PDB-9gph: Teth514_1788 1,2-beta-oligomannan phosphorylase in complex with m...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9gph

タイトル

Teth514_1788 1,2-beta-oligomannan phosphorylase in complex with mannose (-1) and phosphate

要素

1,2-beta-oligomannan phosphorylase

キーワード

CARBOHYDRATE / phosphorylase

機能・相同性

1,2-beta-oligomannan phosphorylase / Mannoside phosphorylase / beta-1,4-mannooligosaccharide phosphorylase / GDP-mannose biosynthetic process / Glycosyl hydrolase, five-bladed beta-propellor domain superfamily / glycosyltransferase activity / alpha-D-mannopyranose / PHOSPHATE ION / 1,2-beta-oligomannan phosphorylase

機能・相同性情報

生物種

Thermoanaerobacter sp. X514 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Cioci, G. / Durand, J. / Veronese-Potocki, G. / Ladeveze, S.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Teth514_1788 1,2-beta-oligomannan phosphorylase in complex with mannose (-1) and phosphate
著者: Cioci, G. / Durand, J. / Veronese-Potocki, G. / Ladeveze, S.

履歴

登録	2024年9月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年9月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9gph.cif.gz	276.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9gph.ent.gz	214.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9gph.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9gph_validation.pdf.gz	3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9gph_full_validation.pdf.gz	3 MB	表示
XML形式データ	9gph_validation.xml.gz	43.7 KB	表示
CIF形式データ	9gph_validation.cif.gz	60.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gp/9gph ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gp/9gph	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9gqsC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#247 - 2020年7月ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein) 類似性 (1) #74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (1) #83 - 2006年11月フィブリン (Fibrin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 1,2-beta-oligomannan phosphorylase

B: 1,2-beta-oligomannan phosphorylase

C: 1,2-beta-oligomannan phosphorylase

D: 1,2-beta-oligomannan phosphorylase

ヘテロ分子

141 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.386, 67.570, 299.540
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A
3	2	A
4	2	A
5	3	A
6	3	A
7	4	A
8	4	A
9	5	A
10	5	A
11	6	A
12	6	A

NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	LYS	LYS	2 - 296	2 - 296
2	1	1	LYS	LYS	2 - 296	2 - 296
3	2	2	HIS	HIS	2 - 303	2 - 303
4	2	2	HIS	HIS	2 - 303	2 - 303
5	3	3	HIS	HIS	2 - 303	2 - 303
6	3	3	HIS	HIS	2 - 303	2 - 303
7	4	4	LYS	LYS	2 - 296	2 - 296
8	4	4	LYS	LYS	2 - 296	2 - 296
9	5	5	LYS	LYS	2 - 296	2 - 296
10	5	5	LYS	LYS	2 - 296	2 - 296
11	6	6	HIS	HIS	2 - 303	2 - 303
12	6	6	HIS	HIS	2 - 303	2 - 303

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12

#1: タンパク質

1,2-beta-oligomannan phosphorylase / 1 / 2-beta-oligomannan:phosphate alpha-D-mannosyltransferase

分子量: 34927.945 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Thermoanaerobacter sp. X514 (バクテリア)
遺伝子: Teth514_1788 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B0K2C2, 1,2-beta-oligomannan phosphorylase

#2: 化合物

ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION

分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#3: 糖

ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannose / D-mannose / mannose

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#4: 化合物

ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL

分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 809 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.6 %
結晶化	温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: to be retrieved

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.03987 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.03987 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→50.005 Å / Num. obs: 150586 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.6 % / CC_1/2: 0.971 / Net I/σ(I): 2
反射シェル	解像度: 1.7→1.79 Å / Num. unique obs: 20773 / CC_1/2: 0.731

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.7→50.005 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / SU B: 2.954 / SU ML: 0.09 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.108 / ESU R Free: 0.102 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2157	7453	4.954 %
R_work	0.1919	142981	-
all	0.193	-	-
obs	-	150434	99.349 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.233 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.513 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.785 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.298 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→50.005 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9752	0	96	809	10657

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	10116
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	9499
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.521	1.832	13704
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.532	1.782	21933
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.688	5	1200
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.495	5	60
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.735	10	1719
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.459	10	481
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	1443
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	11754
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2294
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.192	0.2	1479
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.189	0.2	8803
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	4735
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.086	0.2	5005
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.139	0.2	661
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.159	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.164	0.2	58
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.172	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.022	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.945	2.257	4809
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.944	2.257	4809
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.624	4.045	6006
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.624	4.046	6007
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.049	2.611	5307
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.048	2.611	5308
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.647	4.62	7698
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.647	4.62	7699
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.623	23.225	10901
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.553	22.886	10715
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.077	0.05	10015
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.081	0.05	10252
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.059	0.05	10397
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.065	0.05	10137
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.084	0.05	9892
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.082	0.05	10170

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07685	0.0501
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07685	0.0501
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08119	0.0501
2	4	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08119	0.0501
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05861	0.0501
3	6	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05861	0.0501
4	7	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06505	0.0501
4	8	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06505	0.0501
5	9	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08428	0.0501
5	10	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08428	0.0501
6	11	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08219	0.0501
6	12	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08219	0.0501

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.7-1.744	0.304	552	0.313	10420	0.312	11019	0.917	0.917	99.5735	0.315
1.744-1.792	0.29	529	0.284	10233	0.284	10806	0.929	0.935	99.5928	0.285
1.792-1.844	0.285	556	0.261	9937	0.263	10511	0.939	0.947	99.8288	0.259
1.844-1.9	0.26	476	0.241	9654	0.242	10159	0.952	0.956	99.7145	0.238
1.9-1.963	0.269	470	0.228	9427	0.23	9916	0.953	0.963	99.8084	0.225
1.963-2.031	0.254	466	0.222	9110	0.223	9613	0.956	0.966	99.6151	0.218
2.031-2.108	0.226	479	0.206	8703	0.207	9240	0.965	0.972	99.3723	0.204
2.108-2.194	0.228	370	0.201	8455	0.202	8897	0.965	0.974	99.1907	0.2
2.194-2.291	0.226	420	0.185	8083	0.187	8552	0.968	0.978	99.427	0.185
2.291-2.403	0.204	427	0.181	7783	0.183	8235	0.973	0.979	99.6964	0.184
2.403-2.532	0.224	396	0.182	7357	0.184	7771	0.965	0.979	99.7684	0.188
2.532-2.686	0.212	373	0.184	7019	0.185	7429	0.972	0.979	99.502	0.193
2.686-2.87	0.226	356	0.182	6572	0.185	6960	0.971	0.979	99.5402	0.195
2.87-3.1	0.191	327	0.182	6159	0.182	6527	0.976	0.98	99.3718	0.2
3.1-3.394	0.215	294	0.192	5683	0.193	6024	0.971	0.978	99.2198	0.212
3.394-3.793	0.211	247	0.19	5192	0.191	5487	0.975	0.98	99.1252	0.215
3.793-4.375	0.175	250	0.157	4518	0.158	4839	0.982	0.985	98.5328	0.188
4.375-5.348	0.156	213	0.141	3858	0.142	4161	0.987	0.99	97.8371	0.176
5.348-7.521	0.18	162	0.176	3034	0.176	3310	0.982	0.986	96.5559	0.21
7.521-50.005	0.249	90	0.171	1785	0.174	1954	0.971	0.983	95.957	0.206

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関連情報:EMDBヘッダ

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