PDB-9gnf: A novel aminotransferase from Streptomyces sp. Gabaculine complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9gnf

タイトル

A novel aminotransferase from Streptomyces sp. Gabaculine complex

要素

Streptomyces aminotransferase

キーワード

TRANSFERASE / Aminotransferase / SBV333

機能・相同性

DI(HYDROXYETHYL)ETHER / 3-[O-PHOSPHONOPYRIDOXYL]--AMINO-BENZOIC ACID

機能・相同性情報

生物種

Streptomyces sp. BV333 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.31 Å

データ登録者

De Rose, S.A. / Isupov, M.N. / Patti, S.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: a novel aminotransferase from Streptomyces sp.
著者: De Rose, S.A. / Isupov, M.N. / Patti, S.

履歴

登録	2024年9月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年9月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9gnf.cif.gz	231.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9gnf.ent.gz	178.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9gnf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9gnf_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9gnf_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	9gnf_validation.xml.gz	55.2 KB	表示
CIF形式データ	9gnf_validation.cif.gz	80.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gn/9gnf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gn/9gnf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9gh9
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Streptomyces aminotransferase

B: Streptomyces aminotransferase

ヘテロ分子

105 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.463, 177.253, 112.359
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-871- HOH
2	1	A-989- HOH
3	1	A-1043- HOH
4	1	B-613- HOH
5	1	B-876- HOH
6	1	B-1106- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: HIS / End label comp-ID: HIS / Auth seq-ID: 9 - 461 / Label seq-ID: 9 - 461

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Streptomyces aminotransferase 分子量: 51317.695 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces sp. BV333 (バクテリア) プラスミド: pETITE / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: aspartate transaminase

-
非ポリマー , 6種, 1102分子

#2: 化合物	ChemComp-PXG / 3-[O-PHOSPHONOPYRIDOXYL]--AMINO-BENZOIC ACID 分子量: 368.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₇N₂O₇P
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER 分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION 分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1081 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.52 %
結晶化	温度: 292.15 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M Potassium thiocynate 0.1 M Bis_tris propane 6.5 20% w/v PEG 3350 1 mM PLP

-
データ収集

回折	平均測定温度: 113.15 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.31→69.59 Å / Num. obs: 237241 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 5 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 16.4
反射シェル	解像度: 1.31→1.344 Å / 冗長度: 13.3 % / Num. unique obs: 15399 / CC_1/2: 1 / % possible all: 92.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430 (refmacat 0.4.77)	精密化
xia2		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.31→69.585 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.979 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.975 / SU B: 1.341 / SU ML: 0.05 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.047 / ESU R Free: 0.049 / 詳細: Hydrogens have not been used

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.185	11569	4.88 %
R_work	0.1646	225478	-
all	0.166	-	-
obs	-	237047	99.303 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.223 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.007 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-1.219 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.227 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.31→69.585 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7090	0	123	1081	8294

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.012	7894
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.014	1.841	10809
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.305	5	1048
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.599	5	53
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.88	10	1266
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.228	10	384
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.129	0.2	1157
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	6240
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.223	0.2	4013
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.323	0.2	5291
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.16	0.2	906
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.21	0.2	551
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.173	0.2	150
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.069	2.027	3790
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.049	3.636	4773
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.159	2.344	4104
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.488	4.157	5963
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.895	29.673	13192
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.083	0.05	15783

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08307	0.05009
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08307	0.05009

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.31-1.344	0.399	800	0.375	15399	0.376	17551	0.873	0.881	92.2967	0.382
1.344-1.381	0.335	770	0.343	16028	0.342	17088	0.847	0.851	98.3029	0.344
1.381-1.421	0.323	835	0.315	15742	0.316	16584	0.907	0.907	99.9578	0.314
1.421-1.465	0.274	870	0.276	15310	0.276	16180	0.93	0.929	100	0.269
1.465-1.513	0.238	695	0.239	14940	0.239	15635	0.955	0.954	100	0.225
1.513-1.566	0.235	696	0.218	14495	0.218	15192	0.961	0.966	99.9934	0.196
1.566-1.625	0.219	730	0.201	13886	0.202	14617	0.968	0.973	99.9932	0.176
1.625-1.691	0.201	708	0.181	13381	0.182	14089	0.974	0.979	100	0.153
1.691-1.766	0.213	687	0.172	12868	0.174	13555	0.971	0.981	100	0.144
1.766-1.852	0.193	640	0.162	12292	0.164	12933	0.976	0.983	99.9923	0.136
1.852-1.952	0.191	622	0.164	11663	0.165	12285	0.976	0.983	100	0.139
1.952-2.071	0.198	546	0.161	11124	0.163	11670	0.977	0.985	100	0.143
2.071-2.214	0.182	529	0.158	10494	0.159	11023	0.982	0.987	100	0.142
2.214-2.391	0.182	467	0.154	9759	0.156	10226	0.98	0.987	100	0.137
2.391-2.619	0.168	466	0.143	8980	0.144	9446	0.982	0.988	100	0.128
2.619-2.927	0.167	359	0.139	8200	0.14	8559	0.983	0.988	100	0.127
2.927-3.379	0.152	430	0.134	7163	0.135	7593	0.985	0.989	100	0.127
3.379-4.136	0.144	308	0.116	6124	0.118	6432	0.988	0.992	100	0.115
4.136-5.839	0.124	271	0.115	4800	0.115	5071	0.992	0.993	100	0.121
5.839-69.585	0.223	137	0.206	2773	0.207	2910	0.978	0.971	100	0.215

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