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- PDB-9gw5: type-I interferon autoantibodies pmab3, pmab19 and pmab14 in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9gw5
タイトルtype-I interferon autoantibodies pmab3, pmab19 and pmab14 in complex with Interferon alpha-2
要素
  • Interferon alpha-2
  • scFv type-I interferons autoantibody pamb03
  • scFv type-I interferons autoantibody pamb19
  • type-I interferons autoantibody pamb14 heavy chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / type-I interferon / Interferon alpha-2 / autoantibody / antigen antibody complex / COVID-19 pneumonia / Signaling Protein
機能・相同性
機能・相同性情報


type I interferon receptor binding / B cell activation involved in immune response / natural killer cell activation involved in immune response / negative regulation of interleukin-5 production / negative regulation of interleukin-13 production / negative regulation of T cell differentiation / negative regulation of T-helper 2 cell cytokine production / T cell activation involved in immune response / host-mediated suppression of symbiont invasion / cell surface receptor signaling pathway via STAT ...type I interferon receptor binding / B cell activation involved in immune response / natural killer cell activation involved in immune response / negative regulation of interleukin-5 production / negative regulation of interleukin-13 production / negative regulation of T cell differentiation / negative regulation of T-helper 2 cell cytokine production / T cell activation involved in immune response / host-mediated suppression of symbiont invasion / cell surface receptor signaling pathway via STAT / TRAF6 mediated IRF7 activation / type I interferon-mediated signaling pathway / response to exogenous dsRNA / humoral immune response / Regulation of IFNA/IFNB signaling / cytokine activity / Evasion by RSV of host interferon responses / cellular response to virus / Interferon alpha/beta signaling / cell-cell signaling / : / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / defense response to virus / adaptive immune response / cell surface receptor signaling pathway / inflammatory response / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / apoptotic process / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Interferon alpha, beta and delta family signature. / Interferon alpha, beta and delta. / Interferon alpha/beta/delta / Interferon alpha/beta domain / Four-helical cytokine-like, core
類似検索 - ドメイン・相同性
Interferon alpha-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4 Å
データ登録者Duquerroy, S. / Rey, F. / Mahevas, M. / Chappert, P. / Ahouzi, O.
資金援助 フランス, 米国, 11件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-22-CE15-0047-01 フランス
French National Research AgencyANR-24-CHBS-0003 フランス
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI088364 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI163029 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R21AI160576 米国
French National Research AgencyANR-10-IAHU-01 フランス
French National Research AgencyANR-10-LABX-62-IBEID フランス
Fondation pour la Recherche Medicale (FRM)EQU201903007798 フランス
French National Research AgencyANR-20-CE93-003 フランス
French National Research AgencyANR-21-LIBA-0002 フランス
French National Research AgencyANR-21-RHUS-08 フランス
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Temporal and structural insights into type-I interferons autoantibodies in severe COVID-19
著者: Vanderkerken, M. / Fournier, M. / Dorgham, K. / Bastard, P. / Ahouzi, O. / Duquerroy, S. / Nguyen, N.K. / Broutin, M. / Charlet, M. / Vandenberghe, A. / Bizien, L. / Da Mata-Jardin, O. / ...著者: Vanderkerken, M. / Fournier, M. / Dorgham, K. / Bastard, P. / Ahouzi, O. / Duquerroy, S. / Nguyen, N.K. / Broutin, M. / Charlet, M. / Vandenberghe, A. / Bizien, L. / Da Mata-Jardin, O. / Haouz, A. / Belmondo, T. / Hue, S. / Borghesi, A. / Rodriguez-Gallego, C. / Vinh, D. / Andreakos, V. / Haerynck, F. / Halwani, R. / Hammerstrom, T.Q.P. / Bjorkstrom, N. / Strunz, B. / Mogensen, T. / Trouillet, S. / Neven, B. / Levy, R. / Le Voyer, T. / Delmonte, O. / O'Farrelly, C. / Riviere, J. / Amador Borrero, B. / Servettaz, A. / Crickx, E. / Michel, M. / Puel, A. / Abel, L. / Luyt, C.E. / Mathian, A. / Amoura, Z. / weill, J.C. / Casanova, J.L. / Rey, F.A. / Gorochov, G. / Chappert, P. / Mahevas, M.
履歴
登録2024年9月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年10月8日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interferon alpha-2
H: type-I interferons autoantibody pamb14 heavy chain
U: scFv type-I interferons autoantibody pamb03
V: scFv type-I interferons autoantibody pamb19


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,8394
ポリマ－111,8394
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: homology, antigen antibody complexes
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)166.216, 166.216, 190.135
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 120
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 Interferon alpha-2 / IFN-alpha-2 / Interferon alpha-A / LeIF A


分子量: 21581.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IFNA2, IFNA2A, IFNA2B, IFNA2C / 細胞株 (発現宿主): Schneider S2 Cell
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P01563
#2: 抗体 type-I interferons autoantibody pamb14 heavy chain


分子量: 30179.951 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Single chain fragment variable (scFv) polypeptide chain with heavy and light components part of the same chain.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell (発現宿主): Schneider S2 Cell
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
#3: 抗体 scFv type-I interferons autoantibody pamb03


分子量: 30131.932 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell (発現宿主): Schneider S2 Cell
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
#4: 抗体 scFv type-I interferons autoantibody pamb19


分子量: 29945.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell (発現宿主): Schneider S2 Cell
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.71 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M Hepes pH 7.5 1.9 (NH4)2SO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.953721 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年6月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.953721 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4→150 Å / Num. obs: 13477 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 79 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.781 / Rpim(I) all: 0.128 / Rrim(I) all: 0.786 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル解像度: 4→4.128 Å / 冗長度: 81.5 % / Rmerge(I) obs: 8.869 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 1038 / CC1/2: 0.686 / Rpim(I) all: 1.379 / Rrim(I) all: 8.923 / % possible all: 86.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
autoPROCdata processing
STARANISOデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 4→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.852 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.836 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU Rfree Blow DPI: 0.899
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3236 645 -RANDOM
Rwork0.2943 ---
obs0.2958 13185 97.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 151.33 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.8566 Å20 Å20 Å2
2---2.8566 Å20 Å2
3---5.7131 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.67 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6368 0 0 0 6368
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0066510HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.848824HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2196SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1094HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6510HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion855SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4200SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.51
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.57
LS精密化 シェル解像度: 4→4.07 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3061 17 -
Rwork0.2956 --
obs0.296 413 65.87 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.799-1.30411.72916.64841.58538.3155-0.16950.3085-0.18580.30850.1026-0.0327-0.1858-0.03270.06690.0581-0.20530.1369-0.05590.06690.1709-46.3586-30.12511.4826
22.8152-2.046-0.55396.51370.66771.87350.08430.12420.35530.1242-0.19620.17360.35530.17360.112-0.10610.03880.01-0.1220.1554-0.304-19.0034-22.03012.3227
38.31240.0018-1.58328.3185-3.07878.3155-0.15320.30860.68640.30860.119-0.20220.6864-0.20220.03420.4301-0.07280.14680.17790.04970.304-65.6734-41.150926.2603
42.54090.54642.90318.63140.79258.1014-0.1920.3864-0.63570.38640.07830.0125-0.63570.01250.11370.2690.10090.1922-0.1985-0.06450.1969-57.7954-1.66563.4931
55.51680.59710.96714.2275-0.63058.3155-0.0356-0.2114-0.2844-0.2114-0.0114-0.2202-0.2844-0.22020.047-0.15840.14720.0062-0.1825-0.07010.0835-58.3663-12.4688-15.3776
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|9 - A|157 }A9 - 157
2X-RAY DIFFRACTION2{ U|3 - U|251 }U3 - 251
3X-RAY DIFFRACTION3{ V|3 - V|244 }V3 - 244
4X-RAY DIFFRACTION4{ H|4 - H|122 }H4 - 122
5X-RAY DIFFRACTION5{ H|433 - H|542 }H433 - 542

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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