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- PDB-9gxh: Nanobody bound to TBA G-quadruplex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9gxh
タイトルNanobody bound to TBA G-quadruplex
要素
  • Nanobody
  • Thrombin-binding aptamer (TBA)
キーワードIMMUNE SYSTEM / G-quadruplex / DNA / thrombin / nanobody / thrombin-binding aptamer / TBA
機能・相同性: / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Lama glama (ラマ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Hadzi, S. / Pevec, M.
資金援助 スロベニア, 3件
組織認可番号国
Slovenian Research AgencyP1-0201 スロベニア
Slovenian Research AgencyJ1-50026 スロベニア
Slovenian Research AgencyP1-0242 スロベニア
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2025
タイトル: Structural basis of G-quadruplex recognition by a camelid antibody fragment.
著者: Pevec, M. / Medved, T. / Kovacic, M. / Zerjav, N. / Imperl, J. / Plavec, J. / Lah, J. / Loris, R. / Hadzi, S.
履歴
登録2024年9月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年6月11日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nanobody
B: Nanobody
C: Thrombin-binding aptamer (TBA)
D: Thrombin-binding aptamer (TBA)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,5158
ポリマ－36,3364
非ポリマー1794
水6,215345
1
A: Nanobody
ヘテロ分子

C: Thrombin-binding aptamer (TBA)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,3085
ポリマ－18,1682
非ポリマー1403
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_645-x+1,y-1/2,-z1
2
B: Nanobody
D: Thrombin-binding aptamer (TBA)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,2073
ポリマ－18,1682
非ポリマー391
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)36.284, 59.331, 70.625
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.79, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体 Nanobody


分子量: 13424.901 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): WK6
#2: DNA鎖 Thrombin-binding aptamer (TBA)


分子量: 4743.051 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 345 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.91 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 0.2 M Sodium chloride, 0.1 M Phosphate/citrate, pH = 4.2, 20 % w/v PEG 8000 cryosoak: same solution with 30% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.978565 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年12月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978565 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.39→70.26 Å / Num. obs: 43889 / % possible obs: 72.7 % / 冗長度: 5.8 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.138 / Rpim(I) all: 0.061 / Rrim(I) all: 0.152 / Χ2: 0.85 / Net I/σ(I): 6.8 / Num. measured all: 253447
反射 シェル解像度: 1.39→1.46 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 3.649 / Num. unique obs: 1022 / CC1/2: 0.109 / Rpim(I) all: 2.682 / Rrim(I) all: 4.567 / Χ2: 0.67

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
STARANISOanisotropy correctionデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→45.332 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.73 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1985 2000 8.64 %
Rwork0.1542 --
obs0.1581 23145 97.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→45.332 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1686 630 7 345 2668
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082567
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9733615
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.8231387
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055392
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005350
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.94750.22381430.17321513X-RAY DIFFRACTION100
1.9475-2.00020.22051470.16741562X-RAY DIFFRACTION100
2.0002-2.05910.20161440.15931511X-RAY DIFFRACTION100
2.0591-2.12550.2381460.16731543X-RAY DIFFRACTION100
2.1255-2.20150.23561430.16191517X-RAY DIFFRACTION100
2.2015-2.28960.24981470.17131553X-RAY DIFFRACTION100
2.2896-2.39380.23371450.16391529X-RAY DIFFRACTION100
2.3938-2.520.25041440.17511534X-RAY DIFFRACTION100
2.52-2.67790.23951270.17461347X-RAY DIFFRACTION87
2.6779-2.88460.21551450.15961527X-RAY DIFFRACTION100
2.8846-3.17480.19391460.16491542X-RAY DIFFRACTION100
3.1748-3.63410.16191330.1311408X-RAY DIFFRACTION90
3.6341-4.57790.14651400.11911481X-RAY DIFFRACTION95
4.5779-45.3320.16241500.15021578X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.74760.36370.03941.1082-0.00381.1019-0.05720.0881-0.0249-0.03150.0406-0.04250.0270.02310.01980.05110.00580.00110.06310.0020.048810.8192-3.715524.4925
21.4601-0.347-0.53531.8710.19922.2112-0.0708-0.00420.0348-0.05780.1047-0.15-0.1240.17830.00910.1136-0.041-0.00010.124-0.00330.071426.819518.460110.7345
31.04850.5908-0.11373.60141.75072.4986-0.02970.00060.0778-0.03280.07770.1173-0.07680.0536-0.04250.0740.0024-0.00220.0776-0.00050.046321.116119.280527.5851
40.7125-1.06710.01173.6621-0.55582.6454-0.0173-0.06240.07670.41890.0278-0.1416-0.10770.3179-0.00780.1574-0.0305-0.01460.1650.02010.079228.322125.4863-7.2336
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 1 through 115)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 3 through 115)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'D' and resid 1 through 15)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'C' and resid 1 through 15)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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