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万見
- PDB-9gs0: Capsid of full Haloferax tailed virus 1 without turret head prote... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9gs0
タイトルCapsid of full Haloferax tailed virus 1 without turret head protein gp31.
要素
  • Capsid stabilization protein
  • Gp30
  • HK97 gp5-like major capsid protein
キーワードVIRUS / Archaeal virus / turret / capsid
機能・相同性: / Capsid stabilization protein / HK97 gp5-like major capsid protein / Gp30
機能・相同性情報
生物種Haloferax tailed virus 1 (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.37 Å
データ登録者Zhang, D. / Daum, B. / Isupov, M.N. / McLaren, M. / Stuart, W.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)European Union
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: CryoEM structure of Haloferax tailed virus
著者: Zhang, D. / Daum, B. / Isupov, M.N. / McLaren, M. / Oksanen, H. / Quax, T.E.F. / Schwarzer, S. / Gold, V.A.M.
履歴
登録2024年9月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年8月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月27日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月27日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月27日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月27日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月27日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月27日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AA: HK97 gp5-like major capsid protein
AB: HK97 gp5-like major capsid protein
AC: HK97 gp5-like major capsid protein
AD: HK97 gp5-like major capsid protein
AE: HK97 gp5-like major capsid protein
AF: HK97 gp5-like major capsid protein
AI: Capsid stabilization protein
AJ: Capsid stabilization protein
AK: Capsid stabilization protein
AL: Capsid stabilization protein
AM: Capsid stabilization protein
AN: Capsid stabilization protein
AO: Capsid stabilization protein
As: Gp30
At: Gp30
Au: Gp30
Av: Gp30
Aw: Gp30
Ax: Gp30
AG: HK97 gp5-like major capsid protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)474,87871
ポリマ－473,59420
非ポリマー1,28451
水00
1
AA: HK97 gp5-like major capsid protein
AB: HK97 gp5-like major capsid protein
AC: HK97 gp5-like major capsid protein
AD: HK97 gp5-like major capsid protein
AE: HK97 gp5-like major capsid protein
AF: HK97 gp5-like major capsid protein
AI: Capsid stabilization protein
AJ: Capsid stabilization protein
AK: Capsid stabilization protein
AL: Capsid stabilization protein
AM: Capsid stabilization protein
AN: Capsid stabilization protein
AO: Capsid stabilization protein
As: Gp30
At: Gp30
Au: Gp30
Av: Gp30
Aw: Gp30
Ax: Gp30
AG: HK97 gp5-like major capsid protein
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,492,6634260
ポリマ－28,415,6271200
非ポリマー77,0363060
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59

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要素

#1: タンパク質
HK97 gp5-like major capsid protein


分子量: 43544.406 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haloferax tailed virus 1 (ウイルス) / 参照: UniProt: A0A410N6T9
#2: タンパク質
Capsid stabilization protein


分子量: 13888.911 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haloferax tailed virus 1 (ウイルス) / 参照: UniProt: A0A410N6Q7
#3: タンパク質
Gp30 / Gene product 30


分子量: 11926.760 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haloferax tailed virus 1 (ウイルス) / 参照: UniProt: A0A410N6V5
#4: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Haloferax tailed virus 1 / タイプ: VIRUS / Entity ID: #1-#3 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Haloferax tailed virus 1 (ウイルス)
ウイルスについての詳細中空か: YES / エンベロープを持つか: NO / 単離: OTHER / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Haloferax gibbonsii
緩衝液pH: 7
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
7Cootモデルフィッティング
9REFMAC5.8.0267モデル精密化
10UCSF ChimeraXモデル精密化
11ISOLDEモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.37 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 2512500 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: RECIPROCAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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