PDB-9grr: Crystal structure of Arabidopsis thaliana Acyl-ACP Thioesterase (...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9grr

タイトル

Crystal structure of Arabidopsis thaliana Acyl-ACP Thioesterase (At-FatA) complexed with Cinmethylin

要素

Oleoyl-acyl carrier protein thioesterase 1, chloroplastic

キーワード

HYDROLASE / Thioesterase / Herbicide / Inhibitor / Cinmethylin

機能・相同性

機能・相同性情報

oleoyl-[acyl-carrier-protein] hydrolase / fatty acyl-[ACP] hydrolase activity / chloroplast / fatty acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Montgomery, M.G.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Scaffold-hopping, Bioisosterism and Structure-Based Design in the Development of Novel Acyl-ACP Thioesterase (Fat) Inhibitors as Potential Herbicides
著者: Croft, R. / Montgomery, M.G.

履歴

登録	2024年9月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年5月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9grr.cif.gz	77.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9grr.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9grr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9grr_validation.pdf.gz	786.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9grr_full_validation.pdf.gz	790.5 KB	表示
XML形式データ	9grr_validation.xml.gz	15.2 KB	表示
CIF形式データ	9grr_validation.cif.gz	20.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gr/9grr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gr/9grr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9gs1C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

AaA: Oleoyl-acyl carrier protein thioesterase 1, chloroplastic

ヘテロ分子

34.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AaA: Oleoyl-acyl carrier protein thioesterase 1, chloroplastic

ヘテロ分子

AaA: Oleoyl-acyl carrier protein thioesterase 1, chloroplastic

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
68.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	98.430, 98.430, 126.170
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	97
Space group name H-M	I422

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AaA-402- SO4
2	1	AaA-645- HOH
3	1	AaA-654- HOH

#1: タンパク質	Oleoyl-acyl carrier protein thioesterase 1, chloroplastic / 18:0-acyl-carrier protein thioesterase / 18:0-ACP thioesterase / Acyl-[acyl-carrier-protein] hydrolase 分子量: 33615.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: FATA, FATA1, At3g25110, MJL12.5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q42561, oleoyl-[acyl-carrier-protein] hydrolase
#2: 化合物	ChemComp-A1IOW / (1~{S},2~{R},4~{R})-1-methyl-2-[(2-methylphenyl)methoxy]-4-propan-2-yl-7-oxabicyclo[2.2.1]heptane 分子量: 274.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₂₆O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 159 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.88 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.3M ammonium sulphate, 0.1M sodium acetate pH 4.4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9159 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9159 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→77.61 Å / Num. obs: 59353 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 8.8 % / CC_1/2: 1 / R_rim(I) all: 0.056 / Net I/σ(I): 16.6
反射シェル	解像度: 1.4→1.42 Å / 冗長度: 7.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 2943 / CC_1/2: 0.5 / % possible all: 97.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0253	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.4→77.607 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / SU B: 1.322 / SU ML: 0.052 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.069 / ESU R Free: 0.068 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2329	3014	5.079 %
R_work	0.2161	56334	-
all	0.217	-	-
obs	-	59348	97.367 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.135 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.015 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.015 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.029 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→77.607 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2080	0	36	159	2275

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	2217
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	2042
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.713	1.642	3016
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.491	1.58	4734
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.081	5	270
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.238	21.732	127
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.826	15	391
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.121	15	19
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	293
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	2445
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	480
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.2	0.2	361
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.193	0.2	1839
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.166	0.2	1024
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.088	0.2	1021
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.115	0.2	108
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.243	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.185	0.2	55
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.11	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.03	2.355	1053
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.022	2.352	1052
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.979	3.526	1314
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.98	3.529	1315
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.73	2.688	1164
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.729	2.689	1165
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.17	3.898	1696
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.169	3.899	1697
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.42	27.166	2410
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.39	27.018	2394

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.4-1.436	0.331	224	0.33	4115	0.331	4440	0.757	0.738	97.7252	0.326
1.436-1.476	0.323	215	0.309	4031	0.309	4344	0.813	0.814	97.744	0.298
1.476-1.519	0.279	182	0.284	3931	0.284	4218	0.849	0.847	97.5107	0.266
1.519-1.565	0.296	202	0.263	3810	0.264	4110	0.844	0.854	97.6156	0.241
1.565-1.617	0.292	202	0.238	3708	0.241	3998	0.876	0.902	97.7989	0.215
1.617-1.673	0.272	189	0.236	3560	0.238	3827	0.9	0.914	97.9618	0.213
1.673-1.736	0.283	187	0.234	3473	0.237	3734	0.899	0.922	98.0182	0.209
1.736-1.807	0.221	179	0.223	3348	0.223	3589	0.937	0.928	98.2725	0.202
1.807-1.888	0.234	173	0.219	3196	0.219	3441	0.926	0.932	97.9076	0.198
1.888-1.98	0.228	180	0.22	3042	0.22	3285	0.934	0.934	98.0822	0.202
1.98-2.087	0.225	160	0.223	2942	0.223	3157	0.937	0.939	98.2578	0.208
2.087-2.213	0.215	149	0.205	2768	0.206	2976	0.951	0.945	98.0175	0.195
2.213-2.366	0.22	149	0.212	2602	0.212	2808	0.937	0.938	97.9701	0.2
2.366-2.555	0.238	138	0.214	2428	0.215	2625	0.927	0.938	97.7524	0.204
2.555-2.799	0.232	130	0.211	2225	0.213	2430	0.937	0.943	96.9136	0.208
2.799-3.129	0.224	89	0.216	2044	0.217	2207	0.941	0.939	96.647	0.214
3.129-3.612	0.242	93	0.206	1777	0.208	1962	0.941	0.945	95.3109	0.213
3.612-4.421	0.19	78	0.179	1495	0.18	1675	0.955	0.962	93.9104	0.197
4.421-6.242	0.224	58	0.193	1176	0.195	1332	0.969	0.968	92.6426	0.221
6.242-77.607	0.224	37	0.243	663	0.242	795	0.93	0.941	88.0503	0.272

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新型コロナ情報

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