PDB-9guo: Human carbonic anhydrase II complexed with 2-(1H-tetrazol-5-yl)ac...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9guo

タイトル

Human carbonic anhydrase II complexed with 2-(1H-tetrazol-5-yl)acetic acid

要素

Carbonic anhydrase 2

キーワード

LYASE / carbonic anhydrase II / tetrazole / inhibitor / metalloenzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase activity / cyanamide hydratase / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / morphogenesis of an epithelium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Angeli, A. / Ferraroni, M.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2025
タイトル: Tetrazole Is a Novel Zinc Binder Chemotype for Carbonic Anhydrase Inhibition.
著者: Giovannuzzi, S. / Angeli, A. / Begines, P. / Ferraroni, M. / Nocentini, A. / Supuran, C.T.

履歴

登録	2024年9月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年7月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9guo.cif.gz	120.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9guo.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9guo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9guo_validation.pdf.gz	852.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9guo_full_validation.pdf.gz	853.7 KB	表示
XML形式データ	9guo_validation.xml.gz	15.4 KB	表示
CIF形式データ	9guo_validation.cif.gz	21.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gu/9guo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gu/9guo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9gu7C 9gumC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (1) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

29.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.513, 41.808, 72.554
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.561, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II 分子量: 29289.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase
#2: 化合物	ChemComp-BXH / ethyl 2-(2~{H}-1,2,3,4-tetrazol-5-yl)ethanoate 分子量: 156.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₈N₄O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.27 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 1.5 M sodium citrate, 0.1 M Tris pH 8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年5月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→35.95 Å / Num. obs: 27872 / % possible obs: 93 % / 冗長度: 6.2 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 11
反射シェル	解像度: 1.65→1.68 Å / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 0.807 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 1478 / CC_1/2: 0.729 / R_rim(I) all: 0.964 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.65→35.95 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / SU B: 7.227 / SU ML: 0.104 / 交差検証法: NONE / ESU R: 0.182 / ESU R Free: 0.126 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2475	1409	5.145 %
R_work	0.1665	25979	-
all	0.171	-	-
obs	-	27388	91.397 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.175 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.804 Å²	-0 Å²	-0.302 Å²
2-	-	1.268 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.568 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→35.95 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2051	0	14	158	2223

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	2165
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	1952
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.81	1.639	2948
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.381	1.585	4567
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.519	5	270
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.196	23.704	108
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.373	15	356
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.224	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	265
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	2436
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	442
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.22	0.2	415
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.207	0.2	1796
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.17	0.2	985
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	949
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.153	0.2	116
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.039	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.157	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.206	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.181	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.053	1.75	1044
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.027	1.747	1043
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.822	2.638	1305
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.83	2.641	1306
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.27	2.146	1121
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.269	2.147	1122
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.232	3.054	1636
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.231	3.055	1637
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.049	21.132	2375
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.867	20.892	2350
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	7.563	3	4117

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.65-1.693	0.326	113	0.198	2096	X-RAY DIFFRACTION	100
1.693-1.739	0.304	78	0.165	1712	X-RAY DIFFRACTION	84.077
1.739-1.79	0.273	103	0.151	1978	X-RAY DIFFRACTION	100
1.79-1.845	0.291	109	0.151	1921	X-RAY DIFFRACTION	100
1.845-1.905	0.513	75	0.296	1472	X-RAY DIFFRACTION	78.0525
1.905-1.972	0.513	66	0.379	1088	X-RAY DIFFRACTION	61.1553
1.972-2.046	0.254	91	0.143	1732	X-RAY DIFFRACTION	100
2.046-2.13	0.231	103	0.136	1443	X-RAY DIFFRACTION	85.651
2.13-2.224	0.294	87	0.22	1514	X-RAY DIFFRACTION	95.8683
2.224-2.333	0.495	67	0.317	1239	X-RAY DIFFRACTION	80.2211
2.333-2.459	0.213	65	0.137	1479	X-RAY DIFFRACTION	99.8706
2.459-2.608	0.269	67	0.136	1402	X-RAY DIFFRACTION	99.932
2.608-2.788	0.172	63	0.129	1179	X-RAY DIFFRACTION	89.8048
2.788-3.011	0.228	59	0.133	1219	X-RAY DIFFRACTION	99.9218
3.011-3.297	0.201	59	0.136	1127	X-RAY DIFFRACTION	99.9158
3.297-3.686	0.234	49	0.158	836	X-RAY DIFFRACTION	82.556
3.686-4.254	0.163	63	0.124	831	X-RAY DIFFRACTION	91.7865
4.254-5.205	0.15	34	0.126	769	X-RAY DIFFRACTION	99.7515
5.205-7.341	0.186	43	0.152	592	X-RAY DIFFRACTION	99.8428
7.341-35.95	0.203	15	0.173	350	X-RAY DIFFRACTION	98.6487

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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