PDB-9gq1: CSP1 H36A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9gq1

タイトル

CSP1 H36A

要素

Four-helix bundle copper-binding protein

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / COPPER BINDING PROTEIN / METHANE OXIDATION / COPPER STORAGE / METHANOTROPHS / PARTICULATE METHANE MONOOXYGENASE

機能・相同性

Twin-arginine translocation signal, Cys-rich four helix bundle protein / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / identical protein binding / COPPER (I) ION / Four-helix bundle copper-binding protein

機能・相同性情報

生物種

Methylosinus trichosporium OB3b (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Basle, A. / David, S. / Dennison, C.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The replacement of a Met ligand by iodide in a copper storage protein is stabilised by an unusual Cu(I)2-anion-pi interaction
著者: David, S. / Dalton, R.A. / Basle, A. / Crowley, P.B. / Dennison, C.

履歴

登録	2024年9月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年9月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9gq1.cif.gz	93.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9gq1.ent.gz	69.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9gq1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9gq1_validation.pdf.gz	9.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9gq1_full_validation.pdf.gz	9.8 MB	表示
XML形式データ	9gq1_validation.xml.gz	13 KB	表示
CIF形式データ	9gq1_validation.cif.gz	17.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gq/9gq1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gq/9gq1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8r4lC 8r4mC 9gskC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Four-helix bundle copper-binding protein

B: Four-helix bundle copper-binding protein

ヘテロ分子

24.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Four-helix bundle copper-binding protein

B: Four-helix bundle copper-binding protein

ヘテロ分子

A: Four-helix bundle copper-binding protein

B: Four-helix bundle copper-binding protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
49 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	93.214, 42.26, 53.026
Angle α, β, γ (deg.)	90, 91.084, 90
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Auth seq-ID: 13 - 121 / Label seq-ID: 3 - 111

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Four-helix bundle copper-binding protein 分子量: 11479.291 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methylosinus trichosporium OB3b (バクテリア) 遺伝子: CQW49_12740 発現宿主: Methylosinus trichosporium OB3b (バクテリア) 参照: UniProt: A0A2D2D105
#2: 化合物	... ChemComp-CU1 / COPPER (I) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M Tris-Bicine pH 8.5 plus 12.5% v/v 2-methyl-2,4 pentanediol (racemic), 12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 0.03 M sodium fluoride, 0.03 M sodium bromide and 0.03 M sodium iodide

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04 / 波長: 1.37471 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月5日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.37471 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.3→51.47 Å / Num. obs: 61289 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.9 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.057 / R_pim(I) all: 0.024 / R_rim(I) all: 0.062 / Χ²: 0.87 / Net I/σ(I): 16.5

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
7.12-51.47	10.1	0.028	44.2	432	0.998	0.012	0.031	0.44	99.6
1.3-1.32	13.1	2.232	1.2	3001	0.486	0.931	2.42	0.89	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430 (refmacat 0.4.82)	精密化
REFMAC	5.8.0430 (refmacat 0.4.82)	精密化
Aimless		データスケーリング
Coot		モデル構築
xia2		データ削減
DIALS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→38.488 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / SU B: 5.025 / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.15 / ESU R Free: 0.144 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2239	887	5.445 %
R_work	0.1736	15404	-
all	0.176	-	-
obs	-	16291	98.889 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.726 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.731 Å²	0 Å²	-0.628 Å²
2-	-	4.37 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.614 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→38.488 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1562	0	24	88	1674

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.012	1611
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	1516
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.165	1.802	2177
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.849	1.745	3520
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.133	5	228
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	5.392	5	2
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.911	10	266
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.32	10	53
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.125	0.2	254
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	1874
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	318
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.221	0.2	393
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.16	0.2	1206
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.165	0.2	845
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.07	0.2	933
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.132	0.2	69
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.222	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.145	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.122	0.2	95
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.168	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.302	3.371	894
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.186	3.367	894
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.736	6.043	1116
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.774	6.048	1117
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.559	3.936	717
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.535	3.93	717
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.209	6.976	1057
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.205	6.978	1058
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.57	35.231	1927
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.618	35.053	1909
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.068	0.05	3283

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.068	0.05008
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.068	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.9-1.949	0.346	62	0.327	1111	0.328	1187	0.833	0.88	98.8206	0.312
1.949-2.003	0.292	53	0.292	1123	0.292	1180	0.913	0.907	99.661	0.277
2.003-2.06	0.277	68	0.251	1058	0.252	1142	0.941	0.942	98.599	0.232
2.06-2.124	0.302	70	0.246	1068	0.25	1146	0.931	0.937	99.3019	0.225
2.124-2.193	0.327	53	0.227	986	0.232	1045	0.915	0.963	99.4258	0.209
2.193-2.27	0.221	49	0.212	972	0.213	1037	0.96	0.966	98.4571	0.194
2.27-2.355	0.212	54	0.181	951	0.183	1010	0.967	0.977	99.5049	0.165
2.355-2.451	0.282	51	0.153	914	0.159	973	0.951	0.984	99.1778	0.142
2.451-2.559	0.18	46	0.148	870	0.149	930	0.982	0.986	98.4946	0.137
2.559-2.684	0.18	46	0.151	850	0.153	898	0.982	0.986	99.7773	0.139
2.684-2.828	0.197	56	0.168	794	0.17	852	0.97	0.984	99.7653	0.162
2.828-2.999	0.211	47	0.169	763	0.171	811	0.977	0.983	99.8767	0.169
2.999-3.204	0.231	45	0.17	707	0.173	752	0.964	0.982	100	0.178
3.204-3.459	0.214	42	0.174	656	0.177	698	0.975	0.982	100	0.189
3.459-3.786	0.267	50	0.156	607	0.164	659	0.959	0.986	99.6965	0.17
3.786-4.228	0.175	34	0.142	560	0.144	600	0.978	0.988	99	0.172
4.228-4.872	0.179	18	0.129	504	0.13	526	0.988	0.991	99.2395	0.169
4.872-5.944	0.139	10	0.135	436	0.135	453	0.989	0.99	98.4547	0.172
5.944-8.307	0.17	24	0.132	320	0.135	358	0.985	0.991	96.0894	0.179
8.307-38.488	0.229	9	0.184	155	0.186	216	0.966	0.971	75.9259	0.258

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