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万見
- PDB-9gtk: KRAS in complex with DARPin 784_F5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9gtk
タイトルKRAS in complex with DARPin 784_F5
要素
  • DARPin 784_F5
  • Isoform 2B of GTPase KRas
キーワードSIGNALING PROTEIN / Small GTPase / Designed Ankyrin Repeat Protein
機能・相同性
機能・相同性情報


forebrain astrocyte development / negative regulation of epithelial cell differentiation / type I pneumocyte differentiation / regulation of synaptic transmission, GABAergic / epithelial tube branching involved in lung morphogenesis / Rac protein signal transduction / positive regulation of Rac protein signal transduction / skeletal muscle cell differentiation / Signaling by RAS GAP mutants / Signaling by RAS GTPase mutants ...forebrain astrocyte development / negative regulation of epithelial cell differentiation / type I pneumocyte differentiation / regulation of synaptic transmission, GABAergic / epithelial tube branching involved in lung morphogenesis / Rac protein signal transduction / positive regulation of Rac protein signal transduction / skeletal muscle cell differentiation / Signaling by RAS GAP mutants / Signaling by RAS GTPase mutants / Activation of RAS in B cells / RAS signaling downstream of NF1 loss-of-function variants / RUNX3 regulates p14-ARF / SOS-mediated signalling / Activated NTRK3 signals through RAS / Activated NTRK2 signals through RAS / SHC1 events in ERBB4 signaling / Signalling to RAS / Activated NTRK2 signals through FRS2 and FRS3 / SHC-related events triggered by IGF1R / glial cell proliferation / Estrogen-stimulated signaling through PRKCZ / SHC-mediated cascade:FGFR3 / MET activates RAS signaling / SHC-mediated cascade:FGFR2 / Signaling by PDGFRA transmembrane, juxtamembrane and kinase domain mutants / Signaling by PDGFRA extracellular domain mutants / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / SHC-mediated cascade:FGFR4 / Signaling by CSF3 (G-CSF) / Erythropoietin activates RAS / Signaling by FGFR4 in disease / SHC-mediated cascade:FGFR1 / FRS-mediated FGFR3 signaling / Signaling by FLT3 ITD and TKD mutants / protein-membrane adaptor activity / FRS-mediated FGFR2 signaling / FRS-mediated FGFR4 signaling / Signaling by FGFR3 in disease / p38MAPK events / positive regulation of glial cell proliferation / Tie2 Signaling / FRS-mediated FGFR1 signaling / homeostasis of number of cells within a tissue / Signaling by FGFR2 in disease / striated muscle cell differentiation / GRB2 events in EGFR signaling / SHC1 events in EGFR signaling / Signaling by FLT3 fusion proteins / FLT3 Signaling / EGFR Transactivation by Gastrin / Signaling by FGFR1 in disease / NCAM signaling for neurite out-growth / CD209 (DC-SIGN) signaling / GRB2 events in ERBB2 signaling / Downstream signal transduction / Ras activation upon Ca2+ influx through NMDA receptor / SHC1 events in ERBB2 signaling / Insulin receptor signalling cascade / Constitutive Signaling by Overexpressed ERBB2 / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / VEGFR2 mediated cell proliferation / small monomeric GTPase / FCERI mediated MAPK activation / RAF activation / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / Signaling by SCF-KIT / Constitutive Signaling by EGFRvIII / MAP2K and MAPK activation / Signaling by ERBB2 ECD mutants / visual learning / Signaling by ERBB2 KD Mutants / cytoplasmic side of plasma membrane / Regulation of RAS by GAPs / RAS processing / Signaling by CSF1 (M-CSF) in myeloid cells / Signaling by RAF1 mutants / Negative regulation of MAPK pathway / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / GDP binding / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / MAPK cascade / DAP12 signaling / Constitutive Signaling by Ligand-Responsive EGFR Cancer Variants / G protein activity / actin cytoskeleton organization / Ca2+ pathway / RAF/MAP kinase cascade / neuron apoptotic process / gene expression / negative regulation of neuron apoptotic process / mitochondrial outer membrane / Ras protein signal transduction / Golgi membrane / focal adhesion / GTPase activity
類似検索 - 分子機能
Small GTPase, Ras-type / Small GTPase Ras domain profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / TRIETHYLENE GLYCOL / S,R MESO-TARTARIC ACID / GTPase KRas
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Kapp, J.N. / Verdurmen, W. / Schaefer, J.V. / Kopra, K. / Nagy-Davidescu, G. / Richard, E. / Nokin, M.J. / Ernst, P. / Tamaskovic, R. / Schwill, M. ...Kapp, J.N. / Verdurmen, W. / Schaefer, J.V. / Kopra, K. / Nagy-Davidescu, G. / Richard, E. / Nokin, M.J. / Ernst, P. / Tamaskovic, R. / Schwill, M. / Degen, R. / Scholl, C. / Santamaria, D. / Plueckthun, A.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss Cancer LeagueKFS-4147-02-2017 スイス
引用ジャーナル: Mol Oncol / 年: 2025
タイトル: A nucleotide-independent, pan-RAS-targeted DARPin elicits anti-tumor activity in a multimodal manner.
著者: Kapp, J.N. / Verdurmen, W.P.R. / Schaefer, J.V. / Kopra, K. / Nagy-Davidescu, G. / Richard, E. / Nokin, M.J. / Ernst, P. / Tamaskovic, R. / Schwill, M. / Degen, R. / Scholl, C. / Santamaria, D. / Pluckthun, A.
履歴
登録2024年9月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年6月25日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isoform 2B of GTPase KRas
B: DARPin 784_F5
C: Isoform 2B of GTPase KRas
D: Isoform 2B of GTPase KRas
H: DARPin 784_F5
I: DARPin 784_F5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,75151
ポリマ－121,1876
非ポリマー4,56445
水10,160564
1
A: Isoform 2B of GTPase KRas
B: DARPin 784_F5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,47225
ポリマ－40,3962
非ポリマー2,07623
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Isoform 2B of GTPase KRas
I: DARPin 784_F5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,88717
ポリマ－40,3962
非ポリマー1,49215
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
D: Isoform 2B of GTPase KRas
H: DARPin 784_F5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,3919
ポリマ－40,3962
非ポリマー9957
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)58.320, 152.830, 149.150
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

-
タンパク質 , 2種, 6分子 ACDBHI

#1: タンパク質 Isoform 2B of GTPase KRas / K-Ras 2 / Ki-Ras / c-K-ras / c-Ki-ras


分子量: 22225.311 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KRAS, KRAS2, RASK2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01116, small monomeric GTPase
#2: タンパク質 DARPin 784_F5


分子量: 18170.434 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 7種, 609分子

#3: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p


分子量: 522.196 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#6: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物
ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#8: 化合物 ChemComp-SRT / S,R MESO-TARTARIC ACID / meso-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 564 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.15 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Crystals grew within 25 days in 0.2 M potassium sodium tartrate, 20% w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→48 Å / Num. obs: 173930 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.2 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rrim(I) all: 0.088 / Net I/σ(I): 14.28
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) allDiffraction-ID
2-2.052.242128660.3612.4131
2.05-2.111.866125460.4812.0091
2.11-2.171.436122160.5941.5461
2.17-2.241.171118560.6641.2621
2.24-2.310.886114390.770.9551
2.31-2.390.68110990.8540.7341
2.39-2.480.507107290.910.5481
2.48-2.580.362103120.9480.3931
2.58-2.70.25799040.9670.281
2.7-2.830.20594530.9830.221
2.83-2.980.14189960.9910.1521
2.98-3.160.10885030.9950.1161
3.16-3.380.07580170.9970.0811
3.38-3.650.05574360.9980.0591
3.65-40.04268450.9990.0461
4-4.470.03461720.9990.0371
4.47-5.160.03154440.9990.0331
5.16-6.320.03346160.9990.0361
6.32-8.940.023354410.0241
8.94-480.017193710.0181

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0425精密化
XSCALEデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→47.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / SU B: 7.932 / SU ML: 0.111 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.146 / ESU R Free: 0.131 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20063 4544 5 %RANDOM
Rwork0.17101 ---
obs0.17249 86336 99.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 63.756 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20 Å20 Å2
2--0.22 Å2-0 Å2
3----0.25 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2→47.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7825 0 288 564 8677
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0128456
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0168107
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7041.84511395
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.5951.78418729
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.08651056
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg10.52542
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.028101490
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.21282
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.029786
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021751
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.5393.0334167
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.5393.0334167
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.6795.4345242
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.6795.4355243
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.1023.624289
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.0953.6184288
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.6046.3356153
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.35230.899370
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.31430.679278
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.319 330 -
Rwork0.318 6284 -
obs--99.91 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.27731.1951-0.21924.3201-0.29083.556-0.04730.39720.0454-0.52750.1013-0.2566-0.1080.1229-0.0540.072-0.01050.03630.0517-0.01280.0293-10.3075-0.1101-52.0866
25.5119-2.04990.21625.1619-0.32652.28620.107-0.3167-0.79420.15490.00040.31760.3903-0.1677-0.10740.0808-0.0408-0.03490.03540.06740.234-28.0176-16.5583-39.7806
33.85810.0295-0.6433.4356-0.41725.78290.1281-0.4065-0.1950.2141-0.0998-0.02020.3704-0.1718-0.02830.1392-0.0423-0.02940.23420.04720.0201-9.7282-1.9807-18.6658
44.0986-0.14450.49785.1657-0.46562.8886-0.0065-0.43320.47210.30980.0128-0.1383-0.43950.1323-0.00630.1372-0.0459-0.01180.0736-0.08990.23551.859725.1645-34.6546
55.8654-0.2934-0.67943.67760.52816.0218-0.13411.16430.3222-0.79750.05060.3991-0.3511-0.32770.08350.4936-0.0403-0.11410.25730.08480.4805-8.367932.4978-58.718
64.5798-0.43290.04415.93021.14165.548-0.0901-0.49171.01690.31630.0687-0.2295-1.5325-0.09510.02140.7662-0.01080.02210.5543-0.14780.2842-10.658920.4143-3.3325
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 176
2X-RAY DIFFRACTION2B11 - 174
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 175
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 173
5X-RAY DIFFRACTION5H12 - 174
6X-RAY DIFFRACTION6I13 - 172

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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