[日本語] English
万見
- PDB-9gow: Crystal structure of phosphorylated human IRE1a in complex with IA107 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9gow
タイトルCrystal structure of phosphorylated human IRE1a in complex with IA107
要素Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1
キーワードTRANSFERASE / endoribonuclease / kinase / splicing / RNA cleavage / small-molecule inhibitor / RNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidyl-serine trans-autophosphorylation / mRNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation / AIP1-IRE1 complex / Ire1 complex / IRE1alpha activates chaperones / IRE1-TRAF2-ASK1 complex / insulin metabolic process / positive regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / platelet-derived growth factor receptor binding / IRE1-RACK1-PP2A complex ...peptidyl-serine trans-autophosphorylation / mRNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation / AIP1-IRE1 complex / Ire1 complex / IRE1alpha activates chaperones / IRE1-TRAF2-ASK1 complex / insulin metabolic process / positive regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / platelet-derived growth factor receptor binding / IRE1-RACK1-PP2A complex / nuclear inner membrane / endothelial cell proliferation / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / IRE1-mediated unfolded protein response / mRNA catabolic process / positive regulation of JUN kinase activity / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / cellular response to unfolded protein / regulation of macroautophagy / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / Hsp70 protein binding / RNA endonuclease activity / response to endoplasmic reticulum stress / positive regulation of RNA splicing / cellular response to glucose stimulus / Hsp90 protein binding / ADP binding / cellular response to hydrogen peroxide / unfolded protein binding / protein phosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / endoplasmic reticulum membrane / enzyme binding / magnesium ion binding / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / mitochondrion / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1/2-like / KEN domain / KEN domain superfamily / Ribonuclease 2-5A / KEN domain profile. / domain in protein kinases, N-glycanases and other nuclear proteins / Pyrrolo-quinoline quinone beta-propeller repeat / beta-propeller repeat / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site ...Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1/2-like / KEN domain / KEN domain superfamily / Ribonuclease 2-5A / KEN domain profile. / domain in protein kinases, N-glycanases and other nuclear proteins / Pyrrolo-quinoline quinone beta-propeller repeat / beta-propeller repeat / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Liu, Y. / Gasper, R. / Wu, P.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Max Planck SocietyCGCIII_2018_Wu ドイツ
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of phosphorylated human IRE1a in complex with IA107
著者: Liu, Y. / Gasper, R. / Wu, P.
履歴
登録2024年9月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年9月17日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1
B: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1
C: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1
D: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)200,5228
ポリマ－198,9784
非ポリマー1,5454
水00
1
A: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1
B: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,2614
ポリマ－99,4892
非ポリマー7722
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1
ヘテロ分子

C: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,2614
ポリマ－99,4892
非ポリマー7722
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_645x+1,y-1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)67.180, 77.500, 141.060
Angle α, β, γ (deg.)74.61, 78.09, 65.63
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1 / Endoplasmic reticulum-to-nucleus signaling 1 / Inositol-requiring protein 1 / hIRE1p / Ire1-alpha / IRE1a


分子量: 49744.379 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ERN1, IRE1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O75460, non-specific serine/threonine protein kinase, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ
#2: 化合物
ChemComp-A1IOO / 3-[5-bromanyl-2-methyl-1-(phenylcarbonyl)indol-3-yl]propanoic acid


分子量: 386.239 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H16BrNO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.82 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: 0.12 M NaCl, 0.05 M Bicine, 36 v/v% PEG300

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年4月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→47.91 Å / Num. obs: 45730 / % possible obs: 91.9 % / 冗長度: 3.8 % / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.205 / Rrim(I) all: 0.239 / Net I/σ(I): 6.14
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) allDiffraction-ID
3-3.082.2233970.2822.5761
3.08-3.161.6232710.4031.881
3.16-3.251.31531170.4881.5271
3.25-3.351.0630050.5931.2321
3.35-3.460.7628100.7560.8841
3.46-3.590.5325510.8490.6181
3.59-3.720.42321580.8970.4911
3.72-3.870.33225360.9260.3861
3.87-4.050.27927900.9530.3251
4.05-4.240.23926700.9520.2791
4.24-4.470.16925650.9780.1981
4.47-4.740.16123940.9730.1881
4.74-5.070.15122880.9760.1761
5.07-5.480.15920990.9760.1861
5.48-60.15219470.9770.1771
6-6.710.11517500.9860.1341
6.71-7.750.08715380.9880.1011
7.75-9.490.05813190.9930.0681
9.49-13.420.0489970.9950.0561
13.42-47.910.0525280.9940.0611

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487)精密化
XSCALEデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→47.91 Å / SU ML: 0.55 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.93 / 位相誤差: 33.77 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2807 2286 5 %
Rwork0.2312 --
obs0.2336 45708 91.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→47.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12263 0 96 0 12359
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00312665
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.55617120
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.9141718
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0421816
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042211
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.070.44841440.40332740X-RAY DIFFRACTION92
3.07-3.140.36371410.36572673X-RAY DIFFRACTION91
3.14-3.210.4041410.34262684X-RAY DIFFRACTION90
3.21-3.30.37051380.32212622X-RAY DIFFRACTION89
3.3-3.40.43151360.30362576X-RAY DIFFRACTION87
3.4-3.510.31051310.26712491X-RAY DIFFRACTION84
3.51-3.630.30971150.25692185X-RAY DIFFRACTION74
3.63-3.780.29621140.24742173X-RAY DIFFRACTION73
3.78-3.950.31181510.24482852X-RAY DIFFRACTION96
3.95-4.160.29671530.21852905X-RAY DIFFRACTION99
4.16-4.420.24291520.20062904X-RAY DIFFRACTION99
4.42-4.760.29111550.19792926X-RAY DIFFRACTION99
4.76-5.240.24121550.20012949X-RAY DIFFRACTION99
5.24-60.27511530.22262919X-RAY DIFFRACTION99
6-7.550.25671540.22162924X-RAY DIFFRACTION99
7.55-47.910.20081530.18532899X-RAY DIFFRACTION98

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る