PDB-9gn3: The 3D structure of MsrR from Streptococcus pneumoniae

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9gn3

タイトル

The 3D structure of MsrR from Streptococcus pneumoniae

要素

Regulatory protein MsrR

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / S.pneumoniae / LCP / Psr / cell wall teichoic acid / capsular polysaccharide / protein dynamics

機能・相同性

: / Cell envelope-related transcriptional attenuator domain / LytR_cpsA_psr family / plasma membrane / Regulatory protein MsrR

機能・相同性情報

生物種

Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Moche, M. / Sala, B.M. / Sandalova, T. / Achour, A.

資金援助

スウェーデン, 1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: The 3D structure of MsrR from Streptococcus pneumoniae
著者: Moche, M. / Sala, B.M. / Sandalova, T. / Achour, A.

履歴

登録	2024年8月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年2月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9gn3.cif.gz	360.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9gn3.ent.gz	296 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9gn3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gn/9gn3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gn/9gn3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Regulatory protein MsrR

B: Regulatory protein MsrR

C: Regulatory protein MsrR

102 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: Each protein chain in the asymmetric unit forms a stable trimer around the 3-fold axis of the P3 2 1 space group, according to PISA server...

単位格子

Length a, b, c (Å)	130.631, 130.631, 100.582
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	150
Space group name H-M	P321

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-557- HOH
2	1	B-574- HOH
3	1	C-565- HOH
4	1	C-569- HOH

#1: タンパク質	Regulatory protein MsrR 分子量: 34052.141 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Construct has a C-terminal HisTag 由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌) 遺伝子: spr1226 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8DPD6
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 226 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.28 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.8 / 詳細: 25mM NaPhosphate pH 6.8 100mM NaCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.976323 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976323 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→46 Å / Num. obs: 34775 / % possible obs: 64.2 % / 冗長度: 9.9 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.114 / R_pim(I) all: 0.038 / R_rim(I) all: 0.12 / Net I/σ(I): 13.7
反射シェル	解像度: 2.15→2.304 Å / 冗長度: 6.2 % / R_merge(I) obs: 1.099 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 1738 / CC_1/2: 0.595 / R_pim(I) all: 0.482 / R_rim(I) all: 1.202 / % possible all: 17.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
STARANISO		データスケーリング
XDS		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.15→46 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.912 / SU B: 17.244 / SU ML: 0.213 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.657 / ESU R Free: 0.306 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25905	1710	4.9 %	RANDOM
R_work	0.20387	-	-	-
obs	0.20659	33065	64.17 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 50.43 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.6 Å²	0.3 Å²	0 Å²
2-	-	0.6 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.96 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.15→46 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6856	0	0	226	7082

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	7028
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	6724
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.481	1.817	9513
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.514	1.771	15437
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.838	5	900
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	8.621	5	37
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.135	10	1241
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.07	0.2	1089
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	8425
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1609
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.741	3.269	3591
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.74	3.269	3591
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.318	5.858	4494
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.318	5.859	4495
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.254	3.532	3437
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.253	3.532	3438
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.236	6.377	5020
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	9.111	39	31644
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	9.107	38.99	31610
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.307	16	-
R_work	0.326	284	-
obs	-	-	7.56 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.6121	0.5205	-1.5987	1.8432	0.629	2.4663	0.1088	0.0335	0.2787	0.0019	-0.0212	0.3402	-0.2235	-0.208	-0.0876	0.0613	-0.0103	0.0136	0.0798	0.0155	0.1412	46.9586	30.738	-4.7508
2	3.7064	1.9908	-1.5773	3.8869	-1.7828	1.9042	-0.3479	0.9	0.1594	-0.2506	0.3466	0.1027	-0.0386	-0.2768	0.0013	0.0885	-0.119	-0.0438	0.3636	-0.0295	0.2295	38.9294	25.3479	-24.8586
3	3.3881	0.6889	-1.4735	0.9092	-0.3778	1.5069	-0.0638	0.0866	-0.2266	-0.0085	0.0201	-0.0406	0.1402	-0.0563	0.0438	0.0959	-0.0395	-0.0412	0.0725	-0.022	0.187	48.3328	22.4157	-9.0483
4	3.1214	0.7913	-0.2335	2.9265	-1.5631	2.6701	0.0261	0.0457	0.4052	0.1321	0.0418	0.0947	-0.2315	-0.0165	-0.068	0.0376	-0.0091	0.0124	0.0748	0.0002	0.123	15.6023	12.2177	19.5189
5	5.4839	0.6228	-1.2965	1.1276	0.1925	2.2461	0.1453	-0.6043	0.2099	0.2056	-0.1526	0.1666	0.0311	-0.1655	0.0073	0.0891	-0.0815	-0.0221	0.1711	-0.0166	0.244	24.2472	15.2533	39.6213
6	3.0693	1.236	-1.5635	1.6377	-1.0177	1.4712	-0.0471	-0.1604	-0.2913	0.0224	-0.1094	-0.2156	0.1018	0.1728	0.1565	0.0253	0.0002	-0.0209	0.083	-0.0163	0.1822	22.6642	6.6268	22.9616
7	1.7782	-0.3349	-0.7282	3.1905	-0.6293	2.0267	-0.0701	-0.0644	-0.2519	0.046	0.1513	0.4288	0.1605	-0.2003	-0.0812	0.0603	-0.003	-0.0204	0.0398	0.0226	0.2234	61.0895	17.9105	38.8252
8	2.6473	-0.1875	0.6448	3.7605	0.2455	0.7786	-0.0559	0.0784	0.0579	-0.488	0.106	0.1129	-0.0945	-0.054	-0.05	0.235	-0.0326	-0.0487	0.0298	-0.0256	0.2296	60.2707	8.637	18.6889
9	0.8298	-0.1154	0.0072	2.8626	-0.9518	1.3225	-0.03	-0.0151	-0.0975	-0.1702	0.0505	-0.0846	0.1464	0.0853	-0.0205	0.0567	0.0255	-0.034	0.0226	-0.0085	0.2393	68.4459	14.9763	34.1454

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	130 - 245
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	246 - 353
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	354 - 428
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	130 - 244
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	245 - 356
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	357 - 427
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	130 - 245
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	246 - 353
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	354 - 427

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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