PDB-9gnu: Tubulin in complex with a dioxane analog of zampanolide

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9gnu

タイトル

Tubulin in complex with a dioxane analog of zampanolide

要素

Stathmin-4
Tubulin alpha-1B chain
Tubulin beta-2B chain
Tubulin tyrosine ligase

キーワード

CELL CYCLE / tubulin / zampanolide / microtubule stabilizing agent

機能・相同性

機能・相同性情報

tubulin-tyrosine ligase / regulation of metaphase plate congression / tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / microtubule-based process / cytoplasmic microtubule / cellular response to interleukin-4 / tubulin binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

Gallus gallus (ニワトリ)

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Oliva, M.A. / Diaz, J.F. / Altmann, K.H.

資金援助

スペイン, 3件

組織	認可番号	国
Ministerio de Ciencia e Innovacion (MCIN)	CNS2023-145079	スペイン
Ministerio de Ciencia e Innovacion (MCIN)	PID2021-123399OB-I00	スペイン
Ministerio de Ciencia e Innovacion (MCIN)	PID2022-136765OB-I00	スペイン

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Tubulin in complex with a dioxane analog of zampanolide
著者: Oliva, M.A. / Diaz, J.F. / Altmann, K.H.

履歴

登録	2024年9月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年9月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9gnu.cif.gz	2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9gnu.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9gnu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9gnu_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9gnu_full_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示
XML形式データ	9gnu_validation.xml.gz	72.9 KB	表示
CIF形式データ	9gnu_validation.cif.gz	95.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gn/9gnu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gn/9gnu	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#175 - 2014年7月微小管 (Microtubules) 類似性 (28) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (19) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (19) #118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#175 - 2014年7月
微小管 (Microtubules)
類似性 (28)
#176 - 2014年8月
ダイニン (Dynein)
類似性 (19)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (19)
#118 - 2009年10月
ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Tubulin alpha-1B chain

B: Tubulin beta-2B chain

C: Tubulin alpha-1B chain

D: Tubulin beta-2B chain

E: Stathmin-4

F: Tubulin tyrosine ligase

ヘテロ分子

271 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	105.197, 159.166, 178.367
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A
3	2	A
4	2	A

NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: ARG / Beg label comp-ID: ARG / End auth comp-ID: ASP / End label comp-ID: ASP / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 2 - 438 / Label seq-ID: 2 - 438

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID
1	1	1
2	1	1
3	2	2
4	2	2

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4

-
タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

#1: タンパク質	Tubulin alpha-1B chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Tubulin alpha-ubiquitous chain 分子量: 50204.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P81947
#2: タンパク質	Tubulin beta-2B chain 分子量: 49999.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q6B856
#3: タンパク質	Stathmin-4 / Stathmin-like protein B3 / RB3 分子量: 22125.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Stmn4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63043
#4: タンパク質	Tubulin tyrosine ligase 分子量: 44378.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: TTL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A8V0Z8P0

-
非ポリマー , 10種, 901分子

#5: 化合物	ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE 分子量: 523.180 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION 分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#9: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#10: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#11: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID 分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#12: 化合物	ChemComp-A1IND / (2Z,4E)-N-((S)-((1R,2E,5S,8E,10Z,14E,17S)-3,11-dimethyl-7,13-dioxo-6,19,21-trioxabicyclo[15.3.1]henicosa-2,8,10,14-tetraen-5-yl)(hydroxy)methyl)hexa-2,4-dienamide / (2~{Z},4~{E})-~{N}-[(~{S})-[(1~{R},2~{E},5~{S},8~{E},10~{Z},17~{S})-3,11-dimethyl-7,13-bis(oxidanylidene)-6,19,21-trioxabicyclo[15.3.1]henicosa-2,8,10,14-tetraen-5-yl]-oxidanyl-methyl]hexa-2,4-dienamide 分子量: 485.569 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₅NO₇ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#13: 化合物	ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE 分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₈N₅O₁₂P₃ コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#14: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 880 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.03 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 0.1 M Mes / 0.1 M Imidazole pH 6.5, 0.03 M CaCl2 / 0.03 M MgCl2, 5 mM L-Tyrosine, 8 % glycerol, 5.5 % PEG4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97926 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→48.14 Å / Num. obs: 151850 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.5 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.081 / R_pim(I) all: 0.027 / R_rim(I) all: 0.086 / Net I/σ(I): 16.6
反射シェル	解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 9.6 % / R_merge(I) obs: 1.163 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 7406 / CC_1/2: 0.699 / R_pim(I) all: 0.391 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.2→48.139 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / SU B: 10.301 / SU ML: 0.128 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.189 / ESU R Free: 0.165
詳細: Hydrogens have been used if present in the input file

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2061	7610	5.015 %
R_work	0.1639	144149	-
all	0.166	-	-
obs	-	151759	99.853 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 52.554 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.639 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.79 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.849 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→48.139 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17040	0	265	880	18185

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.012	18047
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	16606
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.344	1.837	24540
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.868	1.759	38328
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.988	5	2217
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	12.649	5	137
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	12.085	5	29
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.233	10	3033
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.397	10	865
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.114	0.2	2682
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	21453
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	4202
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.238	0.2	3692
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.195	0.2	15469
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.189	0.2	8814
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.087	0.2	10124
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.196	0.2	872
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.06	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.186	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.179	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.179	0.2	59
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.208	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.281	2.535	8802
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.281	2.535	8802
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.41	4.536	11053
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.411	4.533	11042
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.397	3.102	9245
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.397	3.102	9245
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.744	5.425	13481
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.744	5.425	13482
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.425	26.743	20212
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.441	26.02	20013
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.135	0.05	13492
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.116	0.05	13735

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13544	0.05007
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13544	0.05007
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11584	0.05008
2	4	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11584	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.2-2.257	0.281	566	0.263	10482	0.264	11088	0.955	0.962	99.6393	0.241
2.257-2.319	0.275	544	0.238	10246	0.24	10823	0.96	0.969	99.6951	0.213
2.319-2.386	0.263	491	0.206	10047	0.209	10573	0.963	0.977	99.669	0.179
2.386-2.459	0.234	509	0.191	9675	0.193	10218	0.969	0.98	99.6673	0.163
2.459-2.539	0.222	518	0.166	9407	0.169	9941	0.972	0.985	99.8391	0.141
2.539-2.628	0.235	496	0.165	9132	0.168	9645	0.967	0.984	99.8237	0.141
2.628-2.727	0.212	468	0.158	8793	0.161	9273	0.974	0.985	99.8706	0.136
2.727-2.838	0.211	504	0.157	8466	0.16	8975	0.974	0.986	99.9443	0.136
2.838-2.964	0.203	417	0.156	8143	0.158	8566	0.973	0.986	99.93	0.139
2.964-3.108	0.21	398	0.161	7830	0.163	8229	0.973	0.986	99.9878	0.146
3.108-3.275	0.212	402	0.164	7440	0.167	7844	0.976	0.986	99.9745	0.153
3.275-3.473	0.21	384	0.172	7054	0.174	7438	0.974	0.986	100	0.164
3.473-3.711	0.202	331	0.171	6650	0.173	6982	0.977	0.987	99.9857	0.163
3.711-4.007	0.186	309	0.15	6230	0.152	6539	0.982	0.989	100	0.145
4.007-4.386	0.17	304	0.13	5739	0.132	6043	0.983	0.99	100	0.125
4.386-4.899	0.151	248	0.114	5231	0.116	5479	0.988	0.993	100	0.111
4.899-5.647	0.173	247	0.146	4612	0.147	4859	0.985	0.99	100	0.143
5.647-6.893	0.238	208	0.187	3979	0.19	4187	0.973	0.984	100	0.181
6.893-9.649	0.202	172	0.152	3113	0.154	3285	0.98	0.988	100	0.149
9.649-48.139	0.267	94	0.24	1881	0.242	1975	0.929	0.939	100	0.233

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9911	-0.0261	-0.332	2.2872	-0.7439	1.5175	0.0596	0.0339	0.1012	-0.1138	0.0039	-0.085	-0.1872	-0.0251	-0.0635	0.1435	-0.0043	0.0338	0.1883	0.1068	0.1284	-25.5792	83.9633	-60.5558
2	1.1761	0.3158	0.0656	1.7771	-0.9907	2.1837	-0.0138	0.0707	0.1847	-0.0304	-0.1008	-0.2175	-0.3199	0.2129	0.1146	0.0829	-0.0202	-0.0013	0.233	0.1106	0.1791	-16.4142	57.461	-29.175
3	1.0595	0.2067	0.1681	1.3493	-0.4787	1.3192	-0.0174	-0.0444	0.078	0.0129	0.042	-0.0869	-0.0648	0.0431	-0.0246	0.0075	0.0212	0.0076	0.1444	0.0386	0.0738	-13.3979	29.3904	3.7582
4	1.6265	-0.0754	-0.322	1.1943	-0.1131	1.6289	-0.0728	-0.3032	-0.0637	0.229	0.1254	0.081	0.096	-0.0731	-0.0526	0.1891	0.0278	0.0003	0.2686	0.14	0.1222	-17.5165	-1.2409	32.3552
5	0.2036	0.2355	-0.2118	2.3006	-2.2715	2.5621	-0.0054	-0.0325	-0.0291	-0.2433	0.2581	0.2777	0.2653	-0.3587	-0.2527	0.1396	0.0175	0.0307	0.3616	0.1131	0.2913	-39.9427	41.8867	-19.0513
6	1.0865	-0.0839	-1.1115	1.0257	0.2271	2.8767	-0.1298	0.0683	-0.3428	-0.0489	0.12	0.163	0.4919	-0.1784	0.0098	0.3679	-0.0173	0.016	0.1961	0.0046	0.3231	-4.4727	57.3773	-91.2589

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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