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- PDB-9gy2: Non-Hemolytic Phospholipase C (PLC N) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9gy2
タイトルNon-Hemolytic Phospholipase C (PLC N)
要素phospholipase C
キーワードHYDROLASE / Non-Hemolytic / Phospholipase C (PLC N
機能・相同性
機能・相同性情報


phospholipase C / phosphatidylcholine phospholipase C activity / lipid catabolic process
類似検索 - 分子機能
Bacterial phospholipase C, C-terminal domain / Bacterial phospholipase C, phosphocholine-specific / Bacterial phospholipase C, C-terminal domain / Phosphoesterase / Phosphoesterase family / Alkaline-phosphatase-like, core domain superfamily / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.57 Å
データ登録者Sabharwal, N.S. / Labahn, J.L.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Helmholtz Association ドイツ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Non-Hemolytic Phospholipase C (PLC N)
著者: Sabharwal, N.S. / Labahn, J.L.
履歴
登録2024年10月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: phospholipase C
B: phospholipase C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,9316
ポリマ－157,7712
非ポリマー1604
水21,2221178
1
A: phospholipase C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,9663
ポリマ－78,8851
非ポリマー802
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: phospholipase C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,9663
ポリマ－78,8851
非ポリマー802
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)61.270, 110.432, 98.619
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.030, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 phospholipase C


分子量: 78885.352 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: 6HisTag at the N terminal of full length PLC N (non-hemolytic phospholipase C)
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14 (緑膿菌)
遺伝子: plcN, PA14_21110 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H2ZE19, phospholipase C
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.74 %
結晶化温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 11% 1,5-pentadiol, 0.1 M BisTris/MOPSO pH 6.5, 7% PEG 8000. With 1:1200 trypsin

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.57→47.96 Å / Num. obs: 170135 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 20.23 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 20.2
反射 シェル解像度: 1.57→1.59 Å / Num. unique obs: 5609 / CC1/2: 0.847

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.57→47.96 Å / SU ML: 0.1568 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.9802
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1754 8504 5 %
Rwork0.152 161631 -
obs0.1532 170135 95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 24.88 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.57→47.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10211 0 4 1178 11393
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007810538
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.987714349
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05881468
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0131915
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.81713863
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.57-1.590.29032670.24595348X-RAY DIFFRACTION94.9
1.63-1.650.24942930.20485389X-RAY DIFFRACTION94.81
1.65-1.670.22952720.1945301X-RAY DIFFRACTION94.71
1.67-1.690.21112800.1925326X-RAY DIFFRACTION94.3
1.69-1.720.25353060.21515286X-RAY DIFFRACTION93.46
1.72-1.740.23572800.21685174X-RAY DIFFRACTION91.3
1.74-1.770.21242600.20134690X-RAY DIFFRACTION83.71
1.77-1.80.21282540.17635448X-RAY DIFFRACTION95.26
1.8-1.830.18883180.16545417X-RAY DIFFRACTION96.39
1.83-1.860.19372900.16015462X-RAY DIFFRACTION96.35
1.86-1.90.17412950.155429X-RAY DIFFRACTION96.4
1.9-1.940.17733100.14775434X-RAY DIFFRACTION96.26
1.94-1.980.19212890.15355445X-RAY DIFFRACTION96.5
1.98-2.020.1972850.15535471X-RAY DIFFRACTION96.66
2.02-2.070.17872960.15845458X-RAY DIFFRACTION96.58
2.07-2.130.16192700.15375469X-RAY DIFFRACTION96.34
2.13-2.190.17943040.1445505X-RAY DIFFRACTION96.58
2.19-2.260.17572630.14195466X-RAY DIFFRACTION96.12
2.26-2.350.16572880.1435386X-RAY DIFFRACTION94.98
2.35-2.440.1762580.154983X-RAY DIFFRACTION88.13
2.44-2.550.16392870.14545267X-RAY DIFFRACTION92.85
2.55-2.680.1692770.14515594X-RAY DIFFRACTION97.95
2.68-2.850.17022980.15225532X-RAY DIFFRACTION98.08
2.85-3.070.1612740.14785624X-RAY DIFFRACTION98.07
3.07-3.380.15672760.14415575X-RAY DIFFRACTION97.91
3.38-3.870.16812770.13645550X-RAY DIFFRACTION97.25
3.87-4.880.14432780.13165113X-RAY DIFFRACTION89.34
4.88-47.960.182840.15425774X-RAY DIFFRACTION99.25

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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