[日本語] English
万見
- PDB-9gv6: Structure of TCR in complex with peptide-HLA -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9gv6
タイトルStructure of TCR in complex with peptide-HLA
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • MHC class I antigen
  • Peptide
  • TCR Beta
  • TCR alpha
キーワードIMMUNE SYSTEM / TCR / HLA / MHC
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent ...negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / cellular response to nicotine / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / Modulation by Mtb of host immune system / specific granule lumen / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / negative regulation of epithelial cell proliferation / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / sensory perception of smell / positive regulation of cellular senescence / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / negative regulation of neuron projection development / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. ...MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
MHC class I antigen / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.77 Å
データ登録者Karuppiah, V.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Other private 英国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2025
タイトル: Determining T-cell receptor binding orientation and Peptide-HLA interactions using cross-linking mass spectrometry.
著者: Powell, T. / Karuppiah, V. / Shaikh, S.A. / Pengelly, R. / Mai, N. / Barnbrook, K. / Sharma, A. / Harper, S. / Ebner, M. / Creese, A.J.
履歴
登録2024年9月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年4月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: MHC class I antigen
B: Beta-2-microglobulin
C: Peptide
D: TCR alpha
E: TCR Beta
G: MHC class I antigen
H: Beta-2-microglobulin
I: Peptide
J: TCR alpha
K: TCR Beta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)189,52510
ポリマ－189,52510
非ポリマー00
水19811
1
A: MHC class I antigen
B: Beta-2-microglobulin
C: Peptide
D: TCR alpha
E: TCR Beta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,7635
ポリマ－94,7635
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
G: MHC class I antigen
H: Beta-2-microglobulin
I: Peptide
J: TCR alpha
K: TCR Beta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,7635
ポリマ－94,7635
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)74.120, 93.530, 388.950
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
タンパク質 , 4種, 8分子 AGBHDJEK

#1: タンパク質 MHC class I antigen


分子量: 31951.316 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5B8RNS7
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 21-119 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
#4: タンパク質 TCR alpha


分子量: 21873.287 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#5: タンパク質 TCR Beta


分子量: 27929.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
タンパク質・ペプチド / 非ポリマー , 2種, 13分子 CI

#3: タンパク質・ペプチド Peptide


分子量: 1129.288 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.42 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M Sodium citrate tribasic dihydrate, 0.1 M Bis-Tris propane pH 7.5, and 20 % w/v PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.77→90.94 Å / Num. obs: 69770 / % possible obs: 99.62 % / 冗長度: 14.4 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.212 / Rpim(I) all: 0.057 / Rrim(I) all: 0.22 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル解像度: 2.77→2.82 Å / 冗長度: 9.2 % / Rmerge(I) obs: 3.438 / Mean I/σ(I) obs: 0.3 / Num. unique obs: 3197 / CC1/2: 0.366 / Rpim(I) all: 1.158 / Rrim(I) all: 3.642 / % possible all: 94.03

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0425精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.77→90.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.917 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 50.565 / SU ML: 0.382 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.608 / ESU R Free: 0.345 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27357 3484 5 %RANDOM
Rwork0.21709 ---
obs0.21976 66086 99.33 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 108.509 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.4 Å20 Å2-0 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3----5.38 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.77→90.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13154 0 0 11 13165
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.01213520
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01612140
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7671.8218368
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.6071.77427964
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.3751622
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg9.41596
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.404102178
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.21922
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0216376
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023348
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.9915.2116518
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.995.2116518
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.8039.3578130
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other7.8029.3588131
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.1865.5827002
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.1865.5817001
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other8.24310.06210239
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined11.06548.5914224
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other11.06548.614225
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.77→2.842 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.629 224 -
Rwork0.62 4498 -
obs--92.19 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6770.19980.51442.13841.30492.7858-0.04680.00630.04170.69640.1221-0.175-0.03490.188-0.07530.4882-0.0341-0.05510.6952-0.03530.1218-18.4442.703755.6502
23.30811.41780.3556.84951.42131.0175-0.00880.12530.33960.55730.07430.5383-0.3266-0.2376-0.06550.66340.02120.04480.6754-0.04930.2001-29.961717.289160.7193
30.03290.27320.46472.51784.27747.27330.050.0518-0.01670.27180.127-0.08730.42830.2282-0.1770.3815-0.0722-0.01060.68260.00250.4839-24.0806-10.669341.3196
40.8067-0.26830.39831.32292.0296.8169-0.00990.2675-0.0328-0.2991-0.037-0.2534-0.18020.23470.04690.1342-0.04520.06830.6948-0.02070.4333-14.3875-23.98426.3563
50.8812-0.383-0.25661.84921.60674.17930.010.22520.0586-0.3279-0.14820.0705-0.3992-0.09190.13830.0752-0.0504-0.03850.735-0.0690.2455-31.1988-14.73222.3595
61.4337-0.4461.24660.1547-0.48612.20720.12980.0413-0.2215-0.1406-0.01130.05660.20020.1591-0.11851.46650.0217-0.13880.7772-0.0050.205112.8005-48.270596.8366
75.1692-2.51840.61394.1632-0.96510.5405-0.08570.2054-0.0435-0.29570.0243-0.41820.14350.5360.06131.24530.0426-0.04781.02920.01370.257132.1145-47.729896.2523
87.4215-3.41810.34161.5809-0.06924.16540.0964-0.3584-0.1639-0.00460.22920.06610.07840.2548-0.32560.90020.0598-0.06230.56450.05830.52971.4078-37.770683.3839
92.4960.46592.58211.4194-0.02675.43420.0223-0.0131-0.33150.25360.09690.37020.4995-0.4268-0.11920.9088-0.00250.08270.60410.03460.5493-23.4907-46.509455.1912
101.7583-0.35431.58851.6036-0.16393.43620.05290.3305-0.23620.2808-0.008-0.03070.34180.4397-0.04490.669-0.02340.0220.6628-0.00240.1798-9.7027-38.448744.7695
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 276
2X-RAY DIFFRACTION2B0 - 99
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 9
4X-RAY DIFFRACTION4D3 - 188
5X-RAY DIFFRACTION5E3 - 247
6X-RAY DIFFRACTION6G1 - 276
7X-RAY DIFFRACTION7H0 - 99
8X-RAY DIFFRACTION8I1 - 9
9X-RAY DIFFRACTION9J3 - 188
10X-RAY DIFFRACTION10K3 - 247

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る