PDB-9gv3: Crystal structure of the complex between Nb474 mutant R53A,D125A ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9gv3

タイトル

Crystal structure of the complex between Nb474 mutant R53A,D125A and Trypanosoma congolense fructose-1,6-bisphosphate aldolase

要素

Fructose-bisphosphate aldolase
Nb474 mutant R53A,D125A

キーワード

LYASE / COMPLEX / NANOBODY / ALDOLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

fructose-bisphosphate aldolase / fructose-bisphosphate aldolase activity / glycolytic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Trypanosoma congolense IL3000 (トリパノソーマ)

Vicugna pacos (アルパカ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.751 Å

データ登録者

McNae, I.W. / Dornan, J. / Walkinshaw, M.D.

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The role of water in tuning nanobody-antigen recognition
著者: Hacisuleyman, A. / Dorna, J. / McNae, I. / Wear, M. / Bilal, T. / Yuan, M. / Michels, P.A.M. / Pinto Torres, J.E. / Magez, S. / Sterckx, Y.G.J. / Erman, E. / Walkinshaw, M.D.

履歴

登録	2024年9月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年10月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9gv3.cif.gz	944.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9gv3.ent.gz	647.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9gv3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9gv3_validation.pdf.gz	513.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9gv3_full_validation.pdf.gz	538.4 KB	表示
XML形式データ	9gv3_validation.xml.gz	97.7 KB	表示
CIF形式データ	9gv3_validation.cif.gz	131.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gv/9gv3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gv/9gv3	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (1) #50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Fructose-bisphosphate aldolase

B: Fructose-bisphosphate aldolase

C: Fructose-bisphosphate aldolase

D: Fructose-bisphosphate aldolase

E: Nb474 mutant R53A,D125A

F: Nb474 mutant R53A,D125A

G: Nb474 mutant R53A,D125A

H: Nb474 mutant R53A,D125A

ヘテロ分子

234 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology

単位格子

Length a, b, c (Å)	203.495, 111.166, 123.244
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	ASP	ASP	2 - 358	2 - 358
2	1	1	ASP	ASP	2 - 358	2 - 358
3	2	2	LYS	LYS	2 - 360	2 - 360
4	2	2	LYS	LYS	2 - 360	2 - 360
5	3	3	ASP	ASP	2 - 358	2 - 358
6	3	3	ASP	ASP	2 - 358	2 - 358
7	4	4	ASP	ASP	2 - 358	2 - 358
8	4	4	ASP	ASP	2 - 358	2 - 358
9	5	5	ASP	ASP	2 - 359	2 - 359
10	5	5	ASP	ASP	2 - 359	2 - 359
11	6	6	ASP	ASP	2 - 358	2 - 358
12	6	6	ASP	ASP	2 - 358	2 - 358
13	7	7	LEU	LEU	2 - 138	2 - 138
14	7	7	LEU	LEU	2 - 138	2 - 138
15	8	8	LEU	LEU	2 - 138	2 - 138
16	8	8	LEU	LEU	2 - 138	2 - 138
17	9	9	LEU	LEU	2 - 138	2 - 138
18	9	9	LEU	LEU	2 - 138	2 - 138
19	10	10	LEU	LEU	2 - 138	2 - 138
20	10	10	LEU	LEU	2 - 138	2 - 138
21	11	11	LEU	LEU	2 - 138	2 - 138
22	11	11	LEU	LEU	2 - 138	2 - 138
23	12	12	LEU	LEU	2 - 138	2 - 138
24	12	12	LEU	LEU	2 - 138	2 - 138

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12
7	Local NCS retraints between domains: 13 14
8	Local NCS retraints between domains: 15 16
9	Local NCS retraints between domains: 17 18
10	Local NCS retraints between domains: 19 20
11	Local NCS retraints between domains: 21 22
12	Local NCS retraints between domains: 23 24

#1: タンパク質	Fructose-bisphosphate aldolase 分子量: 42708.570 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Trypanosoma congolense IL3000 (トリパノソーマ) 遺伝子: TCIL3000_10_4760 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0UWE7, fructose-bisphosphate aldolase
#2: タンパク質	Nb474 mutant R53A,D125A 分子量: 15670.010 Da / 分子数: 4 / Mutation: R53A,D125A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION 分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1343 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.79 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: sodium cacodylate pH 6.5, 100mM, PEG 8K 10-15%, 200mM magnesium acetate.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.6702 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.6702 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→97.558 Å / Num. obs: 999301 / % possible obs: 87.6 % / 冗長度: 5.1 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.117 / R_pim(I) all: 0.055 / R_rim(I) all: 0.135 / Net I/σ(I): 9.2
反射シェル	解像度: 1.751→1.915 Å / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 1.058 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 43767 / CC_1/2: 0.533 / R_pim(I) all: 0.525 / % possible all: 64.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
xia2		データ削減
STARANISO		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.751→97.558 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.959 / SU B: 5.239 / SU ML: 0.077 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.119 / ESU R Free: 0.112
詳細: Hydrogens have been used if present in the input file

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1882	9820	4.979 %
R_work	0.1598	187393	-
all	0.161	-	-
obs	-	197213	70.488 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.24 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.241 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.166 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.075 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.751→97.558 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15243	0	22	1343	16608

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.012	15639
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.224	1.83	21204
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.575	5	2011
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	8.76	5	140
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.299	10	2586
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.33	10	688
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.142	0.2	2335
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	11980
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.213	0.2	7466
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.311	0.2	10981
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.159	0.2	1399
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.191	0.2	67
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.236	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.635	2.024	7994
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.672	3.608	9987
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.874	2.364	7645
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.628	4.117	11207
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.91	23.353	24812
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.055	0.05	12059
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.057	0.05	12094
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.059	0.05	12002
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.054	0.05	12061
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.049	0.05	12153
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.057	0.05	12051
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_7	0.076	0.05	4269
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_8	0.066	0.05	4258
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_9	0.095	0.05	4118
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_10	0.076	0.05	4223
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_11	0.094	0.05	4138
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_12	0.11	0.05	4051

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0547	0.05008
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0547	0.05008
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05725	0.05009
2	4	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05725	0.05009
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05945	0.05008
3	6	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05945	0.05008
4	7	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05395	0.05009
4	8	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05395	0.05009
5	9	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04933	0.05009
5	10	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04933	0.05009
6	11	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05656	0.05009
6	12	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05656	0.05009
7	13	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07573	0.0501
7	14	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07573	0.0501
8	15	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0656	0.0501
8	16	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0656	0.0501
9	17	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09452	0.05009
9	18	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09452	0.05009
10	19	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07636	0.0501
10	20	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07636	0.0501
11	21	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09443	0.0501
11	22	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09443	0.0501
12	23	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.1098	0.05009
12	24	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.1098	0.05009

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.751-1.796	0.324	57	0.276	965	0.278	20514	0.924	0.947	4.982	0.274
1.796-1.846	0.292	131	0.275	2412	0.276	20012	0.946	0.948	12.7074	0.272
1.846-1.899	0.272	241	0.266	4156	0.266	19436	0.947	0.951	22.623	0.26
1.899-1.958	0.27	458	0.252	8517	0.253	18962	0.945	0.956	47.3315	0.245
1.958-2.022	0.264	691	0.244	14307	0.245	18358	0.95	0.958	81.6973	0.235
2.022-2.093	0.26	841	0.227	15545	0.229	17718	0.954	0.964	92.4822	0.215
2.093-2.172	0.232	796	0.206	15182	0.207	17143	0.964	0.972	93.2042	0.19
2.172-2.26	0.208	781	0.185	14532	0.186	16492	0.972	0.978	92.8511	0.165
2.26-2.361	0.214	687	0.174	13962	0.176	15862	0.972	0.981	92.3528	0.152
2.361-2.476	0.198	693	0.162	13283	0.164	15179	0.976	0.983	92.0746	0.14
2.476-2.61	0.2	674	0.156	12526	0.158	14433	0.975	0.985	91.4571	0.135
2.61-2.768	0.193	628	0.15	11834	0.152	13693	0.978	0.987	91.01	0.131
2.768-2.959	0.181	631	0.154	10984	0.155	12873	0.98	0.986	90.2276	0.137
2.959-3.196	0.192	512	0.153	10228	0.155	12030	0.977	0.986	89.2768	0.139
3.196-3.5	0.171	470	0.145	9248	0.146	11077	0.982	0.988	87.7313	0.139
3.5-3.913	0.162	428	0.133	8470	0.134	10064	0.985	0.99	88.4142	0.133
3.913-4.517	0.13	380	0.12	7411	0.121	8923	0.99	0.992	87.3137	0.126
4.517-5.529	0.153	306	0.119	6315	0.121	7605	0.987	0.992	87.0611	0.129
5.529-7.807	0.184	259	0.163	4845	0.164	5953	0.983	0.987	85.7383	0.172
7.807-97.558	0.159	156	0.161	2672	0.161	3456	0.985	0.981	81.8287	0.215

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.676	0.0828	-0.3204	0.733	0.1594	0.6911	-0.0714	0.0186	-0.0438	-0.0058	0.0291	-0.1041	0.0687	0.0801	0.0423	0.042	-0.0091	0.0102	0.0205	0.0023	0.0213	-16.2592	40.1585	-37.1531
2	0.6907	0.2697	0.0727	0.5689	0.1126	0.8883	-0.0675	0.1217	0.0634	-0.096	0.0421	0.142	-0.0289	-0.1209	0.0254	0.0506	-0.023	-0.0145	0.0613	0.0085	0.0384	-53.3731	49.3546	-42.8198
3	0.7008	-0.169	0.0733	0.7661	0.3002	0.8984	-0.0602	-0.0604	0.1424	0.0486	0.0969	-0.1277	-0.0636	0.1728	-0.0367	0.0641	0.0206	-0.0167	0.0545	-0.0255	0.0411	-18.7768	68.2317	-6.0391
4	0.89	-0.0837	-0.3627	0.2689	0.093	0.6854	-0.0525	-0.041	-0.0286	0.0597	0.0401	0.0757	0.0633	-0.0025	0.0124	0.0819	0.0164	0.0149	0.0092	0.012	0.0219	-54.5076	53.7841	-1.562
5	1.5299	-0.3327	-0.5543	2.0919	1.5819	2.9512	0.0531	0.066	0.0176	0.0112	-0.0244	-0.0923	0.1397	-0.018	-0.0287	0.07	0.0273	0.0479	0.0843	0.0458	0.0498	5.1405	28.4616	-68.373
6	1.2289	0.3457	0.2488	1.7283	-0.6576	3.7354	-0.0026	0.1721	-0.1475	-0.2376	0.0141	-0.1932	0.1718	0.1463	-0.0115	0.1047	-0.0324	-0.0119	0.1047	-0.0011	0.1548	-74.3218	35.8108	-74.2965
7	1.4493	-0.1252	0.1609	1.6359	1.4572	2.9684	0.039	0.0937	-0.0325	-0.0368	0.0474	-0.1293	-0.1203	0.2489	-0.0864	0.1286	-0.0084	-0.0551	0.2337	-0.0422	0.0923	0.6254	83.331	25.3131
8	1.3806	-0.0991	-0.5076	1.2987	0.0184	3.2754	0.0322	-0.0482	-0.0102	0.0581	0.0123	0.0265	0.0675	-0.109	-0.0445	0.0627	0.0011	0.0335	0.0079	0.0079	0.0828	-79.913	61.502	29.0965

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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