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- PDB-9gsm: Crystal structure of X409 complexed to tetra-core1-glycopeptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9gsm
タイトルCrystal structure of X409 complexed to tetra-core1-glycopeptide
要素
  • Metalloprotease StcE
  • tetra-core1-glycopeptide
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Mucin binding module / mucin / O-glycans
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ / metalloendopeptidase activity / peptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Peptidase M66 domain / ToxR activated gene A lipoprotein domain / : / Peptidase M66 / ToxR activated gene A lipoprotein domain / Peptidase family M66 domain profile. / : / Metalloprotease StcE, beta-sandwich domain / Metalloprotease StcE, C-terminal / Beta/Gamma crystallin
類似検索 - ドメイン・相同性
Metalloprotease StcE
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Veloz, B. / Taleb, V. / Hurtado-Guerrero, R.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Ministerio de Ciencia e Innovacion (MCIN)PID2022-136362NB-I00 スペイン
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Microbial binding module employs sophisticated clustered saccharide patches to selectively adhere to mucins.
著者: Jaroentomeechai, T. / Veloz, B. / Soares, C.O. / Goerdeler, F. / Grosso, A.S. / Bull, C. / Miller, R.L. / Furukawa, S. / Gines-Alcober, I. / Taleb, V. / Merino, P. / Ghirardello, M. / ...著者: Jaroentomeechai, T. / Veloz, B. / Soares, C.O. / Goerdeler, F. / Grosso, A.S. / Bull, C. / Miller, R.L. / Furukawa, S. / Gines-Alcober, I. / Taleb, V. / Merino, P. / Ghirardello, M. / Companon, I. / Coelho, H. / Dias, J.S. / Vincentelli, R. / Henrissat, B. / Joshi, H. / Clausen, H. / Corzana, F. / Marcelo, F. / Hurtado-Guerrero, R. / Narimatsu, Y.
履歴
登録2024年9月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年12月24日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Metalloprotease StcE
B: Metalloprotease StcE
M: tetra-core1-glycopeptide
N: tetra-core1-glycopeptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,07012
ポリマ－24,0034
非ポリマー3,0678
水2,306128
1
A: Metalloprotease StcE
M: tetra-core1-glycopeptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,5356
ポリマ－12,0022
非ポリマー1,5334
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Metalloprotease StcE
N: tetra-core1-glycopeptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,5356
ポリマ－12,0022
非ポリマー1,5334
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)44.194, 38.124, 72.870
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.42, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Metalloprotease StcE / Mucinase / Neutral zinc metalloprotease StcE / Secreted protease of C1 esterase inhibitor from EHEC


分子量: 11116.666 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: stcE, tagA, L7031, ECO57PM83 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O82882, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ
#2: タンパク質・ペプチド tetra-core1-glycopeptide


分子量: 884.953 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 多糖
beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 383.349 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DGalpb1-3DGalpNAca1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2112h-1a_1-5_2*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5]/1-2/a3-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GalpNAc]{[(3+1)][b-D-Galp]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.44 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Polyethylene glycol monomethyl ether 5,000 Sodium fluoride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年10月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→40.35 Å / Num. obs: 24440 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.6 % / CC1/2: 0.994 / Rpim(I) all: 0.091 / Net I/σ(I): 6.3
反射 シェル解像度: 1.75→1.84 Å / 冗長度: 5.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 3516 / CC1/2: 0.567 / Rpim(I) all: 0.733 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0419精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.75→40.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 8.712 / SU ML: 0.133 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.155 / ESU R Free: 0.14 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.268 1018 4.2 %RANDOM
Rwork0.242 ---
obs0.243 23363 99.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.68 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.17 Å20 Å20.55 Å2
2--0.14 Å20 Å2
3----0.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→40.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1669 0 200 128 1997
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0151928
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.0181778
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.162.0072642
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1272.0364148
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.825198
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg9.038510
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.60410266
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.2329
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0212045
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021404
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0360.824798
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.0360.824798
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.7271.46991
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.7261.462992
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6941.2811130
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.6931.2831131
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.6332.2811650
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.27811.062092
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.25410.462073
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.8 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.343 79 -
Rwork0.367 1687 -
obs--99.61 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.42220.2852-0.32130.72040.13650.6253-0.04340.00340.01260.01680.018-0.03980.0334-0.00910.02550.0733-0.0072-0.14950.00230.00730.37375.26527.051537.566
21.3629-0.2661-0.2731.1394-0.20970.3747-0.0336-0.02190.0049-0.05940.00220.03410.02730.0020.03140.07720.0081-0.15040.0029-0.00650.365310.994424.9303-1.1702
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A800 - 898
2X-RAY DIFFRACTION1M1 - 11
3X-RAY DIFFRACTION2B800 - 898
4X-RAY DIFFRACTION2N1 - 8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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