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- PDB-9gzg: Crystal structure of CTPR4E4 mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9gzg
タイトルCrystal structure of CTPR4E4 mutant
要素Engineered CTPR protein with glutamic acids for conductivity
キーワードDE NOVO PROTEIN / CTPR / protein engineering / conductivity.
機能・相同性MALONIC ACID / TRIETHYLENE GLYCOL
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.47 Å
データ登録者Liutkus, M. / Cortajarena, A.L.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)964593European Union
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of CTPR4E4 mutant
著者: Liutkus, M. / Cortajarena, A.L.
履歴
登録2024年10月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Engineered CTPR protein with glutamic acids for conductivity
B: Engineered CTPR protein with glutamic acids for conductivity
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4595
ポリマ－35,7902
非ポリマー6693
水1,33374
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3080 Å2
ΔGint5 kcal/mol
Surface area15280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.915, 73.514, 40.778
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.41, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Engineered CTPR protein with glutamic acids for conductivity


分子量: 17894.977 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41
#2: 化合物 ChemComp-2PE / NONAETHYLENE GLYCOL


分子量: 414.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H38O10 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 化合物 ChemComp-MLA / MALONIC ACID / DICARBOXYLIC ACID C3 / PROPANEDIOLIC ACID / METHANEDICARBOXYLIC ACID


分子量: 104.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.63 % / 解説: needles
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: 8% v/v Tacsimate pH4, 20% w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97926 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年5月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.47→52.44 Å / Num. obs: 35904 / % possible obs: 86.9 % / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 23.6 Å2 / CC1/2: 0.988 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rpim(I) all: 0.046 / Rrim(I) all: 0.108 / Net I/σ(I): 1.41
反射 シェル解像度: 1.47→1.65 Å / 冗長度: 4.2 % / Num. unique obs: 1795 / CC1/2: 0.418 / % possible all: 37.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0425精密化
autoPROC1.0.5データスケーリング
MOLREP11.9.02位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.47→52.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 2.445 / SU ML: 0.085 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.112 / ESU R Free: 0.109 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23069 1805 5 %RANDOM
Rwork0.19577 ---
obs0.19753 34099 68.33 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.054 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.08 Å20 Å2-0.18 Å2
2--0.08 Å2-0 Å2
3---0.04 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.47→52.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2530 0 45 74 2649
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0122635
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0162267
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.691.8763544
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.5761.7895289
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.515308
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg7.95458
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.15910442
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2321
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023177
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02571
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2832.5131232
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.2792.5071231
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.1854.51537
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.1864.5071538
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.6293.2541403
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.6273.2541404
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.4555.6192007
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.4829.673125
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.47929.43124
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.47→1.508 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.395 3 -
Rwork0.324 68 -
obs--1.83 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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