PDB-9gt5: DTPAA CHIP EXPERIMENT, ID29, X,Y SPACING 25,50

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9gt5

タイトル

DTPAA CHIP EXPERIMENT, ID29, X,Y SPACING 25,50

要素

Deferrochelatase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / PEROXIDASE / RADIATION DAMAGE / SERIAL CRYSTALLOGRAPHY

機能・相同性

機能・相同性情報

iron import into cell / cell envelope / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / peroxidase activity / lyase activity / heme binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces lividans 1326 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.63 Å

データ登録者

Gorel, A. / Schlichting, I.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Radiation damage in SOS chip experiments
著者: Gorel, A. / Schlichting, I.

履歴

登録	2024年9月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年10月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9gt5.cif.gz	167.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9gt5.ent.gz	129.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9gt5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9gt5_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9gt5_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	9gt5_validation.xml.gz	38.4 KB	表示
CIF形式データ	9gt5_validation.cif.gz	54.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gt/9gt5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gt/9gt5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9gt1C 9gt2C 9gt3C 9gt4C 9gt6C 9gt7C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Deferrochelatase

B: Deferrochelatase

ヘテロ分子

79.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.600, 68.800, 75.500
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 105.80, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Deferrochelatase / Peroxidase EfeB 分子量: 39329.066 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces lividans 1326 (バクテリア) 遺伝子: SLI_2602 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A7U9DT46, 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 580 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.4 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: batch mode / 詳細: PEG 6K, HEPES 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.073 Å
検出器	タイプ: PSI JUNGFRAU 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年1月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.073 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.63→40 Å / Num. obs: 90551 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 2748 % / R split: 0.065 / Net I/σ(I): 12.8
反射シェル	解像度: 1.63→1.67 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 4527 / R split: 0.879

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430	精密化
CrystFEL		データスケーリング
CrystFEL		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.63→37.66 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.982 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.977 / SU B: 1.665 / SU ML: 0.054 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.075 / ESU R Free: 0.072 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.16085	4666	5.2 %	RANDOM
R_work	0.13974	-	-	-
obs	0.14088	85859	99.95 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.191 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.22 Å²	-0 Å²	-0.25 Å²
2-	-	-0.59 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.44 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.63→37.66 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5625	0	0	580	6205

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.012	5882
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	5463
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.867	1.841	8033
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.643	1.785	12530
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.422	5	752
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.665	5	61
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.575	10	880
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.098	0.2	840
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	7326
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	1478
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.231	2.329	2940
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.205	2.328	2939
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.003	4.184	3681
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.005	4.185	3682
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.863	2.736	2942
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.865	2.736	2940
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.959	4.811	4340
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	8.865	26.14	6264
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	8.389	25.25	6184
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.63→1.672 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.381	351	-
R_work	0.376	6321	-
obs	-	-	99.88 %

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)