PDB-9gyp: Crystal structure of human Histidine Triad Nucleotide-Binding Pro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9gyp

タイトル

Crystal structure of human Histidine Triad Nucleotide-Binding Protein 1 in complex with KV24

要素

Histidine triad nucleotide-binding protein 1

キーワード

HYDROLASE / ligand binding / histidine triad / nucleotide binding / HIT protein

機能・相同性

機能・相同性情報

purine ribonucleotide catabolic process / 加水分解酵素; リン-窒素結合に作用; - / adenosine 5'-monophosphoramidase activity / deSUMOylase activity / protein desumoylation / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in apoptosis / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / histone deacetylase complex / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in cell cycle and proliferation / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.801 Å

データ登録者

Dolot, R.M. / Lechner, S. / Sethiya, J.P. / Wagner, C.R. / Bracher, F. / Kuster, B.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2025
タイトル: Serendipitous and Systematic Chemoproteomic Discovery of MBLAC2, HINT1, and NME1-4 Inhibitors from Histone Deacetylase-Targeting Pharmacophores.
著者: Lechner, S. / Sha, S. / Sethiya, J.P. / Szczupak, P. / Dolot, R. / Lomada, S. / Sakhteman, A. / Tushaus, J. / Prokofeva, P. / Krauss, M. / Breu, F. / Vogerl, K. / Morgenstern, M. / Hrabe de ...

履歴

登録	2024年10月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年7月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9gyp.cif.gz	70.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9gyp.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9gyp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9gyp_validation.pdf.gz	705.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9gyp_full_validation.pdf.gz	705.6 KB	表示
XML形式データ	9gyp_validation.xml.gz	16.3 KB	表示
CIF形式データ	9gyp_validation.cif.gz	22.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gy/9gyp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gy/9gyp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9gyqC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (3) #86 - 2007年2月エキソソーム (Exosomes) 類似性 (3) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Histidine triad nucleotide-binding protein 1

B: Histidine triad nucleotide-binding protein 1

ヘテロ分子

28.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.957, 46.446, 63.788
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 94.533, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Histidine triad nucleotide-binding protein 1 / Adenosine 5'-monophosphoramidase / Protein kinase C inhibitor 1 / Protein kinase C-interacting ...Adenosine 5'-monophosphoramidase / Protein kinase C inhibitor 1 / Protein kinase C-interacting protein 1 / PKCI-1 分子量: 13823.931 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HINT1, HINT, PKCI1, PRKCNH1 / プラスミド: pSGA02 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P49773, 加水分解酵素
#2: 化合物	ChemComp-A1IQU / ~{N}-oxidanyl-4-(5~{H}-pyrrolo[1,2-a]quinoxalin-4-yl)benzamide 分子量: 304.323 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₁₄N₃O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 260 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.92 %
結晶化	温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 10% w/v PEG4000, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: SEALED TUBE / タイプ: RIGAKU PhotonJet-S / 波長: 1.54184 Å
検出器	タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年12月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→18.416 Å / Num. obs: 21094 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 12.3 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.056 / R_pim(I) all: 0.032 / R_rim(I) all: 0.065 / Χ²: 0.93 / Net I/σ(I): 15.1
反射シェル	解像度: 1.8→1.84 Å / 冗長度: 2.4 % / R_merge(I) obs: 0.344 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 1233 / CC_1/2: 0.874 / R_pim(I) all: 0.251 / R_rim(I) all: 0.428 / Χ²: 0.95 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430	精密化
CrysalisPro	43.100a	データ削減
Aimless	0.7.13	データスケーリング
MOLREP	11.9.02	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.801→18.416 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / SU B: 2.614 / SU ML: 0.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.114 / ESU R Free: 0.116 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1908	981	4.656 %
R_work	0.141	20088	-
all	0.143	-	-
obs	-	21069	99.144 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.055 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.808 Å²	0 Å²	-0.363 Å²
2-	-	-0.344 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.389 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.801→18.416 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1762	0	33	260	2055

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	1991
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1855
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.651	1.815	2716
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.587	1.794	4311
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.518	5	258
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.627	5	10
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.013	10	344
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.315	10	87
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	284
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	2389
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	431
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.218	0.2	412
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.199	0.2	1762
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.172	0.2	974
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	1042
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.188	0.2	176
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.114	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.115	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.158	0.2	55
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.199	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.29	1.44	990
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.289	1.439	989
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.98	2.582	1262
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.98	2.581	1263
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.31	1.721	1001
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.005	1.716	993
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.254	3.059	1454
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.182	3.04	1443
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.346	17.478	2357
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.105	15.766	2294

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.801-1.847	0.221	75	0.194	1450	0.195	1544	0.972	0.973	98.7694	0.169
1.847-1.897	0.294	72	0.178	1426	0.184	1515	0.953	0.974	98.8779	0.149
1.897-1.952	0.195	80	0.167	1367	0.169	1461	0.97	0.98	99.0418	0.141
1.952-2.011	0.216	73	0.164	1334	0.167	1422	0.961	0.982	98.9451	0.136
2.011-2.076	0.23	72	0.161	1287	0.164	1375	0.965	0.982	98.8364	0.134
2.076-2.148	0.196	63	0.147	1265	0.149	1343	0.98	0.986	98.8831	0.126
2.148-2.228	0.154	57	0.137	1225	0.138	1290	0.984	0.987	99.3798	0.115
2.228-2.318	0.193	60	0.121	1180	0.124	1240	0.977	0.99	100	0.103
2.318-2.419	0.14	54	0.119	1148	0.12	1202	0.987	0.991	100	0.103
2.419-2.535	0.184	52	0.126	1103	0.129	1155	0.981	0.99	100	0.109
2.535-2.669	0.184	56	0.13	1030	0.133	1086	0.982	0.989	100	0.113
2.669-2.827	0.223	45	0.14	988	0.144	1033	0.965	0.988	100	0.126
2.827-3.018	0.23	35	0.141	953	0.143	988	0.97	0.987	100	0.13
3.018-3.252	0.209	34	0.134	875	0.136	910	0.974	0.989	99.8901	0.126
3.252-3.551	0.162	30	0.135	802	0.136	837	0.984	0.99	99.4026	0.131
3.551-3.952	0.165	31	0.135	724	0.137	766	0.985	0.989	98.564	0.137
3.952-4.529	0.158	26	0.116	656	0.117	691	0.988	0.991	98.6975	0.118
4.529-5.465	0.138	26	0.128	547	0.129	582	0.99	0.992	98.4536	0.13
5.465-7.409	0.226	34	0.169	431	0.173	471	0.984	0.985	98.7261	0.164
7.409-18.416	0.175	6	0.161	293	0.161	309	0.992	0.986	96.7638	0.167

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