PDB-9gys: X-ray structure of the adduct formed upon reaction of RNase A wit...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9gys

タイトル

X-ray structure of the adduct formed upon reaction of RNase A with [Ru2(D-p-FPhF)(O2CCH3)2(O2CO)] complex

要素

Ribonuclease pancreatic

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / Diruthenium / protein interaction / metallodrug

機能・相同性

機能・相同性情報

pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / defense response to Gram-positive bacterium / lyase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.74 Å

データ登録者

Teran, A. / Ferraro, G. / Merlino, A.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2024
タイトル: Deciphering the role of neutral diruthenium complexes in protein binding.
著者: Ferraro, G. / Teran, A. / Galardo, F. / Lucignano, R. / Picone, D. / Massai, L. / Fasulo, F. / Munoz-Garcia, A.B. / Messori, L. / Herrero, S. / Merlino, A.

履歴

登録	2024年10月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年12月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9gys.cif.gz	74.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9gys.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9gys.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9gys_validation.pdf.gz	2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9gys_full_validation.pdf.gz	2 MB	表示
XML形式データ	9gys_validation.xml.gz	16.9 KB	表示
CIF形式データ	9gys_validation.cif.gz	22.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gy/9gys ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gy/9gys	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (9) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (9)

登録構造単位

A: Ribonuclease pancreatic

B: Ribonuclease pancreatic

ヘテロ分子

30.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ribonuclease pancreatic

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
15.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Ribonuclease pancreatic

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.540, 32.600, 72.350
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.014, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-305- HOH

#1: タンパク質	Ribonuclease pancreatic / RNase 1 / RNase A 分子量: 13708.326 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P61823, pancreatic ribonuclease
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-A1IQW / [Ru2-N,N'-diphenylformamidinate(O2CCH3)2(O2CO)] complex / Diruthenium complex 分子量: 611.458 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₁₅F₂N₂O₇Ru₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 218 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.12 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.1 / 詳細: 22% PEG4K, 10 mM sodium citrate buffer at pH 5.1

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.74→50.27 Å / Num. obs: 23214 / % possible obs: 94.4 % / 冗長度: 2.9 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 11.6
反射シェル	解像度: 1.74→1.77 Å / R_merge(I) obs: 0.466 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 1137 / CC_1/2: 0.745

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.74→50.27 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.919 / SU B: 3.169 / SU ML: 0.101 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.147 / ESU R Free: 0.152 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26	1160	5.058 %	0.261
R_work	0.1922	21772	-	-
all	0.195	-	-	-
obs	-	22932	93.486 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.606 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.082 Å²	0 Å²	0.147 Å²
2-	-	0.084 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.002 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.74→50.27 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1898	0	78	218	2194

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.012	2092
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1777
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.581	1.863	2871
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.552	1.78	4124
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.117	5	262
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	5.718	5	8
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.689	10	343
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.896	10	91
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	300
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	2470
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	456
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.191	0.2	437
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.204	0.2	1695
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.173	0.2	986
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	1041
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.191	0.2	194
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.197	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.17	0.2	98
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.216	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.125	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.641	2.739	1030
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.641	2.739	1030
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.003	4.897	1298
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.002	4.896	1299
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.933	3.006	1062
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.827	2.934	985
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.56	5.484	1573
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.557	5.263	1444
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.35	31.476	2423
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.122	28.908	2302

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.74-1.785	0.354	86	0.277	1395	X-RAY DIFFRACTION	83.4366
1.785-1.834	0.238	74	0.238	1576	X-RAY DIFFRACTION	93.5905
1.834-1.887	0.324	92	0.241	1547	X-RAY DIFFRACTION	96.2419
1.887-1.945	0.249	106	0.213	1448	X-RAY DIFFRACTION	92.8315
1.945-2.009	0.293	61	0.215	1431	X-RAY DIFFRACTION	95.7024
2.009-2.079	0.22	78	0.192	1416	X-RAY DIFFRACTION	95.6466
2.079-2.158	0.219	78	0.187	1354	X-RAY DIFFRACTION	96.0429
2.158-2.245	0.272	65	0.194	1315	X-RAY DIFFRACTION	95.5017
2.245-2.345	0.262	62	0.201	1251	X-RAY DIFFRACTION	93.0546
2.345-2.459	0.262	64	0.185	1162	X-RAY DIFFRACTION	94.1628
2.459-2.592	0.269	65	0.185	1141	X-RAY DIFFRACTION	94.5141
2.592-2.749	0.264	54	0.183	1084	X-RAY DIFFRACTION	94.9917
2.749-2.938	0.258	51	0.178	1035	X-RAY DIFFRACTION	94.1891
2.938-3.172	0.254	48	0.181	942	X-RAY DIFFRACTION	94.9185
3.172-3.474	0.23	54	0.172	844	X-RAY DIFFRACTION	93.3472
3.474-3.881	0.285	26	0.16	798	X-RAY DIFFRACTION	91.8618
3.881-4.477	0.247	50	0.153	666	X-RAY DIFFRACTION	91.6773
4.477-5.473	0.195	13	0.181	612	X-RAY DIFFRACTION	92.8678
5.473-7.694	0.297	24	0.228	463	X-RAY DIFFRACTION	91.3696
7.694-50.27	0.346	9	0.277	290	X-RAY DIFFRACTION	92.5697

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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