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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9gtx
タイトルStructural and functional analysis of the Helicobacter pylori lipoprotein chaperone LolA
要素Outer-membrane lipoprotein carrier protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Lipoprotein / transport / protein transport
機能・相同性Outer membrane lipoprotein carrier protein LolA, Proteobacteria / Outer membrane lipoprotein carrier protein LolA / Outer membrane lipoprotein carrier protein LolA-like / Lipoprotein localisation LolA/LolB/LppX / lipoprotein localization to outer membrane / lipoprotein transport / outer membrane-bounded periplasmic space / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Outer-membrane lipoprotein carrier protein
機能・相同性情報
生物種Helicobacter pylori J99 (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.04 Å
データ登録者Jaiman, D. / Persson, K.
資金援助 スウェーデン, 2件
組織認可番号国
Swedish Research Council2016-05009 スウェーデン
Kempe FoundationJCSMK23-0215 スウェーデン
引用ジャーナル: Front Microbiol / 年: 2024
タイトル: Structural and functional analysis of the Helicobacter pylori lipoprotein chaperone LolA.
著者: Jaiman, D. / Persson, K.
履歴
登録2024年9月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年1月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Outer-membrane lipoprotein carrier protein
B: Outer-membrane lipoprotein carrier protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1774
ポリマ－38,9652
非ポリマー2122
水1,964109
1
A: Outer-membrane lipoprotein carrier protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5892
ポリマ－19,4831
非ポリマー1061
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Outer-membrane lipoprotein carrier protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5892
ポリマ－19,4831
非ポリマー1061
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)41.749, 65.461, 60.807
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.237, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb

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要素

#1: タンパク質 Outer-membrane lipoprotein carrier protein


分子量: 19482.514 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The signal peptide of the protein is not included in the construct. The first methionine in this construct originates from an expression tag that was cleaved off with TEV protease.
由来: (組換発現) Helicobacter pylori J99 (ピロリ菌)
遺伝子: lolA, jhp_0722 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9ZL58
#2: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 36 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 50% pentaerythriol propoxylate 0.1 M Tris pH 8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.87313 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年7月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87313 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.04→44.24 Å / Num. obs: 20710 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.9 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.142 / Rpim(I) all: 0.059 / Rrim(I) all: 0.154 / Χ2: 0.83 / Net I/σ(I): 9.2 / Num. measured all: 142035
反射 シェル解像度: 2.04→2.11 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 1.113 / Num. measured all: 14420 / Num. unique obs: 2017 / CC1/2: 0.494 / Rpim(I) all: 0.447 / Rrim(I) all: 1.2 / Χ2: 0.77 / Net I/σ(I) obs: 1.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.1.5286精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.04→44.24 Å / SU ML: 0.2936 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.6879
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2514 1035 5 %
Rwork0.2002 19658 -
obs0.2029 20693 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 50.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.04→44.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2654 0 14 109 2777
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00752728
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.86853682
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0561411
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0056463
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.26311044
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.04-2.150.34431460.28752775X-RAY DIFFRACTION100
2.15-2.280.36061470.25292800X-RAY DIFFRACTION100
2.28-2.460.29391490.25142816X-RAY DIFFRACTION99.97
2.46-2.710.25411470.2112786X-RAY DIFFRACTION99.97
2.71-3.10.28791460.20782794X-RAY DIFFRACTION100
3.1-3.90.23931490.19182825X-RAY DIFFRACTION100
3.9-44.240.20931510.17122862X-RAY DIFFRACTION99.64
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -10.547166721774 Å / Origin y: -1.8438590596441 Å / Origin z: 39.474332193951 Å
111213212223313233
T0.21190774161269 Å2-0.036525267508955 Å2-0.039022854169172 Å2-0.27194462858083 Å20.0094525911256221 Å2--0.32339189450386 Å2
L1.1611839079543 °2-0.09346126309622 °2-0.29496897612814 °2-0.70242757464047 °2-0.12187491794958 °2--1.2371096284178 °2
S0.099503027457013 Å °-0.14252063492675 Å °-0.05592363262701 Å °0.099587336573804 Å °-0.050310837932096 Å °-0.070407740103446 Å °-0.031575083398412 Å °-0.021989915609023 Å °-0.059465305090753 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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