PDB-9gmj: The crystal structure of ManDH5 Selenomethionine derivative at 1....

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9gmj

タイトル

The crystal structure of ManDH5 Selenomethionine derivative at 1.6 Angstroms resolution - a beta-D-Mannanase of GH5 family from Dictyoglomus thermophilium

要素

DUF5060 domain-containing protein

キーワード

HYDROLASE / Glycoside-Hydrolase / Mannanase / Thermostable protein

機能・相同性

Mannan endo-1,4-beta-mannosidase-like / mannan endo-1,4-beta-mannosidase activity / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Glycoside hydrolase superfamily / Immunoglobulin-like fold / extracellular region / DUF5060 domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Dictyoglomus thermophilum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Sivron, Y. / Romano, A. / Shoham, Y. / Shoham, G.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The crystal structure of ManDH5 Selenomethionine derivative at 1.6 Angstroms Resolution - a beta-D-Mannanase of GH5 family from Dictyoglomus thermophilium
著者: Sivron, Y. / Romano, A. / Shoham, Y. / Shoham, G.

履歴

登録	2024年8月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年9月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9gmj.cif.gz	172.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9gmj.ent.gz	107.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9gmj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9gmj_validation.pdf.gz	451.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9gmj_full_validation.pdf.gz	457.5 KB	表示
XML形式データ	9gmj_validation.xml.gz	28.8 KB	表示
CIF形式データ	9gmj_validation.cif.gz	42 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gm/9gmj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gm/9gmj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: DUF5060 domain-containing protein

ヘテロ分子

67.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	95.207, 99.274, 153.724
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222
Space group name Hall	I22
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z #4: -x,-y,z #5: x+1/2,y+1/2,z+1/2 #6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2 #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

#1: タンパク質	DUF5060 domain-containing protein 分子量: 67689.758 Da / 分子数: 1 変異: Selenomethionine replacing all Metionine residues; According to the phase solution (performed using Crank 2), only 6 out of 7 MET residues were substituted by MSE. The first in the sequence appears to be MET. 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Dictyoglomus thermophilum (バクテリア) 株: SpSt-81 / 遺伝子: ENW00_02810 / プラスミド: bacterial plasmid / 詳細 (発現宿主): pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) Variant (発現宿主): F- ompT hsdSB (rB- mB-) dcm gal LambdaDE3 参照: UniProt: A0A7C3MIF0
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER 分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 420 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.8 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 32% PEG 1500, 0.1 M MMT buffer pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.986 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月30日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.986 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→83.4 Å / Num. obs: 95883 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20 % / B_iso Wilson estimate: 19.27 Å² / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 22
反射シェル	解像度: 1.6→1.63 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique obs: 4677 / CC_1/2: 0.874 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
xia2		データスケーリング
CRANK2		位相決定
BUCCANEER		モデル構築
PHENIX	1.14-3228	精密化
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.6→83.4 Å / SU ML: 0.186 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 19.2011 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1903	9334	5.03 %
R_work	0.177	176354	-
obs	0.1776	95871	99.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.21 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→83.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4708	0	14	420	5142

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0065	4902
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9117	6655
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0586	668
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0056	841
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.887	3985

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.62	0.2885	285	0.266	5858	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.62-1.64	0.2501	342	0.2486	5911	X-RAY DIFFRACTION	100
1.64-1.66	0.2552	291	0.2315	5844	X-RAY DIFFRACTION	100
1.66-1.68	0.237	339	0.24	5850	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.68-1.7	0.2684	296	0.2297	5883	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.7-1.72	0.2543	341	0.2316	5842	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.72-1.75	0.2366	337	0.2184	5894	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.75-1.77	0.2256	323	0.2112	5866	X-RAY DIFFRACTION	99.87
1.77-1.8	0.2279	373	0.2046	5792	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.8-1.83	0.2091	305	0.1906	5888	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.83-1.86	0.1971	294	0.1732	5885	X-RAY DIFFRACTION	99.95
1.86-1.9	0.1792	269	0.1763	5865	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.9-1.93	0.2176	300	0.1743	5946	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.93-1.97	0.2009	302	0.1745	5870	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.97-2.02	0.1935	347	0.1794	5836	X-RAY DIFFRACTION	100
2.02-2.06	0.1981	309	0.1765	5937	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.06-2.11	0.184	287	0.1739	5885	X-RAY DIFFRACTION	100
2.11-2.17	0.1967	302	0.173	5848	X-RAY DIFFRACTION	100
2.17-2.24	0.1953	325	0.1768	5888	X-RAY DIFFRACTION	100
2.24-2.31	0.2103	349	0.1724	5821	X-RAY DIFFRACTION	100
2.31-2.39	0.2029	269	0.1793	5942	X-RAY DIFFRACTION	100
2.39-2.49	0.198	287	0.1796	5931	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.49-2.6	0.2132	313	0.1765	5861	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6-2.74	0.1804	290	0.1783	5886	X-RAY DIFFRACTION	100
2.74-2.91	0.1899	297	0.1833	5901	X-RAY DIFFRACTION	100
2.91-3.13	0.1894	307	0.1785	5897	X-RAY DIFFRACTION	100
3.13-3.45	0.1784	298	0.1739	5904	X-RAY DIFFRACTION	100
3.45-3.95	0.166	310	0.1597	5893	X-RAY DIFFRACTION	100
3.95-4.97	0.1567	321	0.1469	5867	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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