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- PDB-9gx8: Crystal structure of CIM-2, a membrane-bound B1 metallo-beta-lact... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9gx8
タイトルCrystal structure of CIM-2, a membrane-bound B1 metallo-beta-lactamase from Chryseobacterium indologenes
要素Metallo-beta-lactamase type 2
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / NDM-1 / homologue / environmental / MBL / AMR
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
: / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
ISOPROPYL ALCOHOL / R-1,2-PROPANEDIOL / Subclass B1 metallo-beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Chryseobacterium indologenes (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.56 Å
データ登録者Hinchliffe, P. / Spencer, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI100560 米国
引用ジャーナル: Antimicrob.Agents Chemother. / 年: 2025
タイトル: Active site loops of membrane-anchored metallo-beta-lactamases from environmental bacteria determine cephalosporinase activity.
著者: Carnevale, M.C. / Palacios, A.R. / Hinchliffe, P. / Delmonti, J. / Drusin, S.I. / Moreno, D.M. / Bonomo, R.A. / Spencer, J. / Vila, A.J.
履歴
登録2024年9月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Metallo-beta-lactamase type 2
B: Metallo-beta-lactamase type 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,53313
ポリマ－51,7682
非ポリマー76511
水8,017445
1
A: Metallo-beta-lactamase type 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,2296
ポリマ－25,8841
非ポリマー3455
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Metallo-beta-lactamase type 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,3057
ポリマ－25,8841
非ポリマー4216
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)164.287, 43.131, 75.691
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 115.959, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Metallo-beta-lactamase type 2 / B2 metallo-beta-lactamase / Metallo-beta-lactamase type II


分子量: 25884.088 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chryseobacterium indologenes (バクテリア)
遺伝子: AOB46_06505 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0N0IX17, beta-lactamase

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非ポリマー , 6種, 456分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#6: 化合物 ChemComp-PGR / R-1,2-PROPANEDIOL / (R)-1,2-プロパンジオ-ル


分子量: 76.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 445 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.18 %
結晶化温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1M Tris/Bicine pH8.5, 0.12 M (1,6-Hexanediol, 1-Butanol, 1,2-Propanediol, 2-Propanol, 1,4-Butanediol, 1,3-Propanediol), 37.5% (MPD, PEG1000, Peg3350)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 1.27021 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年2月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.27021 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.56→73.86 Å / Num. obs: 67879 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 23.51 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.044 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 1.56→1.59 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / Num. unique obs: 3287 / CC1/2: 0.283 / Rpim(I) all: 1.053 / % possible all: 96.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
DIALSデータ削減
DIALSデータスケーリング
CRANK2位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.56→41.76 Å / SU ML: 0.2448 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.4419
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1946 1941 2.87 %
Rwork0.168 65639 -
obs0.1687 67580 98.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 30.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.56→41.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3526 0 35 445 4006
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00573764
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.78325112
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0562558
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0044665
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.97261357
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.56-1.60.40961200.37424420X-RAY DIFFRACTION93.2
1.6-1.640.35391110.32194693X-RAY DIFFRACTION99.15
1.64-1.690.30351160.28014689X-RAY DIFFRACTION99.46
1.69-1.740.28621270.25514692X-RAY DIFFRACTION98.99
1.74-1.810.26461430.2414682X-RAY DIFFRACTION98.83
1.81-1.880.27881320.22014626X-RAY DIFFRACTION98.35
1.88-1.960.20591530.18064672X-RAY DIFFRACTION99.1
1.96-2.070.18891690.16834664X-RAY DIFFRACTION99.42
2.07-2.20.21421600.16654686X-RAY DIFFRACTION99.63
2.2-2.370.19671380.16184711X-RAY DIFFRACTION99.14
2.37-2.610.19161280.16264685X-RAY DIFFRACTION98.24
2.61-2.980.18181580.15644748X-RAY DIFFRACTION100
2.98-3.760.15651430.13884801X-RAY DIFFRACTION99.84
3.76-41.760.16971430.14254870X-RAY DIFFRACTION98.8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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