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万見
- PDB-9gvi: Quadruplex-duplex hybrids (QDH) complex with PhenDC3 from PIM1 on... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9gvi
タイトルQuadruplex-duplex hybrids (QDH) complex with PhenDC3 from PIM1 oncogene.
要素DNA (27-MER) complex with ligand (PhenDC3)
キーワードDNA / G-Quadruplex DNA / PIM1 oncogene / The triple-negative breast cancer
機能・相同性Chem-PQ3 / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Ghosh, A. / Lenarcic, M.Z. / Trantirek, L. / Harnos, J.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
H2020 Marie Curie Actions of the European Commission101068280European Union
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2025
タイトル: Structural basis of bis-quinolinium ligands binding to quadruplex-duplex hybrids from PIM1 oncogene.
著者: Ghosh, A. / Harnos, J. / Stadlbauer, P. / Sponer, J. / Lenarcic Zivkovic, M. / Trantirek, L.
履歴
登録2024年9月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年8月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年10月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (27-MER) complex with ligand (PhenDC3)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,0572
ポリマ－8,5061
非ポリマー5511
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints, 73 DNA-Ligand Intermolecular NOE restraints
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: DNA鎖 DNA (27-MER) complex with ligand (PhenDC3)


分子量: 8506.419 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: QGCGGGAGGGCGCGCCAGCGGGGTCGGG / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: 化合物 ChemComp-PQ3 / N2,N9-bis(1-methylquinolin-3-yl)-1,10-phenanthroline-2,9-dicarboxamide / Phen-DC3


分子量: 550.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H26N6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
121isotropic12D 1H-13C HSQC
131isotropic22D 1H-15N HSQC
141isotropic22D NOESY
151isotropic32D 1H-1H TOCSY
161isotropic32D DQF-COSY

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 500 uM NA SO7-PhenDC3, 200 uM [U-13C; U-15N]-Guanine SO7-PhenDC3, 90% H2O/10% D2O
詳細: The samples are buffered with 20 mM KCl and 20 mM potassium phosphate, pH 7.1 in all NMR experiments.
Label: DNA-Ligand complex / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
500 uMSO7-PhenDC3NA1
200 uMSO7-PhenDC3[U-13C; U-15N]-Guanine2
試料状態詳細: The samples are buffered with 20 mM KCl and 20 mM potassium phosphate, pH 7.1 in all NMR experiments.
イオン強度: 20 mM / Label: condition_1 / pH: 7.1 / 圧: 1 atm / 温度: 298.2 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE NEOBrukerAVANCE NEO9501
Bruker AVANCE NEOBrukerAVANCE NEO8502
Bruker AVANCE NEOBrukerAVANCE NEO6003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRFAM-SPARKY1.414Woonghee Lee, Marco Tonelli, and John L. Markleychemical shift assignment
Amber22Case, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollmanstructure calculation
Amber22Case, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
NMRFAM-SPARKY1.414Woonghee Lee, Marco Tonelli, and John L. Markleypeak picking
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 3
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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