PDB-9gyn: Ferredoxin Wild-type - Reduced state

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9gyn

タイトル

Ferredoxin Wild-type - Reduced state

要素

Ferredoxin-1, chloroplastic

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Metalloprotein Iron-sulfur cluster Electron transfer

機能・相同性

機能・相同性情報

chloroplast stroma / electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / electron transfer activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Spinacia oleracea (ホウレンソウ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1 Å

データ登録者

Carr, S.B. / Wei, J. / Vincent, K.A.

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: Chembiochem / 年: 2025
タイトル: Cyanophenylalanine as an Infrared Probe for Iron-Sulfur Cluster Redox State in Multicenter Metalloenzymes.
著者: Duan, Z. / Wei, J. / Carr, S.B. / Ramirez, M. / Evans, R.M. / Ash, P.A. / Rodriguez-Macia, P. / Sachdeva, A. / Vincent, K.A.

履歴

登録	2024年10月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年5月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年6月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9gyn.cif.gz	59.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9gyn.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9gyn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gy/9gyn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gy/9gyn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9gydC 9gylC 9gyrC 9gyuC 9gz0C 9gz4C 9gzlC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#117 - 2009年9月キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase) 類似性 (8) #144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (5) #82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (6) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (5) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (4) #137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1) #16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (1) #36 - 2002年12月シトクロムc (Cytochrome c) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (5)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#117 - 2009年9月
キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase)
類似性 (8)
#144 - 2011年12月
複合体I (Complex I)
類似性 (5)
#82 - 2006年10月
シトクロムp450 (Cytochrome p450)
類似性 (6)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (5)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (4)
#137 - 2011年5月
シトクロムbc1 (Cytochrome bc1)
類似性 (1)
#16 - 2001年4月
アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
類似性 (1)
#36 - 2002年12月
シトクロムc (Cytochrome c)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (5)

登録構造単位

AAA: Ferredoxin-1, chloroplastic

ヘテロ分子

11.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	30.286, 51.285, 61.250
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Ferredoxin-1, chloroplastic / Ferredoxin I / Fd I 分子量: 11273.257 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) 遺伝子: PETF / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P00221
#2: 化合物	ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER 分子量: 175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Fe₂S₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 151 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43 % / 解説: Bright red, rhombahedra
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 100 mM Na, K phosphate, 2.6-3.6 M Ammonium phosphate PH範囲: 7-8

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.62 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年8月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.62 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1→39.3 Å / Num. obs: 52421 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 24.4 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.081 / R_pim(I) all: 0.017 / Net I/σ(I): 15.7
反射シェル	解像度: 1→1.03 Å / 冗長度: 15.4 % / R_merge(I) obs: 2.5 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 2565 / CC_1/2: 0.672 / R_pim(I) all: 0.66 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0266	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1→39.321 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.979 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.974 / WR_factor R_free: 0.152 / WR_factor R_work: 0.137 / Average fsc free: 0.9507 / Average fsc work: 0.9512 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.022 / ESU R Free: 0.022 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1561	2565	4.904 %
R_work	0.1409	49736	-
all	0.142	-	-
obs	-	52301	99.903 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.569 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.525 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.066 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.591 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1→39.321 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	753	0	4	151	908

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.013	810
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.036	0.017	711
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.322	1.647	1114
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.544	1.585	1672
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.025	5	112
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.556	26.829	41
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.165	15	131
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	9.254	15	1
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.141	0.2	111
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	949
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.014	0.02	158
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.239	0.2	130
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.21	0.2	679
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.178	0.2	400
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	396
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.177	0.2	82
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.125	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.17	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.338	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.927	1.482	409
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.963	1.475	408
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.908	2.207	513
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.911	2.22	514
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.163	1.789	401
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.192	1.798	398
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.937	2.583	592
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.941	2.588	591
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.148	19.06	901
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.14	18.292	870
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	15.885	3	1521

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1-1.026	0.304	181	0.276	3643	0.278	3827	0.81	0.812	99.9216	0.264
1.026-1.054	0.211	183	0.222	3529	0.222	3713	0.894	0.885	99.9731	0.203
1.054-1.085	0.195	166	0.19	3450	0.191	3619	0.927	0.924	99.9171	0.167
1.085-1.118	0.183	181	0.168	3344	0.169	3532	0.945	0.931	99.8018	0.145
1.118-1.155	0.164	171	0.148	3225	0.149	3402	0.954	0.961	99.8236	0.127
1.155-1.195	0.149	160	0.131	3132	0.132	3296	0.968	0.972	99.8786	0.113
1.195-1.24	0.135	146	0.126	3057	0.126	3209	0.971	0.971	99.813	0.111
1.24-1.291	0.148	165	0.12	2887	0.121	3060	0.971	0.975	99.7386	0.105
1.291-1.348	0.147	151	0.114	2795	0.116	2950	0.972	0.979	99.8644	0.101
1.348-1.414	0.133	138	0.107	2707	0.109	2848	0.979	0.981	99.8947	0.097
1.414-1.49	0.134	125	0.104	2581	0.105	2710	0.977	0.985	99.8524	0.096
1.49-1.58	0.125	132	0.093	2418	0.094	2551	0.982	0.988	99.9608	0.088
1.58-1.689	0.124	129	0.103	2295	0.104	2424	0.981	0.984	100	0.099
1.689-1.824	0.129	105	0.108	2140	0.109	2246	0.981	0.982	99.9555	0.107
1.824-1.998	0.124	103	0.118	1995	0.118	2098	0.98	0.981	100	0.121
1.998-2.233	0.118	80	0.127	1815	0.126	1895	0.984	0.981	100	0.134
2.233-2.577	0.152	89	0.141	1607	0.141	1696	0.972	0.974	100	0.153
2.577-3.153	0.193	66	0.163	1376	0.164	1442	0.954	0.966	100	0.183
3.153-4.445	0.182	60	0.158	1083	0.159	1143	0.963	0.972	100	0.185
4.445-39.321	0.189	34	0.201	656	0.2	690	0.967	0.961	100	0.235

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