PDB-9gql: Human MTH1 in complex with stanozolol

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9gql

タイトル

Human MTH1 in complex with stanozolol

要素

Oxidized purine nucleoside triphosphate hydrolase

キーワード

HYDROLASE / MTH1 / stanozolol / steroid

機能・相同性

機能・相同性情報

2-hydroxy-ATP hydrolase activity / 2-hydroxy-dATP hydrolase activity / N6-methyl-(d)ATP hydrolase activity / O6-methyl-dGTP hydrolase activity / 2-hydroxy-dATP diphosphatase / dATP diphosphatase activity / ATP diphosphatase activity / 8-oxo-7,8-dihydrodeoxyguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / 8-oxo-7,8-dihydroguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / Phosphate bond hydrolysis by NUDT proteins ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.401 Å

データ登録者

Scaletti Hutchinson, E. / Gustafsson Westergren, R. / Stenmark, P.

資金援助

スウェーデン, 1件

引用

ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2025
タイトル: The anabolic steroid stanozolol is a potent inhibitor of human MutT homolog 1
著者: Scaletti Hutchinson, E. / Gustafsson Westergren, R. / Almlof, I. / Jemth, A.S. / Scobie, M. / Warpman Berglund, U. / Helleday, T. / Stenmark, P.

履歴

登録	2024年9月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年8月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9gql.cif.gz	176.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9gql.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9gql.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9gql_validation.pdf.gz	761 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9gql_full_validation.pdf.gz	764 KB	表示
XML形式データ	9gql_validation.xml.gz	11.7 KB	表示
CIF形式データ	9gql_validation.cif.gz	15.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gq/9gql ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gq/9gql	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (6) #201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Oxidized purine nucleoside triphosphate hydrolase

ヘテロ分子

18.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	36.526, 59.71, 66.875
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

#1: タンパク質	Oxidized purine nucleoside triphosphate hydrolase / 2-hydroxy-dATP diphosphatase / 7 / 8-dihydro-8-oxoguanine triphosphatase / 8-oxo-dGTPase / ...2-hydroxy-dATP diphosphatase / 7 / 8-dihydro-8-oxoguanine triphosphatase / 8-oxo-dGTPase / Methylated purine nucleoside triphosphate hydrolase / Nucleoside diphosphate-linked moiety X motif 1 / Nudix motif 1 分子量: 17971.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NUDT1, MTH1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P36639, 2-hydroxy-dATP diphosphatase, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用
#2: 化合物	ChemComp-A1IOS / stanozolol 分子量: 328.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₂N₂O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.38 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 22 % PEG6000, 0.1 M sodium acetate pH 4.0, 0.2 M LiSO4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.987 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→44.54 Å / Num. obs: 29373 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 7.1 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 18.9
反射シェル	解像度: 1.4→1.42 Å / Num. unique obs: 1322 / CC_1/2: 0.666

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.401→44.54 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.953 / SU B: 2.057 / SU ML: 0.037 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.066 / ESU R Free: 0.063 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1922	1512	5.155 %
R_work	0.1476	27818	-
all	0.15	-	-
obs	-	29330	99.555 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.893 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.039 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.141 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.179 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.401→44.54 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1254	0	35	103	1392

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.012	1397
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.016	1292
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.067	1.856	1908
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.739	1.807	2983
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.613	5	169
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.195	5	8
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.869	10	235
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.228	10	69
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.102	0.2	198
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.739	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	1666
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	335
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.266	0.2	242
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.218	0.2	1208
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.19	0.2	641
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.092	0.2	720
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.255	0.2	55
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.24	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.203	0.2	45
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.247	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.011	1.505	655
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.996	1.504	655
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.192	2.701	831
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.191	2.701	832
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	7.699	1.97	742
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	7.472	1.929	739
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	11.171	3.433	1077
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	10.85	3.359	1072
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	19.326	20.846	1508
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	19.242	20.833	1507
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	4.405	3	2689

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.401-1.438	0.202	90	0.202	1927	X-RAY DIFFRACTION	95.3664
1.438-1.477	0.223	111	0.168	1991	X-RAY DIFFRACTION	100
1.477-1.52	0.192	122	0.145	1927	X-RAY DIFFRACTION	99.9512
1.52-1.566	0.205	97	0.14	1847	X-RAY DIFFRACTION	100
1.566-1.618	0.174	105	0.125	1804	X-RAY DIFFRACTION	99.3236
1.618-1.674	0.155	91	0.116	1769	X-RAY DIFFRACTION	100
1.674-1.738	0.171	103	0.114	1693	X-RAY DIFFRACTION	99.8888
1.738-1.808	0.18	81	0.114	1657	X-RAY DIFFRACTION	100
1.808-1.889	0.179	88	0.109	1565	X-RAY DIFFRACTION	99.7586
1.889-1.981	0.125	80	0.105	1499	X-RAY DIFFRACTION	99.7473
1.981-2.088	0.161	77	0.112	1438	X-RAY DIFFRACTION	100
2.088-2.214	0.203	59	0.123	1388	X-RAY DIFFRACTION	100
2.214-2.366	0.179	79	0.131	1286	X-RAY DIFFRACTION	100
2.366-2.555	0.162	62	0.139	1208	X-RAY DIFFRACTION	99.7643
2.555-2.798	0.194	69	0.15	1113	X-RAY DIFFRACTION	99.9155
2.798-3.127	0.188	55	0.152	1009	X-RAY DIFFRACTION	100
3.127-3.608	0.206	44	0.162	919	X-RAY DIFFRACTION	100
3.608-4.411	0.191	38	0.161	779	X-RAY DIFFRACTION	100
4.411-6.208	0.222	37	0.2	620	X-RAY DIFFRACTION	100
6.208-44.54	0.379	24	0.247	379	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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