receptor 2 / PDGFR-2


分子量: 40437.594 Da / 分子数: 1 / 変異: T674I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDGFRA, PDGFR2, RHEPDGFRA
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P16234, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-A1IRC / 3-(2-imidazo[1,2-b]pyridazin-3-ylethynyl)-4-methyl-~{N}-[4-(propanoylamino)-3-(trifluoromethyl)phenyl]benzamide


分子量: 491.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H20F3N5O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.23 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 5 mg/mL, 18% PEG3350, 100 mM KCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.999 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年8月23日
放射モノクロメーター: SI (III) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→33.98 Å / Num. obs: 19061 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20 % / Biso Wilson estimate: 56.06 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 19.17
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.89 / Num. unique obs: 2353 / CC1/2: 0.85

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDS1.14_3260データ削減
PHENIX1.14_3260精密化
XSCALEデータスケーリング
Cootモデル構築
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→33.98 Å / SU ML: 0.2605 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 24.7002 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2147 953 5 %
Rwork0.1818 18108 -
obs0.1834 19061 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 67.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→33.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2181 0 36 60 2277
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00292284
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.62993101
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0441339
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031386
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.53991329
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.320.29331350.25122566X-RAY DIFFRACTION100
2.32-2.460.25471340.23272549X-RAY DIFFRACTION100
2.46-2.650.29251350.24192545X-RAY DIFFRACTION100
2.65-2.920.23981350.232565X-RAY DIFFRACTION100
2.92-3.340.2691360.21212586X-RAY DIFFRACTION99.96
3.34-4.210.18641360.16592598X-RAY DIFFRACTION100
4.21-33.980.1871420.15262699X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.55676148197-3.507849656192.360451716328.78183394654-0.1060570906345.930602730720.1648463818840.3017270725470.003124596670930.144596101626-0.00244553311635-0.616805029817-0.09614750745420.598526205574-0.0592228513960.550185689512-0.09059820886120.007009678102290.393428346662-0.03625007649750.583464138069-50.31470061046.976871059558.9187599804
25.347362778654.41131861058-0.5490320291533.954026157740.82457232775.567238209960.04435069975641.43528092586-0.0500236870694-0.8585460358420.484520250623-1.65061257922-0.3118768853810.86935315992-0.8920006737280.7976014644580.03507274624630.2025515895390.642417241486-0.0802002169190.961460368542-43.0582203845-2.374796461930.122061617167
34.569209887931.85610340693-2.184818667046.08260768094-1.363669141684.505684272950.240868776241-0.3075102806050.3154265638990.174056003474-0.118908893081-0.00670471962507-0.4077289254530.190877515699-0.1060363467040.4407687999870.0729334671112-0.02995117110730.4133616098630.01226043311560.438063445339-57.8332404081-4.2784246455911.2133889885
47.84490240307-0.407484986841-0.2429126503245.35889262833-0.3488131609532.03264822876-0.1409550964690.2093845942170.43661572037-0.119200323415-0.0202836646441-0.362754880731-0.08102636225790.02319422841490.1982022125620.4754772085520.015303404553-0.01090126907520.3200332977120.0446660623520.306608667684-55.026222376-12.90107459378.45946248577
53.50070305504-1.632583608350.128664587459.033268116384.102510238492.21843519835-0.2200564643750.209740231325-0.233494355855-0.2499307760310.234649580763-1.35653400236-0.1411788943020.816799254308-0.1041022979750.5315333713630.03699618668470.002251042382190.650126615290.030994934110.6491426915-41.0768128057-22.70088176349.5649737922
67.35046492825-1.66446879726-0.2777282355656.371914149620.2209435531081.25918974193-0.0282514406884-0.293309412799-0.7757360241640.2612688059130.142411996869-0.02033791625690.241560340332-0.00358137600448-0.07484745437360.5763191639730.0342497906878-0.03921901632140.3702056336940.05051071547890.453143062284-53.8070866809-28.02997325412.6044695651
72.560627418820.800961427823-2.895416193681.883150962550.4271161074884.35645138183-0.06960793183171.57004624012-0.332609349093-0.419088424457-0.206204935611.0582353211-0.240450710944-0.9325091511380.09443915591720.8157300984850.0359621358182-0.09598524677180.714339239432-0.08868894727480.72062534896-68.0306080057-22.91716828590.979022988026
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 584 through 634 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 635 through 651 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 652 through 791 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 792 through 849 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 850 through 873 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 874 through 942 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 943 through 957 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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