PDB-9gs1: Crystal structure of Arabidopsis thaliana Acyl-ACP Thioesterase (...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9gs1

タイトル

Crystal structure of Arabidopsis thaliana Acyl-ACP Thioesterase (At-FatA) complexed with Oxaziclomefone

要素

Oleoyl-acyl carrier protein thioesterase 1, chloroplastic

キーワード

HYDROLASE / Thioesterase / Herbicide / Inhibitor / Oxaziclomefone

機能・相同性

機能・相同性情報

oleoyl-[acyl-carrier-protein] hydrolase / fatty acyl-[ACP] hydrolase activity / chloroplast / fatty acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Montgomery, M.G.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Scaffold-hopping, Bioisosterism and Structure-Based Design in the Development of Novel Acyl-ACP Thioesterase (Fat) Inhibitors as Potential Herbicides
著者: Croft, R. / Montgomery, M.G.

履歴

登録	2024年9月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年5月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9gs1.cif.gz	123.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9gs1.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9gs1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9gs1_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9gs1_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	9gs1_validation.xml.gz	25.3 KB	表示
CIF形式データ	9gs1_validation.cif.gz	33.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gs/9gs1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gs/9gs1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9grrC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

AaA: Oleoyl-acyl carrier protein thioesterase 1, chloroplastic

BaB: Oleoyl-acyl carrier protein thioesterase 1, chloroplastic

ヘテロ分子

68.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	96.154, 97.839, 126.318
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AaA-581- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン: (詳細: Chains A B)

#1: タンパク質	Oleoyl-acyl carrier protein thioesterase 1, chloroplastic / 18:0-acyl-carrier protein thioesterase / 18:0-ACP thioesterase / Acyl-[acyl-carrier-protein] hydrolase 分子量: 33615.598 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: FATA, FATA1, At3g25110, MJL12.5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q42561, oleoyl-[acyl-carrier-protein] hydrolase
#2: 化合物	ChemComp-A1IPE / Oxaziclomefone / 3-[2-[3,5-bis(chloranyl)phenyl]propan-2-yl]-6-methyl-5-phenyl-2~{H}-1,3-oxazin-4-one 分子量: 376.276 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₁₉Cl₂NO₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.33 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.6M Ammonium sulphate, 0.1M sodium acetate pH 4.8

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: SEALED TUBE / タイプ: OTHER / 波長: 1.54184 Å
検出器	タイプ: OXFORD ONYX CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→20.42 Å / Num. obs: 47041 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.2 % / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 11.4
反射シェル	解像度: 1.9→1.94 Å / 冗長度: 2.4 % / Num. unique obs: 3102 / CC_1/2: 0.709 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0253	精密化
CrysalisPro		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→20.42 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.934 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.914 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.185 / ESU R Free: 0.166 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2716	2336	4.98 %
R_work	0.2361	44570	-
all	0.238	-	-
obs	-	46906	99.308 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.062 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.28 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.187 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.907 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→20.42 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4151	0	66	158	4375

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	4341
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.035	0.017	3976
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.52	1.644	5898
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.299	1.579	9207
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.665	5	521
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.853	21.92	250
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.441	15	765
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.044	15	37
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.07	0.2	569
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	4825
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.011	0.02	934
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.205	0.2	751
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.214	0.2	3626
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.163	0.2	2044
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.074	0.2	1907
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.148	0.2	188
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.079	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.184	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.232	0.2	100
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.1	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.231	2.648	2069
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.228	2.648	2068
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.311	3.957	2582
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.31	3.958	2583
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.018	3.069	2271
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.018	3.069	2272
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.689	4.444	3311
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.688	4.444	3312
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.486	30.746	4759
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.485	30.749	4760
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.09	0.05	8083

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.949	0.359	191	0.316	3211	X-RAY DIFFRACTION	98.5801
1.949-2.003	0.303	174	0.284	3140	X-RAY DIFFRACTION	98.9845
2.003-2.061	0.304	166	0.28	3106	X-RAY DIFFRACTION	99.1215
2.061-2.124	0.316	151	0.276	3010	X-RAY DIFFRACTION	99.9368
2.124-2.194	0.275	151	0.264	2931	X-RAY DIFFRACTION	99.9028
2.194-2.271	0.305	145	0.26	2854	X-RAY DIFFRACTION	99.8003
2.271-2.356	0.34	146	0.239	2723	X-RAY DIFFRACTION	99.826
2.356-2.452	0.319	114	0.249	2683	X-RAY DIFFRACTION	99.8216
2.452-2.561	0.357	135	0.264	2497	X-RAY DIFFRACTION	99.6592
2.561-2.686	0.309	125	0.259	2429	X-RAY DIFFRACTION	99.6488
2.686-2.831	0.294	126	0.249	2317	X-RAY DIFFRACTION	99.2686
2.831-3.003	0.219	115	0.241	2168	X-RAY DIFFRACTION	99.304
3.003-3.21	0.296	95	0.243	2072	X-RAY DIFFRACTION	99.4949
3.21-3.466	0.228	94	0.217	1921	X-RAY DIFFRACTION	99.408
3.466-3.797	0.228	96	0.205	1749	X-RAY DIFFRACTION	99.0338
3.797-4.243	0.218	100	0.203	1596	X-RAY DIFFRACTION	98.7194
4.243-4.897	0.233	69	0.178	1446	X-RAY DIFFRACTION	99.4094
4.897-5.992	0.25	61	0.217	1218	X-RAY DIFFRACTION	99.8439
5.992-8.449	0.301	52	0.232	978	X-RAY DIFFRACTION	100
8.449-20.42	0.237	30	0.238	521	X-RAY DIFFRACTION	90.4762

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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