PDB-9goj: Crystal structure of HpeI from Rhodococcus rhodochrous GD02

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9goj

タイトル

Crystal structure of HpeI from Rhodococcus rhodochrous GD02

要素

Phosphoenolpyruvate synthase

キーワード

TRANSFERASE / kinase / lignin

機能・相同性

機能・相同性情報

pyruvate, water dikinase / pyruvate, water dikinase activity / pyruvate metabolic process / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhodococcus rhodochrous (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.803 Å

データ登録者

Zahn, M. / Wheatley, E.J. / Grigg, J.C. / Eltis, L.D.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2025
タイトル: Characterization of a two-component kinase that initiates the bacterial catabolism of hydroxyphenylethanones.
著者: Dexter, G.N. / Grigg, J.C. / Zahn, M. / Wheatley, E.J. / Lian, J. / Mohn, W.W. / Eltis, L.D.

履歴

登録	2024年9月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年5月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年6月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9goj.cif.gz	170.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9goj.ent.gz	109.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9goj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/go/9goj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/go/9goj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #192 - 2015年12月バンコマイシン (Vancomycin) 類似性 (1) #187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Phosphoenolpyruvate synthase

42.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.902, 57.27, 67.118
Angle α, β, γ (deg.)	90, 99.591, 90
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Phosphoenolpyruvate synthase / Pyruvate / water dikinase 分子量: 42251.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rhodococcus rhodochrous (バクテリア) 遺伝子: KUM34_002985 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0AA46WYF7, pyruvate, water dikinase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.26 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 25% PEG 1500, 0.1 M PCTP (Sodium propionate, Sodium cacodylate trihydrate, Bis-Tris propane) pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年7月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.803→66.18 Å / Num. obs: 14742 / % possible obs: 90.7 % / 冗長度: 7 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.164 / R_pim(I) all: 0.067 / Net I/σ(I): 6.9
反射シェル	解像度: 1.803→1.972 Å / 冗長度: 7.2 % / R_merge(I) obs: 1.312 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 737 / CC_1/2: 0.642 / R_pim(I) all: 0.528 / % possible all: 66

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430 (refmacat 0.4.82)	精密化
autoPROC		データ削減
STARANISO		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.803→66.18 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.934 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.892 / SU B: 8.83 / SU ML: 0.135 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.432 / ESU R Free: 0.263 / 詳細: Hydrogens have not been used

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2552	715	4.85 %
R_work	0.2072	14027	-
all	0.21	-	-
obs	-	14742	46.353 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.712 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.256 Å²	0 Å²	0.07 Å²
2-	-	-0.057 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.274 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.803→66.18 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2541	0	0	88	2629

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	2612
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.778	1.82	3549
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.501	5	338
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.976	5	26
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.841	10	445
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.655	10	121
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.125	0.2	400
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2006
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.233	0.2	1168
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.304	0.2	1790
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.197	0.2	152
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.254	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.12	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.686	1.898	1328
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.751	3.398	1659
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.317	2.078	1284
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.656	3.703	1885
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.022	19.993	3962

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.803-1.85	0.358	2	0.206	42	0.217	2335	0.995	0.972	1.8844	0.202
1.85-1.901	0.503	7	0.264	195	0.271	2276	0.804	0.96	8.8752	0.255
1.901-1.956	0.246	17	0.267	337	0.266	2198	0.965	0.953	16.1056	0.258
1.956-2.016	0.325	25	0.238	438	0.242	2165	0.916	0.963	21.3857	0.227
2.016-2.082	0.277	22	0.253	519	0.254	2099	0.964	0.958	25.7742	0.233
2.082-2.155	0.409	31	0.238	591	0.246	2002	0.896	0.964	31.0689	0.218
2.155-2.236	0.326	22	0.229	675	0.232	1950	0.925	0.967	35.7436	0.206
2.236-2.327	0.276	44	0.211	730	0.215	1886	0.959	0.97	41.0392	0.187
2.327-2.431	0.28	49	0.214	782	0.218	1810	0.953	0.972	45.9116	0.193
2.431-2.549	0.25	36	0.216	847	0.217	1725	0.957	0.971	51.1884	0.184
2.549-2.687	0.352	59	0.226	891	0.233	1639	0.902	0.968	57.9622	0.206
2.687-2.85	0.325	55	0.228	937	0.234	1558	0.938	0.968	63.6714	0.205
2.85-3.046	0.268	58	0.248	990	0.249	1465	0.95	0.961	71.5358	0.226
3.046-3.289	0.26	42	0.229	1059	0.23	1349	0.951	0.967	81.616	0.214
3.289-3.602	0.248	63	0.218	1108	0.22	1270	0.954	0.972	92.2047	0.207
3.602-4.026	0.241	61	0.193	1070	0.195	1136	0.961	0.977	99.5599	0.189
4.026-4.646	0.211	54	0.167	960	0.17	1014	0.969	0.984	100	0.171
4.646-5.683	0.202	23	0.171	837	0.172	860	0.974	0.983	100	0.183
5.683-8.008	0.267	26	0.207	650	0.209	676	0.963	0.976	100	0.224
8.008-66.18	0.125	19	0.183	368	0.18	387	0.984	0.975	100	0.218

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 3.568 Å / Origin y: -0.3138 Å / Origin z: 13.4425 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0018 Å²	-0.0038 Å²	-0.0011 Å²	-	0.0283 Å²	-0.0099 Å²	-	-	0.0339 Å²
L	0.1141 °²	0.1549 °²	-0.0985 °²	-	0.7191 °²	-0.5713 °²	-	-	0.7986 °²
S	0.0124 Å °	-0.0082 Å °	-0.012 Å °	0.0245 Å °	-0.0458 Å °	-0.1182 Å °	-0.026 Å °	0.1292 Å °	0.0334 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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