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- PDB-9gxb: Room temperature structure of FAD-containing ferrodoxin-NADP redu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9gxb
タイトルRoom temperature structure of FAD-containing ferrodoxin-NADP reductase from Brucella ovis at EuXFEL
要素ferredoxin--NADP(+) reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / ferredoxin-NADP+ reductase / room temperature X-ray diffraction / electron transfer / oxidative damage protection / serial femtosecond crystallography / XFEL / microcrystals.
機能・相同性
機能・相同性情報


ferredoxin-NADP+ reductase / ferredoxin-NADP+ reductase activity / heme catabolic process / cellular response to oxidative stress / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
: / Ferredoxin--NADP reductase, bacteria / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase-like, FAD-binding domain / Oxidoreductase FAD-binding domain / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding / Oxidoreductase NAD-binding domain / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. / Riboflavin synthase-like beta-barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / ferredoxin--NADP(+) reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Brucella ovis ATCC 25840 (バクテリア)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Martinez-Julvez, M. / Martin-Garcia, J.M. / Medina, M.
資金援助 スペイン, 5件
組織認可番号国
Ministry of Economy and Competitiveness (MINECO)PID2022-136369NB-I00 スペイン
Other governmentLMP13_21
Other governmentBiologia Estructural_E35_23R
Comunidad de Madrid2019-T1/BMD-15552 スペイン
Agencia Estatal de Investigacion (AEI)CNS2022/135713 スペイン
引用ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2024
タイトル: New insights into the function and molecular mechanisms of Ferredoxin-NADP + reductase from Brucella ovis.
著者: Moreno, A. / Quereda-Moraleda, I. / Lozano-Vallhonrat, C. / Bunuel-Escudero, M. / Botha, S. / Kupitz, C. / Lisova, S. / Sierra, R. / Mariani, V. / Schleissner, P. / Gee, L.B. / Dorner, K. / ...著者: Moreno, A. / Quereda-Moraleda, I. / Lozano-Vallhonrat, C. / Bunuel-Escudero, M. / Botha, S. / Kupitz, C. / Lisova, S. / Sierra, R. / Mariani, V. / Schleissner, P. / Gee, L.B. / Dorner, K. / Schmidt, C. / Han, H. / Kloos, M. / Smyth, P. / Valerio, J. / Schulz, J. / de Wijn, R. / Melo, D.V.M. / Round, A. / Trost, F. / Sobolev, E. / Juncheng, E. / Sikorski, M. / Bean, R. / Martinez-Julvez, M. / Martin-Garcia, J.M. / Medina, M.
履歴
登録2024年9月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年12月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ferredoxin--NADP(+) reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,7232
ポリマ－29,9371
非ポリマー7861
水1,15364
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1270 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area11950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.900, 39.900, 168.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

#1: タンパク質 ferredoxin--NADP(+) reductase


分子量: 29937.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Brucella ovis ATCC 25840 (バクテリア)
遺伝子: fpr, BOV_0348 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H3ASL8, ferredoxin-NADP+ reductase
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: batch mode / 詳細: 25% PEG 4.000 0.1M MES pH 6.5 0.2M MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: European XFEL / ビームライン: SPB/SFX / 波長: 1.319 Å
検出器タイプ: AGIPD / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年5月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.319 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→23 Å / Num. obs: 20670 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 48 % / CC1/2: 0.8157 / Net I/σ(I): 2.9
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / Num. unique obs: 2013 / CC1/2: 0.246
Serial crystallography sample delivery解説: DFFN / 手法: injection

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
CrystFELデータ削減
CrystFELデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→22.97 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 3 / 位相誤差: 23.21 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2532 1039 5.04 %
Rwork0.217 --
obs0.2243 20610 100 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→22.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2123 0 0 64 2187
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.704
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.929282
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045320
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006373
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-20.44061620.36792747X-RAY DIFFRACTION94
2-2.130.30511550.29152788X-RAY DIFFRACTION95
2.13-2.290.29771310.26132814X-RAY DIFFRACTION96
2.29-2.520.28221690.2492763X-RAY DIFFRACTION94
2.52-2.880.26251350.23482830X-RAY DIFFRACTION95
2.88-3.630.25331290.21152824X-RAY DIFFRACTION96
3.63-22.970.20051580.17132805X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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