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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9gx9 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of CJO-1, a membrane-bound B1 metallo-beta-lactamase from Chryseobacterium joostei | ||||||
![]() | Metallo-beta-lactamase type 2 | ||||||
![]() | ANTIMICROBIAL PROTEIN / NDM-1 / homologue / environmental / MBL / AMR | ||||||
機能・相同性 | ![]() antibiotic catabolic process / beta-lactamase / beta-lactamase activity / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hinchliffe, P. / Spencer, J. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Active site loops of membrane-anchored metallo-beta-lactamases from environmental bacteria determine cephalosporinase activity. 著者: Carnevale, M.C. / Palacios, A.R. / Hinchliffe, P. / Delmonti, J. / Drusin, S.I. / Moreno, D.M. / Bonomo, R.A. / Spencer, J. / Vila, A.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 178.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 119.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 440.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 441.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 21.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 9gx8C C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26426.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: SAMN05421768_105265 / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-GOL / | ||||||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | Has protein modification | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.52 % |
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結晶化 | 温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2 M MgCl2, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 25% (w/v) PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.27012 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.34→67.502 Å / Num. obs: 39335 / % possible obs: 92.8 % / 冗長度: 12.5 % / Biso Wilson estimate: 15.96 Å2 / CC1/2: 1 / Rpim(I) all: 0.019 / Net I/σ(I): 18.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.34→1.456 Å / 冗長度: 6.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 1967 / CC1/2: 0.719 / Rpim(I) all: 0.356 / % possible all: 51.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.83 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.34→67.5 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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