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- PDB-9gve: Structure of phosphonate monoester hydrolase from Rhizobium legum... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9gve
タイトルStructure of phosphonate monoester hydrolase from Rhizobium leguminosarum with phenyl phosphonate
要素Multifunctional alkaline phosphatase superfamily protein pRL90232
キーワードHYDROLASE / phosphonate monoester hydrolase / promiscuous enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


sulfuric ester hydrolase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素 / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Sulfatase, N-terminal / Sulfatase / Alkaline-phosphatase-like, core domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / : / phenylphosphonic acid / Multifunctional alkaline phosphatase superfamily protein pRL90232
類似検索 - 構成要素
生物種Rhizobium johnstonii 3841 (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.49 Å
データ登録者Jonas, S. / Hyvonen, M. / Hollfelder, F.
資金援助European Union, 英国, 3件
組織認可番号国
European Union (EU)ENDIRPRO (HPRN-CT-2002-00239)European Union
European Union (EU)ProSA (19475)European Union
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/W000504/1 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Efficient leaving group stabilization and hydrophobic binding make Phosphonate Monoester Hydrolase (PMH) an exceptionally promiscuous enzyme
著者: Mohamed, M.F. / Jonas, S. / Miton, C. / van Loo, B. / Hyvonen, M. / Hollfelder, F.
履歴
登録2024年9月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年10月8日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Multifunctional alkaline phosphatase superfamily protein pRL90232
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,4397
ポリマ－61,0981
非ポリマー3416
水12,214678
1
A: Multifunctional alkaline phosphatase superfamily protein pRL90232
ヘテロ分子

A: Multifunctional alkaline phosphatase superfamily protein pRL90232
ヘテロ分子

A: Multifunctional alkaline phosphatase superfamily protein pRL90232
ヘテロ分子

A: Multifunctional alkaline phosphatase superfamily protein pRL90232
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)245,75828
ポリマ－244,3944
非ポリマー1,36424
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_656-x+1,y,-z+11
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
Buried area19060 Å2
ΔGint-120 kcal/mol
Surface area65510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.136, 96.473, 179.171
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Space group name HallI22
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1036-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Multifunctional alkaline phosphatase superfamily protein pRL90232 / Phosphodiesterase / Phosphonate monoester hydrolase / RlPMH


分子量: 61098.426 Da / 分子数: 1 / 変異: C57fGly / 由来タイプ: 組換発現
詳細: C57 is posttranslationally modified to formylglycine (fGly, DDZ)
由来: (組換発現) Rhizobium johnstonii 3841 (根粒菌)
遺伝子: pRL90232 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q1M964, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素

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非ポリマー , 5種, 684分子

#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SV7 / phenylphosphonic acid


分子量: 158.092 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H7O3P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 678 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.16 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1M TRIS-HCL PH 8.5, 25% PEG 4000, 0.2M SODIUM ACETATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9728 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9728 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.49→48.24 Å / Num. obs: 84122 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 16.9 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.0601 / Rrim(I) all: 0.161 / Net I/σ(I): 9.89
反射 シェル解像度: 1.49→1.59 Å / 冗長度: 7.1 % / Mean I/σ(I) obs: 0.76 / Num. unique obs: 13522 / CC1/2: 0.422 / Rpim(I) all: 1.08 / Rrim(I) all: 2.89 / % possible all: 96.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.1_5286精密化
XDSVERSION Feb 5, 2021データ削減
PHENIX1.21.1_5286位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.49→44.34 Å / SU ML: 0.2251 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.7284
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1846 4252 5.07 %
Rwork0.1713 79669 -
obs0.172 83921 99.22 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 21.65 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.49→44.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4051 0 18 678 4747
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00644232
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.88045774
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0875606
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0087770
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4771563
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.49-1.510.49611260.50322154X-RAY DIFFRACTION82.28
1.51-1.530.42651320.39332644X-RAY DIFFRACTION99.75
1.53-1.550.4131350.37792628X-RAY DIFFRACTION99.89
1.55-1.570.38381470.34752653X-RAY DIFFRACTION99.89
1.57-1.590.38321480.33332662X-RAY DIFFRACTION100
1.59-1.610.33771280.31582651X-RAY DIFFRACTION99.93
1.61-1.630.31241450.29722678X-RAY DIFFRACTION100
1.63-1.660.29531400.2822627X-RAY DIFFRACTION99.86
1.66-1.680.34181200.26872679X-RAY DIFFRACTION99.89
1.68-1.710.25981270.24482646X-RAY DIFFRACTION99.93
1.71-1.740.25121320.22932671X-RAY DIFFRACTION99.89
1.74-1.770.23421400.22572656X-RAY DIFFRACTION99.96
1.77-1.810.22511390.20462633X-RAY DIFFRACTION99.89
1.81-1.840.24911510.20252661X-RAY DIFFRACTION99.96
1.84-1.880.20581150.19032688X-RAY DIFFRACTION99.96
1.88-1.930.22551510.17462673X-RAY DIFFRACTION99.96
1.93-1.970.1691310.16932665X-RAY DIFFRACTION99.96
1.97-2.030.17741380.16062669X-RAY DIFFRACTION99.96
2.03-2.090.171360.15692681X-RAY DIFFRACTION99.93
2.09-2.150.1661470.15862645X-RAY DIFFRACTION100
2.15-2.230.17641330.15332693X-RAY DIFFRACTION99.89
2.23-2.320.18111520.15012664X-RAY DIFFRACTION99.93
2.32-2.430.17971630.15372658X-RAY DIFFRACTION100
2.43-2.550.18451620.1552661X-RAY DIFFRACTION99.96
2.55-2.710.17311320.1572723X-RAY DIFFRACTION99.96
2.71-2.920.17221570.162683X-RAY DIFFRACTION99.93
2.92-3.220.17121350.14892715X-RAY DIFFRACTION99.69
3.22-3.680.15931620.13182691X-RAY DIFFRACTION99.44
3.68-4.640.10921370.11212739X-RAY DIFFRACTION98.83
4.64-44.340.12531910.1332778X-RAY DIFFRACTION98.12
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0186446491671-0.03666925691440.03586619655480.0709112994705-0.06978837603650.06737597928140.06288991642290.00124353621052-0.0190023378546-0.08236842627660.01098368159050.07223661456870.075320114482-0.037757160330.003686320953760.17553277781-0.0240479041659-0.02256183761140.163152787334-0.00598468323030.17087542334920.233535897815.151119953163.1698361855
20.05859053716730.00613489114481-0.01987780567690.04774967272960.002686515351030.1083504730830.00128495193246-0.01657124173680.0148816710982-0.00287522296870.00150295750654-0.005711872178860.02948885069530.029233246811-1.0041930141E-70.1587980628360.009122778528340.00127817323870.154786400228-0.005619427946390.14703857480133.415240361926.95416121277.8560006453
30.07431967101780.0159644614188-0.0209642300270.229518882006-0.03833522988240.3010903304060.0110343561577-0.0032103545885-0.00693249576431-0.06457493234320.01581815775950.004617975851060.0838969715795-0.00614759154535-5.44654042915E-60.144883591832-0.0048181318217-0.001524616253930.1268250152930.001050107232130.13349169724929.389477746320.417822758265.6559820542
40.1302533997710.01573343660680.08682997817540.106537783798-0.04824478595520.1237192062730.007298772946470.01570878689320.0122179473133-0.08558732244690.02617217029240.005074668380170.023370509171-0.01373945178671.26876173181E-50.178237975793-0.00723660621282.4984051844E-50.1455073914780.00121756441970.14860192985129.118840855542.489748412155.4910769581
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 2 through 43 )2 - 431 - 42
22chain 'A' and (resid 44 through 169 )44 - 16943 - 168
33chain 'A' and (resid 170 through 424 )170 - 424169 - 423
44chain 'A' and (resid 425 through 514 )425 - 514424 - 513

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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