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- PDB-9gwv: Crystal structure of sulfoquinovose-1-dehydrogenase from Pseudomo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9gwv
タイトルCrystal structure of sulfoquinovose-1-dehydrogenase from Pseudomonas Putida in complex with NAD+ (sulfo-ED pathway)
要素Sulfoquinovose 1-dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / sulfoquinovose / sulfoglycolysis / short-chain dehydrogenase-reductase / NAD complex
機能・相同性
機能・相同性情報


sulfoquinovose 1-dehydrogenase / oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
PKS_KR / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Sulfoquinovose 1-dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Sharma, M. / Davies, G.J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/W003805/1 英国
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2025
タイトル: Structure, kinetics, and mechanism of Pseudomonas putida sulfoquinovose dehydrogenase, the first enzyme in the sulfoglycolytic Entner-Doudoroff pathway.
著者: Burchill, L. / Sharma, M. / Soler, N.M. / Goddard-Borger, E.D. / Davies, G.J. / Williams, S.J.
履歴
登録2024年9月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sulfoquinovose 1-dehydrogenase
B: Sulfoquinovose 1-dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,9734
ポリマ－58,6462
非ポリマー1,3272
水1,874104
1
A: Sulfoquinovose 1-dehydrogenase
B: Sulfoquinovose 1-dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Sulfoquinovose 1-dehydrogenase
B: Sulfoquinovose 1-dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,9468
ポリマ－117,2934
非ポリマー2,6544
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_554-x,y,-z-11
Buried area18200 Å2
ΔGint-92 kcal/mol
Surface area31140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.893, 57.021, 91.609
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.45, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MI121

-
要素

#1: タンパク質 Sulfoquinovose 1-dehydrogenase / SQ dehydrogenase


分子量: 29323.127 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 遺伝子: PpSQ1_00405 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DOV5, sulfoquinovose 1-dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶溶媒含有率: 33.24 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: . SQDH-NAD complex was achieved using co-crystallization, which was obtained from protein solution at 20 mg/mL in 50 mM TRIS buffer, 300 mM NaCl buffer pH 7.5 used to set up a drop containing ...詳細: . SQDH-NAD complex was achieved using co-crystallization, which was obtained from protein solution at 20 mg/mL in 50 mM TRIS buffer, 300 mM NaCl buffer pH 7.5 used to set up a drop containing 0.1 uL protein: 0.15 uL mother liquor, the latter comprising 0.2 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M HEPES buffer pH 7.5, 25% v/v Polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年10月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→46.95 Å / Num. obs: 33641 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.3 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.104 / Χ2: 0.84 / Net I/σ(I): 10.2 / Num. measured all: 212809
反射 シェル解像度: 1.9→1.94 Å / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.616 / Num. measured all: 13169 / Num. unique obs: 2154 / CC1/2: 0.962 / Rpim(I) all: 0.275 / Rrim(I) all: 0.676 / Χ2: 0.78 / Net I/σ(I) obs: 2.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0430精密化
Aimlessデータスケーリング
xia2データ削減
MrBUMP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→46.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 10.731 / SU ML: 0.146 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.182 / ESU R Free: 0.163 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24208 1654 4.9 %RANDOM
Rwork0.1949 ---
obs0.1972 31971 99.48 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.283 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.94 Å2-0 Å22.04 Å2
2--0.81 Å20 Å2
3---0.88 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.9→46.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3666 0 88 104 3858
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0123820
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.5871.7735194
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5965505
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg10.129532
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.98110558
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1810.2598
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.022912
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.7661.9742026
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.393.5222526
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.0762.1791794
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.88423.825829
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.364 125 -
Rwork0.345 2321 -
obs--99.8 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.276-0.0993-0.36330.4127-0.11473.02940.0006-0.28680.08970.06670.0468-0.0601-0.0330.3455-0.04740.01670.0038-0.01610.0917-0.02820.02375.1796-24.711-24.189
21.5236-0.072-0.47240.54440.21412.0616-0.04150.1846-0.07380.0008-0.01120.13270.2115-0.59410.05280.0368-0.0661-0.0080.18070.00170.0498-18.3511-31.2459-41.5171
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 260
2X-RAY DIFFRACTION2B-2 - 260

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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