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- PDB-9gyb: Crystal structure of the recombinant CODH from Rhodopspirillum ru... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9gyb
タイトルCrystal structure of the recombinant CODH from Rhodopspirillum rubrum produced in Escherichia coli
要素Carbon monoxide dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Carbon monoxide dehydrogenase Redox nickel enzyme Electron transfer
機能・相同性
機能・相同性情報


anaerobic carbon monoxide dehydrogenase / anaerobic carbon-monoxide dehydrogenase activity / hydroxylamine reductase activity / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / nickel cation binding / generation of precursor metabolites and energy / peroxidase activity / ferrous iron binding / response to hydrogen peroxide / 4 iron, 4 sulfur cluster binding ...anaerobic carbon monoxide dehydrogenase / anaerobic carbon-monoxide dehydrogenase activity / hydroxylamine reductase activity / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / nickel cation binding / generation of precursor metabolites and energy / peroxidase activity / ferrous iron binding / response to hydrogen peroxide / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / protein homodimerization activity / protein-containing complex / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ni-containing CO dehydrogenase / CO dehydrogenase, alpha-bundle / Hydroxylamine reductase/Ni-containing CO dehydrogenase / Prismane/CO dehydrogenase family / Prismane-like, alpha/beta-sandwich / Prismane-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Fe(3)-Ni(1)-S(4) cluster / IRON/SULFUR CLUSTER / Carbon monoxide dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodospirillum rubrum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Cavazza, C. / Contaldo, U.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French Alternative Energies and Atomic Energy Commission (CEA) フランス
引用ジャーナル: Chemistry / 年: 2025
タイトル: Insights into the Role of the D-Cluster in [NiFe]-CODH from Rhodospirillum Rubrum.
著者: Contaldo, U. / Guigliarelli, B. / Perard, J. / Pichon, T. / Le Goff, A. / Cavazza, C.
履歴
登録2024年10月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbon monoxide dehydrogenase
B: Carbon monoxide dehydrogenase
C: Carbon monoxide dehydrogenase
D: Carbon monoxide dehydrogenase
E: Carbon monoxide dehydrogenase
F: Carbon monoxide dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)407,21822
ポリマ－401,5686
非ポリマー5,65016
水00
1
A: Carbon monoxide dehydrogenase
B: Carbon monoxide dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,7327
ポリマ－133,8562
非ポリマー1,8765
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8920 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area37240 Å2
手法PISA
2
C: Carbon monoxide dehydrogenase
D: Carbon monoxide dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,7558
ポリマ－133,8562
非ポリマー1,8996
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9110 Å2
ΔGint-98 kcal/mol
Surface area37380 Å2
手法PISA
3
E: Carbon monoxide dehydrogenase
F: Carbon monoxide dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,7327
ポリマ－133,8562
非ポリマー1,8765
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9020 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area38160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.450, 200.573, 116.370
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 111.210, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質
Carbon monoxide dehydrogenase / CODH


分子量: 66927.969 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodospirillum rubrum (バクテリア)
遺伝子: cooS / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P31896, anaerobic carbon monoxide dehydrogenase
#2: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#3: 化合物
ChemComp-RQM / Fe(3)-Ni(1)-S(4) cluster


分子量: 410.333 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4NiS4
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.89 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100mM HEPES, pH 7.5, 1 mM DTT, 10% PEG8000, 8% MPD, 0.2 M CaCl2.
PH範囲: 6.56-8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.9677 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年1月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→47.71 Å / Num. obs: 86518 / % possible obs: 99.11 % / 冗長度: 1.77 % / Biso Wilson estimate: 80.9 Å2 / CC1/2: 0.98 / Net I/σ(I): 4.18
反射 シェル解像度: 2.9→3.004 Å / Num. unique obs: 8126 / CC1/2: 0.13 / % possible all: 93.57

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→47.71 Å / SU ML: 0.6041 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.7996
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2879 1100 1.27 %
Rwork0.2274 85377 -
obs0.2282 86477 99.12 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 80.96 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→47.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数27189 0 127 0 27316
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003827861
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.874438177
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04664511
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00554890
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.33293988
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-3.030.39821310.364310163X-RAY DIFFRACTION94.84
3.03-3.190.32811380.339210744X-RAY DIFFRACTION99.95
3.19-3.390.33821380.294310711X-RAY DIFFRACTION99.88
3.39-3.650.31821380.246810717X-RAY DIFFRACTION99.82
3.65-4.020.28831390.219410775X-RAY DIFFRACTION99.84
4.02-4.60.2811380.191510749X-RAY DIFFRACTION99.84
4.6-5.80.29021390.213810768X-RAY DIFFRACTION99.83
5.8-47.710.2441390.196910750X-RAY DIFFRACTION98.91

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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