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万見
- PDB-9gto: NCS-1 bound to a FDA ligand 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9gto
タイトルNCS-1 bound to a FDA ligand 1
要素Neuronal calcium sensor 1
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Neuronal calcium sensor 1 / EF-hand containing protein / drug repurposing / FDA ligand
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium sensitive guanylate cyclase activator activity / regulation of neuron projection development / regulation of signal transduction / voltage-gated calcium channel activity / postsynaptic density / axon / intracellular membrane-bounded organelle / calcium ion binding / dendrite / perinuclear region of cytoplasm ...calcium sensitive guanylate cyclase activator activity / regulation of neuron projection development / regulation of signal transduction / voltage-gated calcium channel activity / postsynaptic density / axon / intracellular membrane-bounded organelle / calcium ion binding / dendrite / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Recoverin family / EF hand domain / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Neuronal calcium sensor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Munoz-Reyes, D. / Miro-Rodriguez, C. / Sanchez-Barrena, M.J.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Ministerio de Ciencia e Innovacion (MCIN)PID2022-137331OB-C31 スペイン
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2025
タイトル: FDA Drug Repurposing Uncovers Modulators of Dopamine D 2 Receptor Localization via Disruption of the NCS-1 Interaction.
著者: Munoz-Reyes, D. / Aguado, L. / Arroyo-Urea, S. / Requena, C. / Perez-Suarez, S. / Sanchez-Yepes, S. / Argerich, J. / Miro-Rodriguez, C. / Ulzurrun, E. / Rodriguez-Martin, E. / Garcia-Nafria, ...著者: Munoz-Reyes, D. / Aguado, L. / Arroyo-Urea, S. / Requena, C. / Perez-Suarez, S. / Sanchez-Yepes, S. / Argerich, J. / Miro-Rodriguez, C. / Ulzurrun, E. / Rodriguez-Martin, E. / Garcia-Nafria, J. / Campillo, N.E. / Mansilla, A. / Sanchez-Barrena, M.J.
履歴
登録2024年9月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年11月19日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Neuronal calcium sensor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,3887
ポリマ－20,5431
非ポリマー8456
水1,35175
1
B: Neuronal calcium sensor 1
ヘテロ分子

B: Neuronal calcium sensor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,77614
ポリマ－41,0862
非ポリマー1,69012
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area6510 Å2
ΔGint-108 kcal/mol
Surface area19390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.110, 34.501, 55.338
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.860, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-370-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Neuronal calcium sensor 1 / NCS-1 / Frequenin homolog / Frequenin-like protein / Frequenin-like ubiquitous protein


分子量: 20543.092 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NCS1, FLUP, FREQ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62166
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-A1IPH / (5-methyl-2-oxidanylidene-1,3-dioxol-4-yl)methyl 2-ethoxy-3-[[4-[2-(5-oxidanylidene-4~{H}-1,2,4-oxadiazol-3-yl)phenyl]phenyl]methyl]benzimidazole-4-carboxylate


分子量: 568.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H24N4O8 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.1 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 70 % MPD, 100 mM HEPES pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年5月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.141→55.265 Å / Num. obs: 25602 / % possible obs: 85.9 % / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 36.32 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.198 / Net I/σ(I): 4.7
反射 シェル解像度: 2.141→2.355 Å / Rmerge(I) obs: 1.751 / Num. unique obs: 1388

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
autoPROCデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.21.1-5286精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→37.15 Å / SU ML: 0.2815 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 29.1011
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2444 816 5.37 %
Rwork0.2127 14372 -
obs0.2145 15188 83.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 50.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→37.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1385 0 53 75 1513
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00251468
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.45831977
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0361199
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004257
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.0088545
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.440.3067760.2981318X-RAY DIFFRACTION45.96
2.44-2.630.30131430.27052268X-RAY DIFFRACTION79.44
2.63-2.90.30291670.27432592X-RAY DIFFRACTION91.45
2.9-3.320.26821550.22952703X-RAY DIFFRACTION95.01
3.32-4.180.23181430.17882766X-RAY DIFFRACTION96.17
4.18-37.150.1991320.18942725X-RAY DIFFRACTION94.14
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.000802468496.742846927813.049487423578.53696859757-2.602004503542.004177533440.328640012374-0.974561226262-1.091090890231.57916223716-0.145774648253-2.209294895440.2715883219991.43470692037-0.1783847554570.6059412192430.131692643938-0.1337226767030.760909481429-0.06568500415040.78670450967643.9763342727-13.400786506718.5768122122
20.788699622397-1.196284120530.2793247813842.763568317860.1801843988290.497269808180.0190146286890.1750732852150.174185158779-0.0278390080506-0.0382539389807-0.08518409-0.1175974239030.2634510511130.02457479817270.399873420707-0.09696478786840.0681910390670.388134062299-0.02418289035670.37863903642134.0253196466-1.205068408779.08376984024
32.86827405154-0.246678433197-0.06163157429231.71849856972-0.6033583034222.18929338862-0.07254925535820.00558517062074-0.3181269753730.07869110758110.1051756898950.1151605568950.01611592013140.225254441159-0.03343139923650.235116777217-0.0175351713647-0.004447447885470.204126947849-0.0545560956750.30032239740727.5969516667-3.1919200843516.5093931042
42.47513190572-1.749442247591.529162243763.17288109076-3.107490598516.0814414023-0.0660057686048-0.00173386781738-0.1302784093690.07065681738370.1422818483340.302668172855-0.10666809731-0.534056081828-0.04227905199460.192134966417-0.0357720740384-0.001231283724580.2623933185950.004729418826030.34113803520712.7108345494-4.5931248818813.2855642812
58.711271736030.8782006633683.658294927854.141641534493.704765139776.537027395720.161352469550.091707386811-0.9150119074890.1211049561230.312780540942-0.5534971418450.4481496088530.779341412288-0.4606845598890.2859147210670.060796666695-0.02564528210970.356651389369-0.02299633871940.406179232747-5.84269439702-12.4050025448-19.0740289383
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: B / Label asym-ID: D

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'B' and (resid 9 through 19 )9 - 193 - 13
22chain 'B' and (resid 20 through 58 )20 - 5814 - 52
33chain 'B' and (resid 59 through 96 )59 - 9653 - 90
44chain 'B' and (resid 97 through 144 )97 - 14491 - 138
55chain 'B' and (resid 145 through 174 )145 - 174139 - 168

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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