PDB-9gp1: Jumonji domain-containing protein 2A with crystallization epitope...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9gp1

タイトル

Jumonji domain-containing protein 2A with crystallization epitope mutatios K330R:A334E

要素

Lysine-specific demethylase 4A

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Crystal Epitopes / Jumonji domain / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

[histone H3]-trimethyl-L-lysine36 demethylase / histone H3K36me2/H3K36me3 demethylase activity / apoptotic chromosome condensation / histone H4K20me2 reader activity / histone H3K36 demethylase activity / cardiac muscle hypertrophy in response to stress / [histone H3]-trimethyl-L-lysine9 demethylase / histone H3K9me2/H3K9me3 demethylase activity / histone H3K9 demethylase activity / negative regulation of astrocyte differentiation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.21 Å

データ登録者

Fairhead, M. / Strain-Damerell, C. / Ye, M. / Mackinnon, S.R. / Pinkas, D. / MacLean, E.M. / Koekemoer, L. / Damerell, D. / Krojer, T. / Arrowsmith, C.H. ...

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: A fast, parallel method for efficiently exploring crystallization behaviour of large numbers of protein variants
著者: Fairhead, M. / Strain-Damerell, C. / Ye, M. / Mackinnon, S.R. / Pinkas, D. / MacLean, E.M. / Koekemoer, L. / Damerell, D. / Krojer, T. / Yue, W. / Burgess-Brown, N. / Marsden, B. / von Delft, F.

履歴

登録	2024年9月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年10月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9gp1.cif.gz	308 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9gp1.ent.gz	240.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9gp1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9gp1_validation.pdf.gz	460.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9gp1_full_validation.pdf.gz	479.5 KB	表示
XML形式データ	9gp1_validation.xml.gz	63.9 KB	表示
CIF形式データ	9gp1_validation.cif.gz	84.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gp/9gp1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gp/9gp1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8ru1C 8ru5C 9gdkC 9gh3C 9giiC 9gleC 9gp4C 9h44C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (3) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #98 - 2008年2月低分子干渉RNA (Small Interfering RNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Lysine-specific demethylase 4A

B: Lysine-specific demethylase 4A

C: Lysine-specific demethylase 4A

D: Lysine-specific demethylase 4A

ヘテロ分子

168 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Lysine-specific demethylase 4A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
42.1 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Lysine-specific demethylase 4A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
42.1 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Lysine-specific demethylase 4A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
42.1 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Lysine-specific demethylase 4A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
42.1 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	57.03, 101.6, 141.43
Angle α, β, γ (deg.)	90, 99.38, 90
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	2	A
4	2	C
5	3	A
6	3	D
7	4	B
8	4	C
9	5	B
10	5	D
11	6	C
12	6	D

NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	PHE	PHE	A	A	9 - 354	9 - 354
2	1	1	PHE	PHE	B	B	9 - 354	9 - 354
3	2	2	PHE	PHE	A	A	9 - 354	9 - 354
4	2	2	PHE	PHE	C	C	9 - 354	9 - 354
5	3	3	PHE	PHE	A	A	9 - 354	9 - 354
6	3	3	PHE	PHE	D	D	9 - 354	9 - 354
7	4	4	LEU	LEU	B	B	9 - 355	9 - 355
8	4	4	LEU	LEU	C	C	9 - 355	9 - 355
9	5	5	PHE	PHE	B	B	9 - 354	9 - 354
10	5	5	PHE	PHE	D	D	9 - 354	9 - 354
11	6	6	PHE	PHE	C	C	9 - 354	9 - 354
12	6	6	PHE	PHE	D	D	9 - 354	9 - 354

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12

#1: タンパク質	Lysine-specific demethylase 4A / JmjC domain-containing histone demethylation protein 3A / Jumonji domain-containing protein 2A / ...JmjC domain-containing histone demethylation protein 3A / Jumonji domain-containing protein 2A / [histone H3]-trimethyl-L-lysine(36) demethylase 4A / [histone H3]-trimethyl-L-lysine(9) demethylase 4A 分子量: 41940.668 Da / 分子数: 4 / 変異: R913A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KDM4A, JHDM3A, JMJD2, JMJD2A, KIAA0677 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O75164, [histone H3]-trimethyl-L-lysine9 demethylase, [histone H3]-trimethyl-L-lysine36 demethylase
#2: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 537 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.96 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2M ammonium acetate, 25% PEG3350, 0.1M bis-tris pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.976 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年8月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.21→101.6 Å / Num. obs: 77812 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.4 % / CC_1/2: 0.993 / Net I/σ(I): 11.7
反射シェル	解像度: 2.21→2.27 Å / Num. unique obs: 5675 / CC_1/2: 0.606

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430 (refmacat 0.4.82)	精密化
autoPROC		データ削減
STARANISO		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.21→82.135 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.934 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.91 / SU B: 7.469 / SU ML: 0.186 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.319 / ESU R Free: 0.233 / 詳細: Hydrogens have not been used

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2589	3949	5.077 %
R_work	0.215	73839	-
all	0.217	-	-
obs	-	77788	97.613 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.601 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.098 Å²	0 Å²	-0.303 Å²
2-	-	-0.862 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.006 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.21→82.135 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11115	0	8	537	11660

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	11467
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.757	1.823	15600
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.015	5	1396
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.302	5	62
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.3	10	1765
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.508	10	533
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.129	0.2	1634
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	9076
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.218	0.2	5015
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.316	0.2	7851
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.205	0.2	682
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.237	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.352	0.2	91
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.246	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.814	4.195	5593
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.938	7.525	6986
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.491	4.269	5874
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.675	7.738	8614
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	10.106	45.125	17496
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.075	0.05	11000
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.083	0.05	10950
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.082	0.05	10904
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.075	0.05	11451
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.08	0.05	11421
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.059	0.05	11529

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07496	0.05009
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07496	0.05009
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08309	0.05009
2	4	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08309	0.05009
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08188	0.05009
3	6	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08188	0.05009
4	7	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.075	0.05009
4	8	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.075	0.05009
5	9	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08043	0.05009
5	10	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08043	0.05009
6	11	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05924	0.0501
6	12	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05924	0.0501

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.21-2.267	0.334	317	0.285	5353	0.288	5842	0.924	0.942	97.0558	0.267
2.267-2.329	0.341	255	0.267	5326	0.27	5688	0.922	0.951	98.1189	0.246
2.329-2.397	0.334	294	0.26	5142	0.264	5601	0.922	0.956	97.0541	0.236
2.397-2.471	0.261	253	0.225	5024	0.227	5415	0.954	0.967	97.4515	0.203
2.471-2.552	0.299	245	0.235	4899	0.238	5215	0.947	0.963	98.6385	0.21
2.552-2.641	0.316	272	0.236	4689	0.24	5073	0.936	0.963	97.7922	0.214
2.641-2.741	0.294	221	0.226	4550	0.23	4891	0.939	0.965	97.5465	0.204
2.741-2.852	0.321	242	0.229	4396	0.234	4754	0.934	0.966	97.5599	0.206
2.852-2.979	0.276	215	0.21	4236	0.213	4502	0.95	0.971	98.8672	0.191
2.979-3.124	0.269	225	0.216	3991	0.219	4293	0.953	0.969	98.2064	0.199
3.124-3.293	0.267	223	0.219	3798	0.222	4110	0.949	0.969	97.8345	0.209
3.293-3.492	0.242	181	0.222	3648	0.223	3923	0.963	0.972	97.6039	0.215
3.492-3.733	0.227	177	0.211	3389	0.212	3665	0.967	0.975	97.2988	0.206
3.733-4.032	0.242	184	0.199	3137	0.201	3413	0.961	0.975	97.3044	0.197
4.032-4.415	0.225	179	0.184	2884	0.187	3162	0.969	0.977	96.8691	0.186
4.415-4.935	0.223	141	0.179	2598	0.181	2827	0.965	0.977	96.8872	0.184
4.935-5.695	0.197	115	0.189	2370	0.19	2546	0.979	0.977	97.6041	0.193
5.695-6.966	0.284	95	0.221	1991	0.224	2138	0.958	0.973	97.5678	0.224
6.966-9.816	0.202	74	0.206	1540	0.206	1670	0.981	0.978	96.6467	0.216
9.816-82.135	0.228	41	0.223	878	0.223	961	0.962	0.97	95.6296	0.24

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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