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- PDB-9gwj: Crystal structure of CINP-c1orf109 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9gwj
タイトルCrystal structure of CINP-c1orf109 complex
要素
  • AFG2-interacting ribosome maturation factor
  • Cyclin-dependent kinase 2-interacting protein
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / hairpin / ribosome biogenesis
機能・相同性
機能・相同性情報


preribosome binding / ribosomal large subunit biogenesis / DNA replication / cell division / DNA repair / nucleolus / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ribosome biogenesis protein C1orf109-like / Ribosome biogenesis protein C1orf109-like / Cyclin-dependent kinase 2-interacting protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Cyclin-dependent kinase 2-interacting protein / AFG2-interacting ribosome maturation factor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.69 Å
データ登録者Masternak, M. / Weisser, M. / Montoya, G.
資金援助 デンマーク, 1件
組織認可番号国
Novo Nordisk FoundationNNF14CC0001 デンマーク
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of CINP-c1orf109 complex
著者: Masternak, M. / Weisser, M. / Montoya, G.
履歴
登録2024年9月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年10月8日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AFG2-interacting ribosome maturation factor
B: Cyclin-dependent kinase 2-interacting protein
C: AFG2-interacting ribosome maturation factor
D: Cyclin-dependent kinase 2-interacting protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,5544
ポリマ－92,5544
非ポリマー00
水00
1
A: AFG2-interacting ribosome maturation factor
B: Cyclin-dependent kinase 2-interacting protein
C: AFG2-interacting ribosome maturation factor

D: Cyclin-dependent kinase 2-interacting protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,5544
ポリマ－92,5544
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556x+1/2,-y+1/2,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)82.874, 115.166, 148.985
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "A"
d_2ens_1chain "C"
d_1ens_2chain "B"
d_2ens_2chain "D"

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_1ens_1THRTHRGLUGLUAA2 - 2031 - 202
d_2ens_1THRTHRGLUGLUCC2 - 2031 - 202
d_1ens_2MSEMSELEULEUBB17 - 2121 - 196
d_2ens_2MSEMSELEULEUDD17 - 2121 - 196

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.749288644254, 0.661479257029, 0.0318075480421), (0.646086577804, 0.71961965607, 0.254400637931), (0.145391408183, 0.211169938955, -0.966575705937)-11.7288424904, -9.8445974557, 107.002597544
2given(0.717450651399, -0.694755858785, -0.0507824722759), (0.595432555339, 0.649451936262, -0.472940011554), (0.361558618829, 0.309073582129, 0.879629971056)60.3794089713, 52.4983228055, -37.7561023245

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要素

#1: タンパク質 AFG2-interacting ribosome maturation factor / Ribosome biogenesis protein C1orf109


分子量: 23364.457 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AIRIM, C1orf109 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NX04
#2: タンパク質 Cyclin-dependent kinase 2-interacting protein / CDK2-interacting protein


分子量: 22912.299 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N terminal truncation: 1-17 aa / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CINP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BW66
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.27 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.236M sodium citrate, 23.4% 2-propanol, 0.1M sodium cacodylate pH 7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.69→49.92 Å / Num. obs: 15894 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 25.3 % / Biso Wilson estimate: 168.35 Å2 / CC1/2: 0.9991 / Rmerge(I) obs: 0.411 / Net I/σ(I): 8.277
反射 シェル解像度: 3.69→3.82 Å / 冗長度: 17.29 % / Rmerge(I) obs: 6.252 / Mean I/σ(I) obs: 0.665 / Num. unique obs: 1552 / CC1/2: 0.1765 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.2_5419精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
CRANK2位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.69→49.92 Å / SU ML: 0.7429 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 39.2343
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.298 795 5 %
Rwork0.2651 15099 -
obs0.2667 15894 99.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 194.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.69→49.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6460 0 0 0 6460
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00186582
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.43698906
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03211008
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00371140
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.0252504
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS2.40053441292
ens_2d_2BBX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.76527939732
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.69-3.920.43471300.43052470X-RAY DIFFRACTION99.31
3.92-4.220.3591300.33012463X-RAY DIFFRACTION99.92
4.22-4.650.33141310.28512490X-RAY DIFFRACTION99.92
4.65-5.320.28141320.26612494X-RAY DIFFRACTION99.89
5.32-6.70.34181340.32532531X-RAY DIFFRACTION100
6.7-49.920.25391380.21252651X-RAY DIFFRACTION99.68
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 1.38038918721 Å / Origin y: 51.6580941157 Å / Origin z: 66.1198886191 Å
111213212223313233
T1.55305868007 Å2-0.073330636547 Å2-0.000208064783747 Å2-1.47342892804 Å20.0478692058338 Å2--1.29945336861 Å2
L0.12004189453 °2-0.254299800713 °2-0.324014437515 °2-0.110747347008 °20.417391235236 °2--0.30950606723 °2
S0.0462538720635 Å °0.0125241019286 Å °-0.111718539982 Å °0.0393814226713 Å °-0.0314177217586 Å °0.0052318078199 Å °0.17170344712 Å °0.231187723142 Å °-3.07391822924E-5 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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