PDB-9gof: MncA bound to nickel

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9gof

タイトル

MncA bound to nickel

要素

Sll1358 protein

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / Metalloenzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

oxalate metabolic process / outer membrane-bounded periplasmic space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Synechocystis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Glasfeld, A. / Robinson, N.J.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: A metal-trap tests and refines blueprints to engineer cellular protein metalation with different elements.
著者: Clough, S.E. / Young, T.R. / Tarrant, E. / Scott, A.J.P. / Chivers, P.T. / Glasfeld, A. / Robinson, N.J.

履歴

登録	2024年9月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年12月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年2月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9gof.cif.gz	524.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9gof.ent.gz	353.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9gof.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9gof_validation.pdf.gz	3.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9gof_full_validation.pdf.gz	3.6 MB	表示
XML形式データ	9gof_validation.xml.gz	52.4 KB	表示
CIF形式データ	9gof_validation.cif.gz	75.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/go/9gof ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/go/9gof	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2vqa
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#4 - 2000年4月コラーゲン (Collagen) 類似性 (1) #235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (1) #116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Sll1358 protein

B: Sll1358 protein

C: Sll1358 protein

ヘテロ分子

119 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, confirmed by mass photometry

単位格子

Length a, b, c (Å)	235.185, 235.185, 132.008
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22
Space group name Hall	P6₅2(x,y,z+1/12)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+5/6 #3: y,-x+y,z+1/6 #4: -y,x-y,z+2/3 #5: -x+y,-x,z+1/3 #6: x-y,-y,-z #7: -x,-x+y,-z+1/3 #8: -x,-y,z+1/2 #9: y,x,-z+2/3 #10: -y,-x,-z+1/6 #11: -x+y,y,-z+1/2 #12: x,x-y,-z+5/6

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-1412- HOH

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質	Sll1358 protein 分子量: 39517.234 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Signal sequence from native gene is deleted (residues 2-34) 由来: (組換発現) Synechocystis (バクテリア) / 遺伝子: sll1358 / プラスミド: pET29a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: P73510

#1: タンパク質

Sll1358 protein

分子量: 39517.234 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Signal sequence from native gene is deleted (residues 2-34)
由来: (組換発現)

Synechocystis (バクテリア) / 遺伝子: sll1358 / プラスミド: pET29a / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: P73510

-
非ポリマー , 5種, 959分子

#2: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GLY / GLYCINE / グリシンタイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₅NO₂
#4: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸分子量: 60.052 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₄O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 947 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: 10% PEG 8000, 0.1 M sodium acetate pH 4.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年3月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→80.63 Å / Num. obs: 280693 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 158 % / B_iso Wilson estimate: 22.24 Å² / CC_1/2: 1 / R_pim(I) all: 0.02 / R_rim(I) all: 0.267 / Net I/σ(I): 16.4
反射シェル	解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 100 % / Mean I/σ(I) obs: 0.54 / Num. unique obs: 15191 / CC_1/2: 0.63 / R_pim(I) all: 0.44 / R_rim(I) all: 4.58 / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER		位相決定
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.6→80.63 Å / SU ML: 0.2294 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.3829
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1766	14062	5.06 %
R_work	0.1636	263916	-
obs	0.1642	277978	99.85 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.81 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→80.63 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8242	0	45	947	9234

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0064	8598
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8672	11744
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0598	1261
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0078	1520
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.4474	1156

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.62	0.4204	443	0.4199	8521	X-RAY DIFFRACTION	97.81
1.62-1.64	0.4152	460	0.3894	8647	X-RAY DIFFRACTION	99.12
1.64-1.66	0.3613	443	0.338	8685	X-RAY DIFFRACTION	99.13
1.66-1.68	0.3143	465	0.2995	8681	X-RAY DIFFRACTION	99.8
1.68-1.7	0.282	502	0.2725	8698	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.7-1.72	0.2603	476	0.2413	8695	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.72-1.75	0.2262	444	0.2148	8763	X-RAY DIFFRACTION	100
1.75-1.77	0.2073	491	0.197	8718	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.77-1.8	0.2098	472	0.1811	8720	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.8-1.83	0.196	476	0.1635	8739	X-RAY DIFFRACTION	99.99
1.83-1.86	0.1754	474	0.1641	8748	X-RAY DIFFRACTION	100
1.86-1.9	0.1739	427	0.1605	8784	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9-1.93	0.1909	487	0.1683	8711	X-RAY DIFFRACTION	100
1.93-1.97	0.176	434	0.1738	8815	X-RAY DIFFRACTION	99.99
1.97-2.02	0.202	450	0.1797	8761	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.02-2.06	0.1708	469	0.1575	8778	X-RAY DIFFRACTION	99.99
2.06-2.11	0.1717	479	0.1485	8736	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.11-2.17	0.1614	467	0.1487	8805	X-RAY DIFFRACTION	100
2.17-2.24	0.1563	456	0.1508	8795	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.24-2.31	0.1838	453	0.1567	8805	X-RAY DIFFRACTION	100
2.31-2.39	0.1703	482	0.1538	8794	X-RAY DIFFRACTION	100
2.39-2.49	0.1756	473	0.1577	8803	X-RAY DIFFRACTION	100
2.49-2.6	0.1786	467	0.1625	8829	X-RAY DIFFRACTION	99.99
2.6-2.74	0.1968	488	0.1668	8834	X-RAY DIFFRACTION	100
2.74-2.91	0.1765	453	0.1631	8878	X-RAY DIFFRACTION	100
2.91-3.13	0.1755	491	0.1624	8875	X-RAY DIFFRACTION	100
3.13-3.45	0.1625	498	0.1584	8880	X-RAY DIFFRACTION	100
3.45-3.95	0.1699	472	0.1502	8968	X-RAY DIFFRACTION	100
3.95-4.97	0.1268	463	0.1198	9065	X-RAY DIFFRACTION	99.99
4.97-80.63	0.1432	507	0.1496	9385	X-RAY DIFFRACTION	99.78

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.06275592521	-0.943669820391	-0.136549980417	0.888030735734	-0.0137037789979	0.343703148921	0.0362934092203	0.0938459684998	0.244501431697	-0.00864235830246	-0.0412431595232	-0.0846056587127	-0.0695258338645	0.0529481934991	0.0114105311987	0.226992478512	-0.0386541876069	0.000546214281316	0.183320321009	0.0113160890506	0.229565919152	94.8730143349	-9.73101181236	7.38847076213
2	2.15997906415	0.2182201582	0.222363483604	0.693004988755	-0.239483747502	1.4600348467	0.0528770046639	-0.141187554255	0.0871349369949	0.0837204689822	-0.0447574936236	0.0161812339482	-0.0470743574579	0.00934046658808	-0.00595083357934	0.191995060026	-0.0134093824118	0.00630766838219	0.148934843252	-0.0108649764541	0.210639128189	73.6284871167	-15.6268727358	14.250750094
3	0.598844719778	-0.238768225024	0.257577670099	0.44346261064	-0.109256162264	0.483950022629	0.0307492199722	-0.0317994914646	0.0467972207705	0.00256447347359	-0.0188737679627	0.0665049345577	-0.0431590064074	-0.0052513394722	-0.0155989827739	0.210604439414	-0.0160691653458	0.00917867564859	0.171555788998	-0.00677682500358	0.245014864109	68.6032660793	-15.4961095004	9.93338688777
4	1.22099315307	-0.320391072147	0.0463684141114	0.178954364941	-0.109311549836	0.194567825327	0.0179144624649	-0.104616821001	0.150499095138	0.0499672678797	-0.00700126484035	-0.0168648459179	-0.050409081941	0.0682634313499	-0.0126425239473	0.20754991511	-0.0317947365933	-0.00857359819762	0.212385016424	-0.0100732950531	0.216200411393	98.049282498	-20.7730278722	16.3432747595
5	1.19799387127	-0.980293117889	0.00548558674376	0.629146466666	-0.24533219317	0.0375085525423	-0.0481370722346	-0.130881594129	0.0899196773947	0.0948332291251	0.0284712291666	-0.0590508586755	-0.0519841706667	0.0911043116196	-0.0108067871634	0.231008272736	-0.0288223074537	-0.0341549405421	0.291202068098	-0.00518582636433	0.228533289216	114.014409448	-29.3789358777	23.289577636
6	3.74818370285	1.50166497018	3.56816017149	1.44717993993	1.41529117636	3.92252270876	-0.0470529122521	0.345853834339	-0.0678516768541	-0.224884367809	0.0831756577765	-0.102498303472	-0.113441560521	0.354553392818	-0.0394986182603	0.239491242735	0.00162087505817	0.0387896218813	0.276909322661	0.0241548495196	0.172391294813	103.803902068	-45.3442341951	-25.0014877915
7	0.378484610301	0.0691233361758	0.383365279951	0.471802092364	-0.133206994798	1.50275771505	0.015558327185	0.0491268961385	0.0307873322114	-0.0255544023413	-0.0282710836007	-0.0133295197995	0.0115013368443	0.122166069276	0.0146284752869	0.181415973994	0.00317150647775	-0.00438297156619	0.233977528471	0.0108419780677	0.188625816126	110.50953204	-41.63413959	2.21554549394
8	0.409715342176	0.29184751048	0.183451726397	1.35459356205	0.516099077525	0.749434647152	0.0105148702366	-0.00298344828953	0.0431690551147	-0.0285465101587	0.0082339653229	-0.095156908486	-0.00733124087109	0.127552804313	-0.0205256139322	0.155394003262	-0.0107237641788	-0.00152615575728	0.234280442444	0.0149193037434	0.175496700367	111.7853882	-34.1197711924	9.12780193675
9	1.36370074228	0.322573069004	0.228691023277	0.951596843855	0.117348501142	0.650195511079	0.0434576539775	-0.171393019976	-0.00301646648977	0.138876442808	-0.0727708033985	-0.0401919252445	0.0327404861088	0.116855609528	0.0206908837741	0.175545324914	0.00107344880675	-0.0135288861216	0.223846599984	0.00840627010835	0.164347275646	114.481257199	-40.3349258782	15.5345846667
10	0.498390435957	0.0665795264325	0.308222507675	0.376814987398	0.11822939614	0.850443770501	0.0452145643312	0.0715111728217	-0.0363192851609	-0.0854835953354	-0.0287922361113	-0.017494717653	0.108003331921	0.131657383425	-0.0131260540693	0.212110595284	0.024027002072	0.00211945585408	0.200095196265	-0.00214101084699	0.173042712428	98.5618710908	-54.365732225	-11.71596325
11	0.645391328106	0.137408322192	0.307146311668	0.40441616214	0.0566306827998	0.367517099255	0.0666262570523	0.069708473706	-0.164171106021	-0.0939248042225	-0.0274536199964	0.0374842445273	0.0996301761858	0.0662229380704	-0.0547579459476	0.287058195118	0.0396745053989	-0.0171672086023	0.21778228925	-0.0261399900338	0.220264190406	86.4308647899	-64.0934582438	-24.1248636543
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14	0.669955541168	-0.428022644485	-0.348434150001	0.730596344288	0.26738308841	0.575937045226	0.0331369881372	0.0567436604979	-0.0409606803132	-0.0800664888579	-0.0463743817414	0.133260827806	0.0434822795277	-0.0339427918343	0.0188800300198	0.228163516254	0.000628831890038	-0.0363303213392	0.180023267153	-0.0118598894358	0.203344869361	74.5913433927	-50.9750230429	-19.9515528225
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16	-0.0770302956253	-0.69014502771	-0.406800562822	2.72722975709	1.93932714227	1.67227198668	0.0369073594456	0.0226638453377	0.0319246139991	-0.0805230808977	-0.112358621674	0.195063962093	-0.0719728349528	-0.134801852189	0.117076191384	0.209941897599	0.00320841752325	0.00080123876755	0.195125529504	-0.00632130407989	0.286837260958	54.6041079416	-15.6770998291	4.76526322313

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 39 through 92 )	A	A	39 - 92	1 - 54
2	2	chain 'A' and (resid 93 through 163 )	A	A	93 - 163	55 - 125
3	3	chain 'A' and (resid 164 through 256 )	A	A	164 - 256	126 - 218
4	4	chain 'A' and (resid 257 through 363 )	A	A	257 - 363	219 - 325
5	5	chain 'A' and (resid 364 through 1100 )	A	A - D	364 - 1100	326 - 359
6	6	chain 'B' and (resid 39 through 63 )	B	F	39 - 63	1 - 25
7	7	chain 'B' and (resid 64 through 134 )	B	F	64 - 134	26 - 96
8	8	chain 'B' and (resid 135 through 201 )	B	F	135 - 201	97 - 163
9	9	chain 'B' and (resid 202 through 235 )	B	F	202 - 235	164 - 197
10	10	chain 'B' and (resid 236 through 363 )	B	F	236 - 363	198 - 325
11	11	chain 'B' and (resid 364 through 1100 )	B	F - I	364 - 1100	326 - 359
12	12	chain 'C' and (resid 39 through 63 )	C	L	39 - 63	1 - 25
13	13	chain 'C' and (resid 64 through 134 )	C	L	64 - 134	26 - 96
14	14	chain 'C' and (resid 135 through 256 )	C	L	135 - 256	97 - 218
15	15	chain 'C' and (resid 257 through 363 )	C	L	257 - 363	219 - 325
16	16	chain 'C' and (resid 364 through 1100 )	C	L - O	364 - 1100	326 - 357

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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