PDB-9gva: Crystal structure of the gamma carbonic anhydrase from Porphyromo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9gva

タイトル

Crystal structure of the gamma carbonic anhydrase from Porphyromonas gingivalis

要素

Hexapeptide transferase family protein

キーワード

LYASE / carbonic anhydrase gamma / Porphyromonas gingivalis / metalloenzyme / bacteria

機能・相同性

: / : / Hexapeptide repeat / Bacterial transferase hexapeptide (six repeats) / Trimeric LpxA-like superfamily / transferase activity / Hexapeptide transferase family protein

機能・相同性情報

生物種

Porphyromonas gingivalis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Angeli, A. / Ferraroni, M.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2024
タイトル: Kinetic and structural studies of gamma-carbonic anhydrase from the oral pathogen Porphyromonas gingivalis.
著者: Ferraroni, M. / Angeli, A. / De Luca, V. / Capasso, C. / Supuran, C.T.

履歴

登録	2024年9月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年12月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9gva.cif.gz	116.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9gva.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9gva.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9gva_validation.pdf.gz	447.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9gva_full_validation.pdf.gz	452.4 KB	表示
XML形式データ	9gva_validation.xml.gz	23.4 KB	表示
CIF形式データ	9gva_validation.cif.gz	30.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gv/9gva ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gv/9gva	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (3) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (3) #49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (3)

登録構造単位

AAA: Hexapeptide transferase family protein

BBB: Hexapeptide transferase family protein

CCC: Hexapeptide transferase family protein

ヘテロ分子

62.7 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	120.752, 120.752, 91.310
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

#1: タンパク質	Hexapeptide transferase family protein 分子量: 20850.607 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Porphyromonas gingivalis (バクテリア) 遺伝子: PG_1211 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7MV79
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.96 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 2.0 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 2% v/v PEG 400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年5月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→45.37 Å / Num. obs: 28525 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 15.3 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.13 / R_pim(I) all: 0.049 / R_rim(I) all: 0.139 / Net I/σ(I): 18.5
反射シェル	解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 15.7 % / R_merge(I) obs: 0.77 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Num. unique obs: 3118 / CC_1/2: 0.928 / R_pim(I) all: 0.289 / R_rim(I) all: 0.823 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.4→45.37 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / SU B: 5.093 / SU ML: 0.118 / 交差検証法: NONE / ESU R: 0.248 / ESU R Free: 0.188 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1965	1452	5.096 %
R_work	0.1654	27042	-
all	0.167	-	-
obs	-	28494	95.917 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.701 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.553 Å²	0.277 Å²	-0 Å²
2-	-	0.553 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.795 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→45.37 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3925	0	3	96	4024

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	3994
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	3753
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.77	1.619	5415
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.327	1.573	8661
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.855	5	515
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.79	22.85	193
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.895	15	658
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.284	15	21
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	539
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	4527
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	824
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.186	0.2	886
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.194	0.2	3659
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.16	0.2	1979
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	1896
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.141	0.2	134
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.058	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.089	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.275	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.232	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.203	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.737	3.732	2069
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.736	3.73	2068
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.419	5.589	2581
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.418	5.592	2582
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.361	4.569	1925
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.361	4.569	1925
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.068	6.535	2834
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.067	6.537	2835
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	10.346	46.532	4456
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	10.336	46.477	4439

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4-2.462	0.268	116	0.199	2095	X-RAY DIFFRACTION	99.9096
2.462-2.529	0.223	106	0.182	1999	X-RAY DIFFRACTION	100
2.529-2.603	0.243	103	0.196	1964	X-RAY DIFFRACTION	100
2.603-2.682	0.226	97	0.188	1481	X-RAY DIFFRACTION	77.9259
2.682-2.77	0.199	86	0.182	1846	X-RAY DIFFRACTION	100
2.77-2.867	0.216	112	0.173	1777	X-RAY DIFFRACTION	100
2.867-2.975	0.22	93	0.173	1719	X-RAY DIFFRACTION	100
2.975-3.096	0.205	93	0.172	1661	X-RAY DIFFRACTION	100
3.096-3.233	0.208	75	0.166	1610	X-RAY DIFFRACTION	100
3.233-3.389	0.21	86	0.174	1507	X-RAY DIFFRACTION	100
3.389-3.572	0.176	55	0.168	1192	X-RAY DIFFRACTION	80.6076
3.572-3.787	0.164	62	0.168	1146	X-RAY DIFFRACTION	82.7964
3.787-4.046	0.184	64	0.15	1086	X-RAY DIFFRACTION	84.6834
4.046-4.368	0.164	57	0.143	1204	X-RAY DIFFRACTION	100
4.368-4.78	0.158	66	0.129	1115	X-RAY DIFFRACTION	100
4.78-5.337	0.194	36	0.15	1031	X-RAY DIFFRACTION	100
5.337-6.148	0.205	66	0.176	869	X-RAY DIFFRACTION	100
6.148-7.496	0.221	31	0.176	782	X-RAY DIFFRACTION	100
7.496-10.459	0.146	28	0.147	600	X-RAY DIFFRACTION	100
10.459-45.37	0.214	20	0.19	357	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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