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- PDB-9go1: C1C2 Channelrhodopsin - SMX Dark structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9go1
タイトルC1C2 Channelrhodopsin - SMX Dark structure
要素Archaeal-type opsin 1,Archaeal-type opsin 2
キーワードMEMBRANE PROTEIN / channelrhodopsin / dark
機能・相同性
機能・相同性情報


photoreceptor activity / phototransduction / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Bacteriorhodopsin-like protein / Archaeal/bacterial/fungal rhodopsins / Bacteriorhodopsin-like protein
類似検索 - ドメイン・相同性
(2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / RETINAL / Archaeal-type opsin 2 / Archaeal-type opsin 1
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.59 Å
データ登録者Mulder, M. / Weinert, T. / Skopintsev, P. / Bruenle, S. / Broser, M. / Hegemann, P. / Standfuss, J.
資金援助 スイス, European Union, 3件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation310030_197674 スイス
Swiss National Science Foundation310030_207462 スイス
Innosuisse42711.1 IP-LSEuropean Union
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2025
タイトル: Structural Insights Into the Opening Mechanism of C1C2 Channelrhodopsin.
著者: Mulder, M. / Hwang, S. / Broser, M. / Brunle, S. / Skopintsev, P. / Schattenberg, C. / Schnick, C. / Hartmann, S. / Church, J. / Schapiro, I. / Dworkowski, F. / Weinert, T. / Hegemann, P. / ...著者: Mulder, M. / Hwang, S. / Broser, M. / Brunle, S. / Skopintsev, P. / Schattenberg, C. / Schnick, C. / Hartmann, S. / Church, J. / Schapiro, I. / Dworkowski, F. / Weinert, T. / Hegemann, P. / Sun, H. / Standfuss, J.
履歴
登録2024年9月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Archaeal-type opsin 1,Archaeal-type opsin 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,93511
ポリマ－37,4421
非ポリマー3,49310
水23413
1
A: Archaeal-type opsin 1,Archaeal-type opsin 2
ヘテロ分子

A: Archaeal-type opsin 1,Archaeal-type opsin 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,87122
ポリマ－74,8842
非ポリマー6,98720
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area6140 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area26280 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)61.400, 141.700, 94.400
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2

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要素

#1: タンパク質 Archaeal-type opsin 1,Archaeal-type opsin 2 / Channelopsin-1 / Retinal binding protein / Sensory opsin B


分子量: 37441.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
遺伝子: acop1, cop4, acop2, CSOB, CHLRE_02g085257v5
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q93WP2, UniProt: Q8RUT8
#2: 化合物
ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol


分子量: 356.540 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#3: 化合物 ChemComp-RET / RETINAL


分子量: 284.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.82 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: 100 mM sodium citrate (pH 6.0), 30% PEG500DME, 100 mM MgCl2, 100 mM NaCl, and 100 mM (NH4)2SO4.

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月7日
放射モノクロメーター: Si-111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.59→70.85 Å / Num. obs: 8838 / % possible obs: 67.7 % / 冗長度: 415.94 % / CC star: 0.999 / R split: 0.06 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 2.59→2.69 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.05 / Num. unique obs: 1288 / CC star: 0.849 / R split: 0.87
Serial crystallography sample delivery手法: injection

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20_4459精密化
CrystFEL0.9.1データ削減
CrystFEL0.9.1.データスケーリング
PHENIX1.20_4459位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.59→70.85 Å / SU ML: 0.2925 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.8552
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2696 884 10 %
Rwork0.2114 7952 -
obs0.2171 8836 66.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 57.64 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.59→70.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2321 0 126 13 2460
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00462499
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.91933363
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0535371
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0035417
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.9305422
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.59-2.750.3509250.3251245X-RAY DIFFRACTION12.62
2.75-2.960.3137610.2929531X-RAY DIFFRACTION27.11
2.96-3.260.3631260.27041146X-RAY DIFFRACTION58.81
3.26-3.730.2882190.21761957X-RAY DIFFRACTION99.63
3.73-4.70.24632220.18111999X-RAY DIFFRACTION100
4.7-70.850.25632310.21272074X-RAY DIFFRACTION99.78
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.414046143198-0.1213619875210.07111596072640.0396207844912-0.01532025081810.0646154374888-0.0953775559794-0.103943142009-0.2221165564590.05987129938080.1268968305450.005944953055750.02188280382380.0207622362806-0.01596197035570.2065309868250.02596806478010.149238860540.201678731549-0.04384151743950.4383801402484.664946129413.9688064494619.5548052039
20.307864394053-0.004935323239010.4691766519990.0870776264746-0.09466943838580.81169763727-0.231199112677-0.144660151221-0.474638609318-0.0344934215317-0.19069660875-0.0934923445380.1743213564260.111720919632-0.2054350027760.416848554632-0.1015725585760.2899237832330.465604872682-0.09169640939940.75123675447322.203284125432.399910377813.9042612614
30.01198812023170.01882351580490.04078127600180.01779088512830.03891058329250.104935530059-0.1143993033670.02494903119410.158483832297-0.01541835932920.00247843219052-0.30690044846-0.1869630106590.234688311403-0.6175559911440.0994598205196-0.08955167255-0.03044136146320.2961807343570.06222345719880.34409198028512.619247169630.258266948221.3631579343
40.118135939003-0.0544387063710.1004563052410.0631690466959-0.1187940762860.2055278087460.08403924375550.0893313006736-0.0924219963378-0.06391284116290.03695846309880.07658425269750.135482701818-0.005176025424851.321952744290.0923872154042-0.0828817966274-0.06337327280130.123063974202-0.12076499347-0.183191978267-0.28652970054542.106688398514.6957205411
50.37309520194-0.008046814403140.140074958860.00413521221081-0.003642736008820.06408103383070.0281872132730.2164245707150.15041592725-0.1484245241170.0249733759207-0.0990786986945-0.2868647018080.154208541040.3243900073820.413476546255-0.2741142400750.1926209369120.06571398263550.02266221927590.17943084935211.314224668843.40045054418.44783994149
60.0316625004733-0.01372191162010.02117076588140.03188972032380.01171231949960.0232550115837-0.1438755001560.169858848884-0.0554056080174-0.1862738741090.1316284827370.248153881094-0.0510859348957-0.3288114262010.0002907993493290.823107987316-0.0049298209305-0.0765450951580.4552619496490.0324098874260.8010754189233.9925168224669.25320209116.93341810207
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 50 through 84 )50 - 841 - 35
22chain 'A' and (resid 85 through 109 )85 - 10936 - 60
33chain 'A' and (resid 110 through 156 )110 - 15661 - 101
44chain 'A' and (resid 157 through 241 )157 - 241102 - 186
55chain 'A' and (resid 242 through 317 )242 - 317187 - 262
66chain 'A' and (resid 318 through 352 )318 - 352263 - 294

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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