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万見
- PDB-9gnw: Universal PSII assembly intermediate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9gnw
タイトルUniversal PSII assembly intermediate
要素
  • (Cytochrome b559 subunit ...) x 2
  • (Photosystem II ...) x 15
  • PSII 6.1 kDa protein
  • PsbO
  • PsbP
キーワードPHOTOSYNTHESIS / Green alga / PSII / D.salina / membrane protein / Cryo-EM / assembly intermediate / water-ferricyanide oxidoreductase.
機能・相同性
機能・相同性情報


chloroplast thylakoid / photosystem II oxygen evolving complex / photosystem II assembly / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II reaction center / photosystem II / photosynthetic electron transport chain / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / response to herbicide ...chloroplast thylakoid / photosystem II oxygen evolving complex / photosystem II assembly / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II reaction center / photosystem II / photosynthetic electron transport chain / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / response to herbicide / photosystem II / extrinsic component of membrane / photosynthetic electron transport in photosystem II / chlorophyll binding / phosphate ion binding / photosynthesis, light reaction / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis / electron transfer activity / protein stabilization / iron ion binding / heme binding / calcium ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
PsbP, C-terminal / PsbP / Mog1/PsbP, alpha/beta/alpha sandwich / Photosystem II PsbW, class 2 / Photosystem II reaction centre W protein (PsbW) / Photosystem II PsbJ / Photosystem II PsbJ superfamily / PsbJ / Photosystem II PsbO, manganese-stabilising / Manganese-stabilising protein / photosystem II polypeptide ...PsbP, C-terminal / PsbP / Mog1/PsbP, alpha/beta/alpha sandwich / Photosystem II PsbW, class 2 / Photosystem II reaction centre W protein (PsbW) / Photosystem II PsbJ / Photosystem II PsbJ superfamily / PsbJ / Photosystem II PsbO, manganese-stabilising / Manganese-stabilising protein / photosystem II polypeptide / Photosystem II reaction centre protein Ycf12 / Photosystem II complex subunit Ycf12 / Photosystem II reaction centre M protein (PsbM) / Photosystem II PsbM superfamily / Photosystem II PsbM / Photosystem II PsbZ, reaction centre / Photosystem II PsbZ superfamily / YCF9 / Photosystem II PsbX / Photosystem II reaction centre X protein (PsbX) / Photosystem II PsbT / Photosystem II PsbL / Photosystem II PsbL superfamily / Photosystem II PsbT superfamily / Photosystem II reaction centre T protein / PsbL protein / Photosystem II PsbK / Photosystem II CP43 reaction centre protein / Photosystem II PsbK superfamily / Photosystem II CP43 reaction centre protein superfamily / Photosystem II 4 kDa reaction centre component / Photosystem II PsbI / Photosystem II CP47 reaction centre protein / Photosystem II PsbI superfamily / Photosystem II reaction centre I protein (PSII 4.8 kDa protein) / Photosystem II protein D1 / Photosystem II reaction centre protein H / Photosystem II D2 protein / Photosystem II cytochrome b559, conserved site / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit / Photosystem II cytochrome b559, beta subunit / Photosystem II cytochrome b559, N-terminal / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit, lumenal region / Photosystem II reaction centre protein H superfamily / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit superfamily / Cytochrome b559, alpha (gene psbE) and beta (gene psbF)subunits / Lumenal portion of Cytochrome b559, alpha (gene psbE) subunit / Photosystem II 10 kDa phosphoprotein / Cytochrome b559 subunits heme-binding site signature. / : / Photosystem antenna protein-like / Photosystem antenna protein-like superfamily / Photosystem II protein / Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel / : / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / BETA-CAROTENE / BICARBONATE ION / Chem-C7Z / CHLOROPHYLL A / DIACYL GLYCEROL / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / : / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE ...1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / BETA-CAROTENE / BICARBONATE ION / Chem-C7Z / CHLOROPHYLL A / DIACYL GLYCEROL / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / : / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / CA-MN4-O5 CLUSTER / PHEOPHYTIN A / Chem-PL9 / (3R)-beta,beta-caroten-3-ol / Chem-SQD / Photosystem II D2 protein / Photosystem II CP47 reaction center protein / Photosystem II reaction center protein J / Photosystem II reaction center protein H / Cytochrome b559 subunit beta / Uncharacterized protein / Photosystem II PsbX / Oxygen-evolving enhancer protein 2, chloroplastic / PSII 6.1 kDa protein / Photosystem II reaction center protein K / Photosystem II reaction center protein I / Photosystem II CP43 reaction center protein / Photosystem II reaction center protein Z / Photosystem II reaction center protein M / Cytochrome b559 subunit alpha / Photosystem II reaction center protein T / Photosystem II protein D1 / Photosystem II reaction center protein Psb30 / Photosystem II reaction center protein L
類似検索 - 構成要素
生物種Dunaliella salina (しおひげむし)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.93 Å
データ登録者Fadeeva, M. / Klaiman, D. / Nelson, N.
資金援助 イスラエル, 1件
組織認可番号国
Israel Science Foundation199/21 イスラエル
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Universal PSII assembly intermediate
著者: Fadeeva, M. / Klaiman, D. / Nelson, N.
履歴
登録2024年9月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年9月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月17日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月17日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月17日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月17日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月17日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月17日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Photosystem II protein D1
B: Photosystem II CP47 reaction center protein
V: Photosystem II reaction center protein Psb30
C: Photosystem II CP43 reaction center protein
D: Photosystem II D2 protein
E: Cytochrome b559 subunit alpha
F: Cytochrome b559 subunit beta
H: Photosystem II reaction center protein H
I: Photosystem II reaction center protein I
J: Photosystem II reaction center protein J
K: Photosystem II reaction center protein K
L: Photosystem II reaction center protein L
M: Photosystem II reaction center protein M
O: PsbO
P: PsbP
T: Photosystem II reaction center protein T
W: PSII 6.1 kDa protein
X: Photosystem II PsbX
Z: Photosystem II reaction center protein Z
U: Photosystem II reaction center protein U, PsbU
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)345,79997
ポリマ－288,31120
非ポリマー57,48877
水19811
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

-
Photosystem II ... , 15種, 15分子 ABVCDHIJKLMTXZU

#1: タンパク質 Photosystem II protein D1 / PSII D1 protein / Photosystem II Q(B) protein


分子量: 37291.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし) / 器官: chloroplast / 参照: UniProt: D0FY08, photosystem II
#2: タンパク質 Photosystem II CP47 reaction center protein / PSII 47 kDa protein / Protein CP-47


分子量: 53321.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし) / 器官: chloroplast / 参照: UniProt: A0A1C8XRM6
#3: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein Psb30 / Photosystem II reaction center protein Ycf12


分子量: 3349.144 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし) / 器官: chloroplast / 参照: UniProt: D0FY13
#4: タンパク質 Photosystem II CP43 reaction center protein / PSII 43 kDa protein / Protein CP-43


分子量: 49128.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし) / 器官: chloroplast / 参照: UniProt: D0FXY3
#5: タンパク質 Photosystem II D2 protein / PSII D2 protein / Photosystem Q(A) protein


分子量: 38965.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし) / 器官: chloroplast / 参照: UniProt: A0A1C8XRK9, photosystem II
#8: タンパク質 Photosystem II reaction center protein H / PSII-H / PsbH


分子量: 7124.381 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし) / 器官: chloroplast / 参照: UniProt: A0A1C8XRP3
#9: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein I / PSII-I / PSII 4.8 kDa protein


分子量: 3743.417 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし) / 器官: chloroplast / 参照: UniProt: D0FXX5
#10: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein J / PSII-J


分子量: 3725.447 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし) / 器官: chloroplast / 参照: UniProt: A0A1C8XRM8
#11: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein K / PSII-K / PsbK


分子量: 4159.991 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし) / 器官: chloroplast / 参照: UniProt: D0FXX2
#12: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein L / PSII-L


分子量: 4214.929 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし) / 器官: chloroplast / 参照: UniProt: D0FY19
#13: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein M / PSII-M


分子量: 3320.033 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし) / 器官: chloroplast / 参照: UniProt: D0FXZ3
#16: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein T / PSII-T / PsbT


分子量: 3478.194 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし) / 器官: chloroplast / 参照: UniProt: D0FY04
#18: タンパク質・ペプチド Photosystem II PsbX


分子量: 3202.762 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし) / 器官: chloroplast / 参照: UniProt: A0A7S3VKF3
#19: タンパク質 Photosystem II reaction center protein Z / PSII-Z / PsbZ


分子量: 6430.616 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし) / 器官: chloroplast / 参照: UniProt: D0FXZ2
#20: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein U, PsbU


分子量: 3377.869 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし) / 器官: chloroplast

-
Cytochrome b559 subunit ... , 2種, 2分子 EF

#6: タンパク質 Cytochrome b559 subunit alpha / PSII reaction center subunit V


分子量: 8743.847 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし) / 器官: chloroplast / 参照: UniProt: D0FY01
#7: タンパク質・ペプチド Cytochrome b559 subunit beta / PSII reaction center subunit VI


分子量: 3549.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし) / 器官: chloroplast / 参照: UniProt: A0A1C8XRP4

-
タンパク質 , 2種, 2分子 OP

#14: タンパク質 PsbO


分子量: 25874.908 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし) / 器官: chloroplast / 参照: UniProt: A0A7S3QTM3
#15: タンパク質 PsbP


分子量: 20553.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし) / 器官: chloroplast / 参照: UniProt: A0A9J4RF14

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 W

#17: タンパク質・ペプチド PSII 6.1 kDa protein


分子量: 4755.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし) / 器官: chloroplast / 参照: UniProt: A0A9J4RF15

-
糖 , 2種, 5分子

#33: 糖
ChemComp-DGD / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)


タイプ: saccharide / 分子量: 949.299 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H96O15
#39: 糖 ChemComp-LMU / DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 18種, 83分子

#21: 化合物 ChemComp-OEX / CA-MN4-O5 CLUSTER


分子量: 339.827 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CaMn4O5
#22: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#23: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#24: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#25: 化合物 ChemComp-PHO / PHEOPHYTIN A


分子量: 871.200 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H74N4O5
#26: 化合物
ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE


分子量: 536.873 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56
#27: 化合物 ChemComp-SQD / 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / SULFOQUINOVOSYLDIACYLGLYCEROL


分子量: 795.116 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H78O12S
#28: 化合物
ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O10
#29: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#30: 化合物 ChemComp-BCT / BICARBONATE ION


分子量: 61.017 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO3
#31: 化合物
ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE


分子量: 722.970 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / コメント: リン脂質*YM
#32: 化合物 ChemComp-C7Z / (1~{S})-3,5,5-trimethyl-4-[(1~{E},3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(4~{S})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaenyl]cyclohex-3-en-1-ol


分子量: 568.871 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O2
#34: 化合物 ChemComp-3PH / 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / PHOSPHATIDIC ACID


分子量: 704.998 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H77O8P
#35: 化合物 ChemComp-DGA / DIACYL GLYCEROL


分子量: 625.018 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H76O5
#36: 化合物 ChemComp-PL9 / 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE / PLASTOQUINONE 9


分子量: 749.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C53H80O2
#37: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#38: 化合物 ChemComp-RRX / (3R)-beta,beta-caroten-3-ol / beta-Cryptoxanthin


分子量: 552.872 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O
#40: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Photosystem II / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#20 / 由来: NATURAL
分子量値: 0.35 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Dunaliella salina (しおひげむし)
緩衝液pH: 6.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2250 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 750 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 29916

-
解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION4.0.0粒子像選択
4CTFFIND4.1CTF補正
10RELION4.0.0初期オイラー角割当
11RELION4.0.0最終オイラー角割当
12RELION4.0.0分類
13RELION4.0.0３次元再構成
CTF補正タイプ: NONE
粒子像の選択選択した粒子像数: 5349698
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.93 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 118340 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 2 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00525118
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.16734549
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d18.5359476
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0443474
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0064167

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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