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万見
- PDB-9gw0: M2 mutant (R111K:Y134F:T54V:R132Q:P39Y:R59Y) of human cellular re... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9gw0
タイトルM2 mutant (R111K:Y134F:T54V:R132Q:P39Y:R59Y) of human cellular retinoic acid binding protein II - 1l conjugate
要素Cellular retinoic acid-binding protein 2
キーワードTRANSPORT PROTEIN / human cellular retinoic acid binding protein II / hCRABPII / conjugate / chromophore / M2
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of collateral sprouting / retinoid binding / retinoic acid binding / retinal binding / embryonic forelimb morphogenesis / retinoic acid metabolic process / retinol binding / Signaling by Retinoic Acid / epidermis development / fatty acid transport ...positive regulation of collateral sprouting / retinoid binding / retinoic acid binding / retinal binding / embryonic forelimb morphogenesis / retinoic acid metabolic process / retinol binding / Signaling by Retinoic Acid / epidermis development / fatty acid transport / cyclin binding / fatty acid binding / regulation of DNA-templated transcription / endoplasmic reticulum / signal transduction / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cytosolic fatty-acid binding proteins signature. / Intracellular lipid binding protein / Cytosolic fatty-acid binding / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Cellular retinoic acid-binding protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Tassone, G. / Pozzi, C.
資金援助 イタリア, 1件
組織認可番号国
Not funded イタリア
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2025
タイトル: Morita-Baylis-Hillman Adduct Chemistry as a Tool for the Design of Lysine-Targeted Covalent Ligands.
著者: Paolino, M. / Tassone, G. / Governa, P. / Saletti, M. / Lami, M. / Carletti, R. / Sacchetta, F. / Pozzi, C. / Orlandini, M. / Manetti, F. / Olivucci, M. / Cappelli, A.
履歴
登録2024年9月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年3月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cellular retinoic acid-binding protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,2262
ポリマ－15,9921
非ポリマー2331
水27015
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area7530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.836, 57.836, 101.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Cellular retinoic acid-binding protein 2 / Cellular retinoic acid-binding protein II / CRABP-II


分子量: 15992.265 Da / 分子数: 1 / 変異: R111K, Y134F, T54V, R132Q, P39Y, R59Y / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CRABP2 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P29373
#2: 化合物 ChemComp-A1IQ1 / methyl (~{Z})-3-(4-acetamidophenyl)-2-methyl-prop-2-enoate


分子量: 233.263 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H15NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.21 %
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2 M sodium malonate pH 7 and 20% w/v polyethylene glycol 3.350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.953738 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月29日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.953738 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50.09 Å / Num. obs: 8156 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.9 % / Biso Wilson estimate: 58.9 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.083 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 11.2 % / Rmerge(I) obs: 1.107 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 1158 / CC1/2: 0.915 / Rpim(I) all: 0.342 / Rrim(I) all: 1.16 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→44.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 11.082 / SU ML: 0.235 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.277 / ESU R Free: 0.257 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28117 452 5.6 %RANDOM
Rwork0.20123 ---
obs0.20595 7684 99.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 67.938 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.04 Å20.02 Å2-0 Å2
2--0.04 Å2-0 Å2
3----0.15 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.3821 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.4→44.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1043 0 14 15 1072
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0121075
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7151.6531460
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.0645137
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.40223.77845
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.76815176
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.224154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1270.2149
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02799
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.8456.934551
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.99410.396687
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.9957.293524
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined11.61192.431543
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.401→2.463 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.441 29 -
Rwork0.39 546 -
obs--99.65 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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