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- PDB-9gz4: FeFe Hydrogenase from Desulfovibrio desulfuricans labelled with c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9gz4
タイトルFeFe Hydrogenase from Desulfovibrio desulfuricans labelled with cyanophenylalanine - reduced state
要素(Periplasmic [Fe] hydrogenase ...) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / Metalloprotein Iron-sulfur cluster hydrogenase
機能・相同性
機能・相同性情報


ferredoxin hydrogenase / ferredoxin hydrogenase activity / iron-sulfur cluster binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
Iron hydrogenase, small subunit HydB-type / Iron hydrogenase, small subunit superfamily / Iron hydrogenase, subset / 4Fe-4S dicluster domain / Iron hydrogenase, small subunit / : / Iron hydrogenase small subunit / Iron hydrogenase small subunit / Iron hydrogenase, large subunit, C-terminal / Iron hydrogenase ...Iron hydrogenase, small subunit HydB-type / Iron hydrogenase, small subunit superfamily / Iron hydrogenase, subset / 4Fe-4S dicluster domain / Iron hydrogenase, small subunit / : / Iron hydrogenase small subunit / Iron hydrogenase small subunit / Iron hydrogenase, large subunit, C-terminal / Iron hydrogenase / Iron only hydrogenase large subunit, C-terminal domain / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence, bacterial/archaeal / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4WW / : / IRON/SULFUR CLUSTER / Periplasmic [Fe] hydrogenase large subunit / Periplasmic [Fe] hydrogenase small subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Desulfovibrio desulfuricans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.96 Å
データ登録者Carr, S.B. / Duan, Z. / Rodroguez-Macia, P. / Vincent, K.A.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/R018413/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/X002624/1 英国
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2025
タイトル: Cyanophenylalanine as an Infrared Probe for Iron-Sulfur Cluster Redox State in Multicenter Metalloenzymes.
著者: Duan, Z. / Wei, J. / Carr, S.B. / Ramirez, M. / Evans, R.M. / Ash, P.A. / Rodriguez-Macia, P. / Sachdeva, A. / Vincent, K.A.
履歴
登録2024年10月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年5月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年6月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Periplasmic [Fe] hydrogenase large subunit
B: Periplasmic [Fe] hydrogenase small subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,85310
ポリマ－53,3312
非ポリマー1,5228
水9,476526
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8700 Å2
ΔGint-142 kcal/mol
Surface area17550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.718, 87.713, 89.885
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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Periplasmic [Fe] hydrogenase ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Periplasmic [Fe] hydrogenase large subunit / Fe hydrogenlyase


分子量: 43248.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Enzyme engineered to contain cyanophenylalanine (4CF) at position 27
由来: (組換発現) Desulfovibrio desulfuricans (バクテリア)
遺伝子: hydA, DVU_1769 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07598, ferredoxin hydrogenase
#2: タンパク質 Periplasmic [Fe] hydrogenase small subunit / Fe hydrogenlyase small chain


分子量: 10082.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Desulfovibrio desulfuricans (バクテリア)
遺伝子: hydB, DVU_1770 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07603, ferredoxin hydrogenase

-
非ポリマー , 5種, 534分子

#3: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#4: 化合物 ChemComp-4WW / bis(cyanido-kappaC)(dicarbonyl)-mu-(oxomethylidene)[mu-propane-1,3-bis(thiolate)-1kappa~2~S~1~,S~3~:2kappa~2~S~1~,S~3~] diiron(2+) / propane-dithiolato-bridged [2Fe2S] cluster


分子量: 353.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H6Fe2N2O3S2
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-LI / LITHIUM ION / リチウムカチオン


分子量: 6.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Li
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 526 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 31 % / 解説: Brown plates
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.9 M LiSO4 100 mM Na Acetate 24-30% Peg 6000 / Temp details: Ambient temperature of N2 filled glovebox

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.81 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.81 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.96→62.8 Å / Num. obs: 239126 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.8 % / Biso Wilson estimate: 8.59 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Rpim(I) all: 0.032 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル解像度: 0.96→0.98 Å / 冗長度: 10.3 % / Rmerge(I) obs: 2.2 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 11725 / CC1/2: 0.47 / Rpim(I) all: 0.74 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 0.96→44.94 Å / SU ML: 0.0994 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.7457
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1522 12122 5.08 %
Rwork0.1436 226687 -
obs0.1441 238809 99.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 13.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.96→44.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3715 0 45 526 4286
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00813932
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.17345363
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0899572
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0121681
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.1698536
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
0.96-0.970.31753900.31787488X-RAY DIFFRACTION99.8
0.97-0.980.28923990.30527417X-RAY DIFFRACTION99.83
0.98-0.990.29324090.28277511X-RAY DIFFRACTION99.85
0.99-1.010.28053820.27387512X-RAY DIFFRACTION99.92
1.01-1.020.25744130.25117476X-RAY DIFFRACTION99.81
1.02-1.030.25414270.23827444X-RAY DIFFRACTION99.85
1.03-1.050.23274290.22597462X-RAY DIFFRACTION99.73
1.05-1.060.22814040.21167470X-RAY DIFFRACTION99.87
1.06-1.080.21983990.19657562X-RAY DIFFRACTION99.89
1.08-1.10.21144030.18757457X-RAY DIFFRACTION99.89
1.1-1.120.19583610.18397528X-RAY DIFFRACTION99.84
1.12-1.140.18224090.17697511X-RAY DIFFRACTION99.87
1.14-1.160.17334130.17027504X-RAY DIFFRACTION99.9
1.16-1.180.18684080.1587540X-RAY DIFFRACTION99.91
1.18-1.210.17354160.14997453X-RAY DIFFRACTION99.87
1.21-1.240.14593910.14837548X-RAY DIFFRACTION99.92
1.24-1.270.14894310.14457505X-RAY DIFFRACTION99.97
1.27-1.30.1554190.14117517X-RAY DIFFRACTION99.91
1.3-1.340.15653980.13697558X-RAY DIFFRACTION99.99
1.34-1.380.15953460.13867610X-RAY DIFFRACTION99.95
1.38-1.430.16313900.13127559X-RAY DIFFRACTION99.97
1.43-1.490.12863930.12527575X-RAY DIFFRACTION99.99
1.49-1.560.13253870.11947603X-RAY DIFFRACTION99.99
1.56-1.640.12114270.11017543X-RAY DIFFRACTION99.99
1.64-1.740.11443650.11117669X-RAY DIFFRACTION99.99
1.74-1.880.1154190.11187591X-RAY DIFFRACTION100
1.88-2.070.12194500.11347617X-RAY DIFFRACTION100
2.07-2.370.13014540.11547651X-RAY DIFFRACTION100
2.37-2.980.14343880.13467762X-RAY DIFFRACTION100
2.98-44.940.13714020.13978044X-RAY DIFFRACTION99.94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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