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- PDB-9gtv: Crystal structure of RamR with Tyr59 replaced with para-boronophe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9gtv
タイトルCrystal structure of RamR with Tyr59 replaced with para-boronophenylalanine (boronate form)
要素Transcriptional regulator RamR
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Artificial enzyme / TetR family / boron designer enzyme / noncanonical amino acid / para-boronophenylalanine / boron acid catalysis
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA binding / RNA binding
類似検索 - 分子機能
DNA-binding HTH domain, TetR-type, conserved site / TetR-type HTH domain signature. / : / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcriptional regulator RamR
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.78 Å
データ登録者Longwitz, L. / Brouwer, B. / Thunnissen, A.M.W.H. / Roelfes, G.
資金援助European Union, オランダ, 2件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)885396European Union
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)OCENW.KLEIN.143 オランダ
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2024
タイトル: Boron Designer Enzyme with a Hybrid Catalytic Dyad.
著者: Longwitz, L. / Kamer, M.D. / Brouwer, B. / Thunnissen, A.W.H. / Roelfes, G.
履歴
登録2024年9月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年1月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator RamR
B: Transcriptional regulator RamR
C: Transcriptional regulator RamR
D: Transcriptional regulator RamR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,4404
ポリマ－92,4404
非ポリマー00
水00
1
A: Transcriptional regulator RamR
B: Transcriptional regulator RamR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,2202
ポリマ－46,2202
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Transcriptional regulator RamR

C: Transcriptional regulator RamR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,2202
ポリマ－46,2202
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-x,y-1/2,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)78.872, 51.880, 118.319
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.49, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Transcriptional regulator RamR / HTH-type transcriptional regulator RamR / Local repressor of ramA


分子量: 23110.066 Da / 分子数: 4 / 変異: Y59pBoF, C67S, C134S / 由来タイプ: 組換発現
詳細: RamR carrying a C-terminal Strep II tag. Residue 59 replaced by pBoF (para-boronophenylalanine)
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
遺伝子: ramR, STM0580 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8ZR43
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Protein solution: 13 mg/ml in 20 mM Hepes, pH 8, 500 mM NaCl. Reservoir solution: 0.1 M Tris, pH 8.5, 20% ethanol. Drops of 200 nL were prepared by mixing protein solution and reservoir solution (1:1)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.96546 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年7月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96546 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.78→78 Å / Num. obs: 22672 / % possible obs: 93.4 % / 冗長度: 2.9 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rpim(I) all: 0.051 / Rrim(I) all: 0.091 / Χ2: 0.9 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 2.78→2.93 Å / % possible obs: 64.3 % / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.457 / Num. measured all: 4250 / Num. unique obs: 2241 / CC1/2: 0.684 / Rpim(I) all: 0.399 / Rrim(I) all: 0.61 / Χ2: 0.69 / Net I/σ(I) obs: 1.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.21.1_5286精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.78→78 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 31.1 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2568 1186 5.23 %RANDOM
Rwork0.2105 ---
obs0.2129 22661 93.32 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.78→78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5934 0 0 0 5934
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.016038
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2158147
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.5622231
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052905
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0121048
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.78-2.910.4007940.31291692X-RAY DIFFRACTION59
2.91-3.060.34541640.28512670X-RAY DIFFRACTION94
3.06-3.260.31411520.27882858X-RAY DIFFRACTION100
3.26-3.510.31881510.24062821X-RAY DIFFRACTION99
3.51-3.860.29611600.21572824X-RAY DIFFRACTION99
3.86-4.420.25341550.20042836X-RAY DIFFRACTION99
4.42-5.570.22171460.19292858X-RAY DIFFRACTION98
5.57-780.21041640.18272916X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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